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在科学技术的黄金时代——我指的是科学技术受到全力推崇和膜拜的时代——很少有科学争议，即使有也会很快消除或止息。但是到了今天，科学争议早已经层出不穷，而且往往旷日持久，比如转基因食品问题、核电问题、全球变暖问题、基因歧视问题、大城市垃圾处理问题……而在这些争议中，许多人还停留在太简单、太天真的认识层面，自己已经置身于巨大的危机中还糊里糊涂不自知。其中很重要的原因，是他们忽略了科学争议中的某些基本原则问题。下面就是四个非常重要的原则问题。
形成争议的问题不能简化为“科学问题”
我们经常看到，当争议发生时，往往有一方力图将争议的问题简化为“科学问题”，而许多对有关问题未加深思的人，往往会被这种所谓的“科学问题”牵着鼻子走，于是争议就被引导到有利于对手的方向上去了。
例如，在关于转基因作物的争议中，极力主张在中国推广转基因作物的一方，经常使用这一手法。他们力图将围绕转基因作物的种种争议简化为一个“科学问题”：食用转基因作物对人有害吗？——这个问题当然是为了在中国推广转基因作物而有意设计出来的，它不仅包藏祸心，而且从学理上来说也是漏洞百出的。
说它包藏祸心，首先是转基因作物的鼓吹者企图利用这一简化的“科学问题”来屏蔽其他问题，因为他们害怕别人质问其他一些问题，比如：
中国今天迫切需要推广转基因作物吗？
在孟山都公司控制着世界上90%的种子基因的情况下，推广转基因作物符合中国的国家整体利益吗？
谁能够通过在中国推广转基因作物获得最大的经济利益？
……
说它包藏祸心，其次在于企图垄断争议中的话语权。因为一旦善良的人们同意这种“简化”，那么谁来回答“食用转基因作物对人有害吗”这个问题呢？极力在中国推广转基因作物的人就可以站出来说：当然是我们最有资格回答这个问题，因为我们是“专业”研究转基因作物的呀！而他们的回答，当然是、必然是：转基因作物对人无害。
所以人们应该特别认清，转基因作物的争议问题，首先是伦理问题、经济问题、政治问题。在这样的争议中，不是只有从业专家才有发言权，而是全国人民都有知情权和发言权。在台湾地区“核四”争议中，马英九提出全岛公民投票来决定“核四”命运，深合此旨。
科学的不确定性
退一步说，即便真的仅仅是“科学问题”，它们往往也绝不“简单”——因为科学有不确定性。而这一点通常总是推广转基因作物或核电的人极力向公众隐瞒的。
科学的不确定性，在不同的领域表现程度有所不同。一般来说，在物理学、天文学之类的“精密科学”中，表现得少一些（也不可能绝对没有），而在那些不那么“硬”、不那么“精密”的领域，不确定性就更大。
科学的不确定性常常使得争议问题难以获得定论。例如，“转基因作物对人无害”的论断是依靠什么来成立的呢？最常见的说法是：迄今未发现食用转基因作物对人体有害。但是，食用转基因作物对人体有害与否，是短时期内很难确定的——因为其中的不确定性太大。要断定转基因作物食用后对人体无害，以及种植转基因作物对人生存其中的环境无害，都需要长时段的仔细观察、对比、检测等，绝不是一场闹剧似的“试吃”之后就可以简单断定的。所以：
“迄今未发现食用转基因作物对人体有害”≠“转基因作物对人无害”。
类似的局面，在核电争议中也经常会出现，例如，到底多少强度以下的辐射对人才算安全呢？这类标准，也都是在一定的测量基础上，人为建构制定的。例如在福岛核灾难之后，日本当局就修订了有关的标准。此外如一座核电站的建设成本、核泄漏事故或灾难后的善后成本等，都因为牵涉到太多的方方面面，而难以准确计算。这些难题的背后，其实都有科学的不确定性的影子。
科学争议中的利益维度必须重点关注
在科学告别了它的纯真岁月之后，就一头和商业资本密切结合在一起了。这种结合是我们自己促成的，因为我们向科学技术要生产力，要经济效益。不错，科学技术真的给了我们经济效益，给了我们物质享受。但是，这样的科学技术就已经不再是昔日的纯真少女了。
与商业资本密切结合在一起的科学技术，就像一位工于心计的交际花。她艳光四射，颠倒众生，同时心里却很清楚自己要谋求的是什么。而且她还非常聪明地利用了这样一种情况：那些围绕在她石榴裙下的倾慕者们，许多人对她的印象还停留在昔日纯真少女的倩影中，他们是真心热爱她、崇拜她，对她有求必应，还自愿充当护花使者……
我们很容易看到，在当代的科学争议中，可以获得巨大经济利益的一方，总是竭力掩盖这种经济利益，这也是他们热衷于将争议问题简化为“科学问题”的重要原因。因为一旦转为“科学问题”之后，经济利益的维度就从公众视野中消失了。
当下种种与科学技术有关的争议，利益维度经常是一个非常有用的思考路径。例如，在转基因作物争议中，主张推广转基因作物的，几乎全部是可以从这种推广中获得经济利益的集团或个人；而反对转基因作物的人士中，许多都是远离商业的学者，他们不可能从这种反对中获得经济利益。那么争议的两造中，谁更干净一些？谁更可信一些？
世上不存在纯粹客观的“安全”
在科学争议中，可以从中获得巨大经济利益的一方，经常使用科学主义的手段。除了试图将复杂的问题简化为“科学问题”之外，另一个重要的手法，就是宣称世界上存在着“客观的”安全。
安全问题看似简单，其实也有思维陷阱。前几年北京大学的刘华杰教授就转基因作物发表意见说：如果人民群众认为转基因作物是不安全的，那转基因作物就是不安全的。这本来是对安全问题有着深刻哲学思考的论断，但某些陷溺于科学主义泥潭中难以自拔的人，却以为抓到了刘华杰教授的“硬伤”——他们气势汹汹地质问说：安全难道不是客观的吗？安全与否难道不是一个“科学问题”吗？
“安全”对个人而言，其实和“幸福”是同类的——只有当你自己感觉幸福时，你才有可能是幸福的，别人对你幸福与否的判定是无效的。同样，只有当你自己感到安全时，你才有可能是安全的（仍然可能不安全），而当你自己感觉不安全时，你就不可能是安全的。
如果“安全”真的只是“客观的”，而且是一个“科学问题”，那谁能认定你是否安全呢？答案肯定又是“专家”！如果你同意这样的逻辑，那么你食用转基因作物是否安全，就只能听从那些极力在中国推广转基因作物的人——他们确实是这方面的专家——来告诉你了。他们当然对你说：食用转基因作物是安全的。
“安全”是需要主体自身参与建构的，如果你自己感觉不安全，就说明你的“安全”尚未建构完成。因为你如果“主观上”缺乏安全感，那你的身心就会在“客观上”受到影响和伤害。在到处遭遇科学争议的今天，重温中国古代“杯弓蛇影”的寓言故事，你不得不承认古人的某些智慧直到今天仍然值得珍视。