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个人所得税专项扣除，是对现行规定允许扣除的“三险一金”（即居民个人按照国家规定的范围和标准缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险和住房公积金）进行归纳后的一个概念。其法定扣除的内容并没有发生变化，只是新增一个“专项扣除”的概念而已。
根据《财政部 国家税务总局关于基本养老保险费 基本医疗保险费 失业保险费 住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税〔2006〕10号）第一条的规定，企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税；个人按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
根据《住房公积金管理条例》《建设部 财政部 中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》（建金管〔2005〕5号）等规定精神，单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资不得超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍，具体标准按照各地有关规定执行。单位和个人超过上述规定比例和标准缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。上述职工工资口径按照国家统计局规定列入工资总额统计的项目计算。个人实际领（支）取原提存的基本养老保险金、基本医疗保险金、失业保险金和住房公积金时，免征个人所得税。
针对“三险一金”专项扣除需要注意的是，“三险一金”仅包括基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费和住房公积金。只有个人按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的“三险一金”才能在缴纳个人所得税前扣除，超标的部分（包括单位和个人）均计入个人当月工资、薪金总额缴纳个人所得税。其中需要关注的是住房公积金的缴费比例最高为12%，缴费基数最高为职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍。