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朱元璋治道崇儒术，而兼取佛、道。他论三教，称三教各有用处：“于斯三教，除仲尼之道祖尧舜，率三王，删《诗》制典，万世永赖；其佛仙之幽灵，暗助王纲，益世无穷，惟常是吉。尝闻天下无二道，圣人无两心。三教之立，虽持身荣俭之不同，其所济给之理一。然于斯世之愚人，于斯三教，有不可缺者。”他所说的三教，是指儒、释、仙。他认为老子不应列入三教之内。他对于老子，给了极高评价。以为老子之道，“乃有国有家者日用常行，有不可阙者是也”
。洪武七年，他注《道德经》，在《序》中说他之所以重视老子之因由：
自即位以来，罔知前代哲王之道，宵昼遑遑，虑穹苍之切鉴。于是问道诸人，人皆我见，未达先贤。一日试览群书，检间有《道德经》一册，因便但观，见数章中，尽皆明理……见本经云：“民不畏死，奈何以死而惧之？”当是时，天下初定，民顽吏弊，虽朝有十人而弃市，暮有百人而仍为之。如此者，岂不应经之所云？朕乃罢极刑而囚役之，不逾年而朕心减恐……朕虽菲材，惟知斯经乃万物之至根，王者之上师，臣民之极宝，非金丹之术也。
他是把《道德经》当作君人南面之术来使用的。注完《道德经》，他举老子所谓“五色令人目盲，五音令人耳聋”与“圣人去奢去甚去泰”，对儒臣说：“老子此语，岂徒托之空言，于养生治国之道，亦有助也。”
对于佛教，他亦从治国之需要着眼。他是信鬼神之实有的
，他以为信鬼神有益于治道。“假处山薮之愚民，未知国法，先知虑生死之罪，以至于善者多而恶者少，暗理王纲，于国有补无亏，谁能知识。”
信鬼神是使民有所畏惧，为善而无为恶。所以他说信鬼神“于国有补无亏”。他的三教论，并无多少理论之阐释，亦无理论之价值，完全从实用之目的出发，从治术之有用与否去理解三教。并且把此种之理解，变成自己的思想，随意加以发挥。
用《道德经》是用其君人南面之术，用释是用其制约人心，而日常治国，建立各种制度，推行教化，则主要是用儒。还在他取得政权之前，他就开始大批接纳儒士，寻求治国之道。元至正十八年，他征辟儒士范祖干、叶仪，询问治道之要领。祖干推荐《大学》一书，称：“不出此书。”他就召集儒士许元、胡翰、吴沉、戴良等十三人，听祖干讲治道之要
。范祖干是金华学派的重要学者。至正二十年三月，征宋濂、刘基、章溢、叶琛至应天，宋濂也是金华学派的重要传人。以后朱元璋一再征用儒士，与他们讨论治道。至正二十六年三月，他对刘基、王祎说：“天下兵争，民物伤残……丧乱之后，法度纵弛，当在更张，使纲纪正而条目举。然必明礼义、正人心、厚风俗以为本也。”
立纲纪、明礼义、正人心，就是他开国之后首先要着手的工作。他之以儒治国，主要也在立纲纪与正人心。正人心，他一再提到《大学》的重要。洪武五年，他对礼部侍郎曾鲁说：“朕求古帝王之治，莫盛于尧舜。然观其授受，其要在允执其中。后之儒者讲之非不精，及见诸行事，往往背驰。”“《大学》平治天下之本，岂可舍此而他求哉！”
洪武十七年四月，他又对侍臣说：“朕观《大学衍义》一书，有益于治道者多矣。每披阅，便有警醒。故令儒臣与太子诸王讲说。”
《大学衍义》的作者真德秀，释《大学》四大纲特别阐释正心诚意的重要意义。朱元璋重视《大学》，重要的一点，就是仁政、德治。洪武二十三年七月，他在谨身殿读《大学》，对侍臣说：
治道必本于教化，民俗之善恶，即教化之得失也。《大学》一书，其要在于修身，身者教化之本也。人君身修而人化之，好仁者耻于为不仁，好义者耻于为不义，如此则风俗岂有不美，国家岂有不兴？
他强调修身，他自己常常以正心警惕自己。他尝对部臣说：“人心操舍无常，必有所警，而后无所放耳。”他命礼部铸一铜人，手执简书曰“斋戒三日”。“凡致斋之期，则置朕前，庶朕心有所警醒而不敢放也。”他又对李善长说：“人之一心，极难点检。朕起兵后，年二十七八，血气方刚，军士日众，若不自省察，任情行事，谁能禁我者？因思心为身之主帅，若一事不合理则，则百事皆废。所以常自点检。……盖防闲此身，使不妄动，则自信己能。若防闲此心，使不妄动，尚难能也。”
他论正心，不仅在治己，更重要的是治人。他多次与侍臣论及此一点。洪武十八年五月，他对朱善说：“人心道心，有倚伏之机。盖仁爱之心生，则忮害之心息；正直之心存，则邪诐之心消；羞恶之心形，则贪鄙之心绝；忠慤之心萌，则巧伪之心伏。故人常持此心，不为情欲所蔽，则至公无私，自无物我之累耳。”
他在《拟问心》中，说心之运，有君子小人之别。若如君子之运心，则当世世为王侯、为巨富，即使贫穷，亦必无罪；若如小人之运心，则必世世诛戮
。他重视《大学》的另一点，是重其执中之道。《大学》讲执中之道，是讲无过与不及，而他对执中的理解，其实是指张弛并用。这在他立国以后的行事中，处处可以得到说明。他施政，有时严刑峻法，有时又宽容舒缓，都不是无过不及之本义。从此一点，我们亦可见朱元璋之崇尚儒术以治国，完全是按他对儒术的理解加以发挥。他之所取，主要是重忠孝，而不重仁，不重对君权的制约。此一点，我们后面将会谈到。
他一再提及尊崇孔子，多次提到孔子为万世帝王师。但他尊孔，主要在于建立严格的礼制，强化王权。制礼作乐，为洪武前期之主要工作，中心是严格制定尊卑等级。洪武元年，诏定乘舆冠服之制。洪武二年八月，诏儒臣修定礼书。三年八月，谕廷臣：“古昔帝王之治天下，必定制礼以明贵贱，明等威……近世风俗相承，流于僭侈，闾里之民，服食居处，与公卿无异，而奴仆贱隶，往往肆侈于乡曲，贵贱无等，僭礼败度。此元之失政也。中书其以房舍服色等第明立禁条，颁布中外，俾各有所守。”
于是省部会议，制定职官自一品至九品房舍、车舆、器用、衣服之等差。规定庶民房舍不得过三间，不得用斗栱彩色，男女衣服不得用金绣锦纻丝绫罗，首饰不得用金玉珠翠。连服饰的颜色都有严格的等级规定。洪武五年，进一步规定，庶民妇女袍衫不许用大红、雅青、黄色，带则只能以蓝绢布为之
。洪武六年重申服色器用等第，而更加严格，连帽子的形制、酒器、伞、床榻、帐幕、舟楫都有等级规定，违者给予治罪
。洪武二十八年胡惟庸案之后，由于胡惟庸的罪名之一是僭越，于是又命翰林学士刘三吾重加考定官民服舍器用等第，编成《礼制集要》，颁布中外，申明禁制，使各有遵守，敢有违者，必置之法
。对于社会生活行为之此种规定，不仅以礼之名义强化行为的等级差别，而且以礼之名义强化尊卑贵贱之等级观念，使此一种极端之尊卑贵贱观念，成为强化王权之思想基础。
其实他尊儒，心态是复杂的。一方面他时时警惕自己，不要安于逸乐，要对民施仁政；另一方面则是尊儒要有利于他强化王权，而且这是更重要的一个方面。凡是有碍于此一点的，无论是何种之思想，都必在他清除之列，儒家思想也不例外。最能说明此一点的是他让侍臣刘三吾等人删节《孟子》事件。洪武五年，有命罢祀孟子，因廷臣之谏诤而复祀，虽复祀，而对于孟子之反感并未消失。洪武二十七年，又命刘三吾等人删节《孟子》中于他有干碍之部分言论，成《孟子节文》一书
。
据刘三吾《孟子节文》题辞，编写目的非常明确，就是要删除那些有碍君权的论说：
引文王灵台之事，善矣；《汤誓》时日害丧之喻，岂不太甚哉！雪宫之乐，谓贤者有此乐，宜矣；谓人不得即有非议其上之心，又岂不太甚哉！其他或将朝而闻命中止，或相待如草芥，而见报施以仇雠；或以谏大过不听而易位；或以诸侯危社稷则变置其君；或所就三，所去三，而不轻去就于时君。固其崇高节抗浮云之素志。抑斯类也，在当时列国诸侯可也。若夫天下一君，四海一国，人人同一尊君亲上之心，学者或不得其扶持名教之本意，于所不当言不当施者，概以言焉，概以施焉，则学非所学，用非所用矣。
根据此一编写原则，《节文》删去了《孟子》一书中的八十五章
，并明言此删去之八十五章，“课试不以命题，科举不以取士”。容肇祖先生归纳所删为十一个不许说。其实最重要的一点，是思想专制，是维持王权的绝对化。凡有触犯王权的绝对权威者，均在删去之列。略举其删去之数章，即可明此一点：
古之人与民偕乐，故能乐也。《汤誓》曰：“时日害丧，予及女偕亡。”民欲与之偕亡，虽有池台鸟兽，岂能独乐哉？（《梁惠王》上）
齐宣王问曰：“汤放桀，武王伐纣，有诸？”孟子对曰：“于传有之。”曰：“臣弑其君可乎？”曰：“……闻诛一夫纣也，未闻弑君也。”（《梁惠王》下）
公孙丑曰：“……贤者之为人臣也，其君不贤，则固可放与？”孟子曰：“有伊尹之志，则可；无伊尹之志，则篡也。”（《尽心》上）
此数章，都是说君如不仁，则可诛可放的，这正是朱元璋之大忌。此下数章，则言君臣关系：
不同道，非其君不事，非其民不使；治则进，乱则退，伯夷也。何事非君，何使非民，治亦进，乱亦进，伊尹也。可以仕则仕，可以止则止，可以久则久，可以速则速，孔子也。皆古圣人也。吾未能有行焉；乃所愿，则学孔子也。（《公孙丑》上）
责难于君谓之恭，陈善蔽邪谓之敬，吾君不能谓之贼。
欲为君尽君道，欲为臣尽臣道。（《离娄》上）
君之视臣如手足，则臣视君如腹心；君之视臣如犬马，则臣视君如国人；君之视臣如土芥，则臣视君如寇仇。
无罪而杀士，则大夫可以去；无罪而戮民，则士可以徙。（《离娄》下）
在孟子的思想里，君臣之关系，是互为前提的。君如果不尽君道，则臣也可不尽臣道。君有道则仕，君无道则可以不忠。正是此一点，对朱元璋来说，是无法接受的。删此数则与君臣关系有关之论说，似还有一更为深层之原因。何以洪武五年拟罢孟子配享，而至洪武二十七年才令刘三吾等删《孟子》？盖君臣关系实为朱明王朝建立以来长期困扰朱元璋之一大问题，至此必须从思想上给予一个严格规定。洪武十三年胡惟庸谋反案发。洪武十七年曹国公李文忠卒。王世贞据野史称李文忠多招纳士人门下，上大怒，尽杀其门客。钱谦益以为文忠之卒，淮安侯侍疾进药，“胡惟庸之毒诚意也，奉上命挟医而往；淮安之侍药，岂亦传上命耶？”他为此发为感慨：“若乃中山马肝之谤，开平杜邮之疑。汲冢之科斗，与孔壁而并传；隐桓之异辞，征宝书而莫辨。悠悠百世，可为陨涕者也。”
刘基是否为朱元璋假胡惟庸之手所毒杀，当然尚可讨论。而文忠与元璋，亲为甥舅，而又为大明之立国立下那样大的功劳，尚生疑似之二心。洪武二十三年，有国老太师李善长逆党案。洪武二十六年，有凉国公蓝玉谋反案。此数案诛杀者至四万余人。不断出现的臣下之不忠，对朱元璋当是极大之刺激。史家对朱元璋之诛杀功臣，甚有微辞。诛杀功臣，或有其家天下传至永久之一考虑。然防止臣下之反叛，当亦一极为重要之原因。从此一层面，理解何以洪武五年谋罢祀孟子，而至二十七年才下决心删《孟子》，君臣关系之考虑似为一重要之原因。从此一点理解，则删《孟子》之一重要目的，在于清除一切臣可以视君如寇仇之思想依据，而建立君权绝对之观念。删除之此下数则，属于行仁政与爱民的：
是以惟仁者宜在高位。
桀纣之失天下也，失其民也；失其民者，失其心也。……得其心有道，所欲与之聚之，所恶勿施尔也。（《离娄》上）
民为贵，社稷次之，君为轻。（《尽心》下）
朱元璋从一个贫苦农民，登上帝位，他一方面深知民间疾苦；一方面他也深知载舟覆舟的道理。删去此一部分言论之目的，显然是要淡化民贵君轻之观念。从他的种种严格管制措施中可以看到他对于覆舟的高度警惕。他规定“今后天下内外城市乡村，凡我良民，无得交结官吏”，“僧尼、道士、女冠，敢有不务祖风，混同世俗，交结官吏，为人受寄生放，有乖释道训愚之理，若非本面家风，犯者弃市”（《大诰》）。对佛道二教进行严格管理，严禁秘密宗教。洪武十五年，他让礼部颁发学校禁例十二条，其中一条是“军国政事，生员无出位妄言”
。为了加强管制，洪武十八年、十九年、二十年先后颁布《大诰》、《大诰续编》、《大诰三编》、《大诰武臣》，昭示全民，“一切官民诸色人等，户户有此一本。若犯笞杖徒流罪名，每减一等，无者每加一等。所在臣民，熟观为戒”。在颁发《大诰续编》时又明示：“今朕复出是诰，大播寰中，敢有不遵者，以罪罪之。”“朕出斯令，一曰《大诰》，一曰《续编》。斯上下之本，臣民之至宝，发布天下，务必户户有之。敢有不敬而不收者，非我治化之民，迁居化外，永不令归。”在《大诰三编》中再次重申：“此诰前后三编，凡朕臣民，务要家藏人诵，以为戒鉴。”
四编《大诰》，要做到户一本，刊刻规模之巨大，在中国印刷史上，虽非绝后，实为空前。第一次刊刻之后，有御史奏：有些地方的刊印本“字多讹舛，文不可读”。朱元璋认为是字太小，故容易差讹，遂命中书用大字重刻颁行。户户藏，人人读，学校作为课本，农人挂于牛角，劳作之间隙亦读。要使全国人民，人人以《大诰》为行为规范。洪武二十四年，十一月，又诏礼部谕天下学校生员兼读《诰》、《律》。“命赏民间子弟能诵《大诰》者。先是，上令天下府州县民每里置塾，塾置师，聚生徒讲授御制《大诰》，欲其自幼知所循守。阅三岁，为师者率其徒至礼部背诵，视其所诵多寡，次第赏之。”
这一年，赏民间诵《大诰》子弟十九万三千四百余人
。将皇帝一人的见解等同于法律，人人诵读，人人遵守，其普及之规模，自非绝后，亦实属空前。仅此一点，亦可看出朱元璋对思想行为的严格统制。