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当蒙古侵入中国的时候，也正是欧洲发生大变动的时候。自西罗马帝国灭亡后，伟大的新时代产生了，文化的改进，商业的繁荣，影响及于东方，于是商人们欢喜到中国来，引起了罗马教徒传教东方的热忱，便在西亚细亚设立了传教的分所。当时有二个新兴的宗派：一名方济各派（Franciscus），一名多明尼派（Dominicus）。圣方济各是死在1226年的，他曾经传道给埃及的回教徒，并且到过圣地。多明尼很想联合全世界传教工作，使罗马各教派都隶属于正宗天主教。当蒙古军队快速度发展的时候，欧洲人很受到他的威胁，教皇依诺增德四世（Innocent IV）派遣专使，赴蒙古探访，这个专使，就是方济各派的修士，名叫柏朗嘉宾（Jean de Plan Carpin），他是意大利人，是方济各的弟子，在1245年由里昂（Lyons）出发，次年7月才到蒙古都城喀拉库伦（Karakorum），朝见新君定宗贵由，呈递教皇文书，二月间得了定宗回书回欧，于1247年到了法国，报告教皇。
1248年因法王得到蒙古长官阿尔及吉台（Aljigidai）所差来两个景教徒的报告，知道定宗皇帝和他的母亲，都信了天主教。就派遣多明尼派的法国人，名叫龙如美（Andre dē Longjumean），带了另外两个多明尼派修士，于1249年从塞浦路斯（Cyprus）动身，次年到了蒙古，可惜定宗已于上一年去世了，仅取得皇后兀立海迷失（Ogul-Gaimish）的回书。此后教廷与蒙古间的使节往还，固非一次，而从这些使者的报告中，得知有许多聂派的景教徒改信了天主教，并且知道天主教在东方一天发达一天。元世祖忽必烈派遣马哥孛罗的父亲和叔父回去向教皇要求派科学家和宗教师一百人来中国，结果，因着战争的阻碍，那将来中国的多明尼派教士，中途折回，只剩马哥孛罗父子二人回到中国。马哥孛罗在中国住了多年，帮助了忽必烈许多事体，他也曾游历过中国许多地方，著成世界闻名的一部游记（已经译成中文），引起了欧洲人对中国的兴趣。
在这个时期里，与天主教在中国工作上关系最大的人，莫如那个约翰·蒙高维诺（Giovanni da Montecorvino）了。他是方济各派的意籍教士，在1294年奉教皇派遣，来到中国的京都北平，得着新皇帝元成宗铁木耳的欢迎，他就开始在中国做传教工作。第一件事，就是他劝化了一个景教徒高唐王阔里吉思信教，这位高唐王为了纪念教士的缘故，替他自己的儿子题名叫约翰。他在景教徒的反对情形之下，创建三座教堂于北平—从1298至1318年间—当1305那一年，替六百人施洗。又曾招收了一百五十个外教人家的男孩—7岁至11岁—给他们施洗，教他们学习拉丁文和教会礼节，把他们组织成一个唱经班和歌咏队，用蒙古文译出许多经文和歌词，一部分学习成功的，便在礼拜时帮助崇拜的仪式，每逢礼拜，甚至在皇帝宫里也听到他们的歌唱声音。那个高唐王，也在教堂里担任些职务。高唐王阔里吉思更领导了他的人民信奉天主教。他死之后，他的兄弟把这些人民带回到绥远东南部自己的封地，所以约翰常常去看他们，因此对于那地方的语言文字都很熟悉了，把《新约》与《诗篇》翻译成这种文字，他的工作范围便日愈扩大了。
约翰虽只是有58岁的人，但他的形状却已经很老了。因为有十二年之久，没有得到一些教皇的消息。十年以来，只有他独个儿主持这样的繁剧，到1303年方有一位德国教士阿诺尔德（ArnoldofCologne）来和他同工，但也只有大约两年工夫。
他在1306年所建造的第二座教堂，离开皇宫很近，皇宫里的人，早晚都能听见歌唱。这个教堂的地基，是一个名叫彼得的送他的，建造的经费，是向各慈善家捐来的。礼堂可容二百人，另外有办公室，规模虽不甚大也可见得他独力经营的不易了。他鉴于事业一天天的扩大，自己觉得孤立无援，曾经写信给同会的弟兄，又托一位在亚洲多年传道的教士叫多伦底诺（Tolentino）带信给教皇，结果，约翰被委为北平总主教，管理东方全境教会，并且又派来七个副主教，从1307年启程，其中有三位，都在印度死了，又有一位做了得利斯带（Trieste）主教，只有三位于1313年到了中国，一名安德肋贝鲁日亚（Andrea da Perugia），一名日辣多阿布意尼（Gerado Albuini），一名贝来格理诺加斯歹劳（Peregrino da Castello）。那个日辣多做了新教区泉州的第一任主教，在泉州建造起一座教堂。其余的二位，留在北平帮助总主教办事。除了在泉州新教区以外，并且分派修士们到浙江的杭州、江苏的扬州去开教。
1322年，有一位意籍方济各派教士名和德里（Friar Odorac ofPordenone）到了中国，在泉州登陆，后来取道福州、杭州、南京、扬州、临津、济宁，沿着黄河，到了北平，一路上考察各该地教会情形，在北平耽搁大约有三年之久—1325至1328—劝化了许多人信奉天主教。1328年才由西北经陕西、四川、西藏、巴大格山、波斯、亚美尼亚，回到意大利，原期请求教皇派遣五十个教士，同来中国传教，不意在到达意大利的次年—1331年—即逝世了。
1318年泉州主教日辣多逝世，由贝来格理诺继任，五年后又逝世了；再由安德肋继任。在他的任内，又建造起一座教堂与一座较大的修道院，建筑刚完成，他也在1326年病故，便没有人继续他的职位。1328年北平总主教也去世了。他在中国做了三十年工作，在中国的首都建立起天主教的事业，他那种勇敢有毅力的精神，实在给予当时的影响不少，可以算得元朝天主教中的伟人，可是从他死了以后，得不到一个相当继任的人。教皇曾派遣了巴黎大学神学教授尼哥拉司（Nicholas），不幸中途死了，没有到任，所以蒙古皇帝派了大使和十五个教会代表，去请求教皇派遣继任的人。信里面写着这样恳切的话：
自约翰死后，中国教会缺少了一个精神上的领袖，需要派一个继续的人。
结果，教皇派来了一个名叫马利诺利（John ofMarignolli）于1342年来到中国北平，他穿着很庄严的祭服，在盛大的仪式中朝觐中国皇帝元顺帝，并且把教皇所赠送的战马和礼物书信献上，颇得皇帝的欢喜。但他鉴于中国那时的政潮险恶，逆料元朝的命运不久，大乱即将发生，于1345年决计回欧，虽经元帝恳切挽留，亦置之不顾。他取道马剌甲、锡兰、耶路撒冷等地，于1352年到达亚味浓（Avignon）向教皇陈说有继续派遣教士至中国的必要。虽然后来曾经先后派过三个人：—一名多默（Tomasso）1362年，一名伯拉多（Prato）1370年，一名加布阿（Capua）
1426年，都没有到任，所以天主教在中国便无形地停顿了。