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哥伦布发现新大陆深深地刺激了若奥国王，现在葡萄牙的专属权利又得到了条约保障，因此到印度的探险准备进一步加快。若奥二世任命瓦斯科·达·伽马为舰队的指挥官。达·伽马，约1460年生于葡萄牙阿加特省，与达·伽马很相熟的威尼斯驻葡萄牙使节马塞尔说他生性暴烈。根据迪亚士的建议，达·伽马采用了船身较圆、更轻便更牢固的大船以利于远洋航行。1495年若奥二世英年早逝，他的侄子曼努埃尔继位。这时朝中有人提出终止探险，因为这会激化与欧洲香料贸易的垄断者威尼斯的矛盾。曼努埃尔不为所动，下令继续作探险准备。
1497年7月8日，经过长达10年的准备，达·伽马率领探险队伍出发了，世界历史上伟大的一页开始了。这支队伍由4艘船组成，共有船员170人，大部分是奴隶，其中还有死囚，另外还包括翻译、牧师和军人。队伍中有军人说明它不仅仅是一支探险队，还是一支战斗队。曼努埃尔授权达·伽马，到了东方，拥有作为大使、商人和士兵的自由，随机应变，需要什么身份就用什么身份。曼努埃尔指示达·伽马，他此行的目的是“宣传基督教义”和“取得东方财富”，事实上达·伽马本身就是圣地亚哥骑士团的首领，国王还专门赠送了一面锦旗，上面有基督骑士的标志，说明这次航行受到罗马天主教皇的批准并得到上帝的庇护。
11月22日，达·伽马绕过了好望角。12月10日，船队越过了迪亚士立的最后一根石柱。1498年1月25日，他们到达了今天莫桑比克的克利马内河口，在这里他们俘获了一个叫达亚内的孟买人，从中得到了许多关于莫桑比克的情报，在这期间，由于食物腐败、饮水缺乏，不少人得了坏血病，船只也需要维修，所以达·伽马下令在此休整了一个多月。3月2日，他们到达了莫桑比克岛，东非当时文明程度已比较高，这里的物质文化如果不比葡萄牙优越，也至少可以和它比美，但这里并没有统一的国家，有的只是许多的城邦国家，它们很早就与印度人、波斯人、阿拉伯人有贸易联系，政治权力都掌握在穆斯林手里。但为了更多地从贸易中获利，这些城邦国家之间互相敌视，葡萄牙人充分利用了这一点，不仅在东非站稳脚跟，甚至在后来蹂躏了它。在蒙巴萨，葡萄牙受到了袭击，差一点全军覆没，但在马林迪，葡萄牙人的到来受到了热烈欢迎，马林迪苏丹还送给他们羊、丁香、小茴香、豆蔻、胡椒、生姜等大量礼品，穆斯林欢迎基督徒的原因在于两地苏丹有世仇，马林迪苏丹想借助外力打击对手，事实上，葡萄牙之所以能在这一带站住脚正是靠与马林迪的结盟。马林迪苏丹甚至还提供了一个真正能把他们带到印度的向导，当时的葡萄牙虽然知道通过阿拉伯海可以到达印度，但印度洋上的风向变化频繁，暗礁、浅滩众多，航路他们并不熟悉，没有向导带路，谁知道葡萄牙还要摸索多久才能到达印度？1498年5月20日，依靠向导的帮助，达·伽马顺利到达印度西海岸的卡利卡特，也就是科维良在报告中所讲的主要港口之一。他们在这里居然遇上了一个会讲葡萄牙语的北非穆斯林，这位穆斯林一上船大声说：你们真幸运，真幸运！这里的红宝石、绿宝石多得很，你们真应该感谢造物主带你们来到如此富庶的国家！经过80多年的探索，经历4位国王的不懈努力，葡萄牙舰队终于到达了东方，开辟了东方航线，从此之后，葡萄牙走上了一条建立商业帝国的道路。
当时的印度还只是一个地理名词，北部由莫卧儿帝国统治，南部分布着许多小国家，这些小国家之间也为了争夺利益最大化、打击竞争对手而争相拉拢达·伽马，从而让葡萄牙人渔翁得利。卡利卡特是西海岸的一个古老的小王国，统治者叫沙末林，意思是山和海的主人。达·伽马在上岸后作为葡萄牙使节进见了沙末林，表示葡萄牙国王派他来是为了作沙末林的兄弟和朋友。葡萄牙人受到了隆重欢迎。达·伽马的到来使垄断香料贸易的穆斯林商人感到了威胁。这些商人经营香料贸易的路线有两条：把香料经波斯湾、伊拉克运到阿勒颇，或经红海、苏伊士到埃及的亚里山大，然后都和威尼斯人进行贸易，再由后者运往欧洲各地。凭此，他们赚取了高额利润。葡萄牙人的到来意味着，另有一条不受他们控制的新航路出现了，他们再也不能赚得和以前一样多的钱了。这时，达·伽马在东非滥杀当地人的恶行传到了卡利卡特。这些商人就警告沙末林说，达·伽马的到来不是为了交朋友，而是为了侦察，进而进行侵略。但沙末林听而不闻，实际上他是幻想达·伽马会扩大卡利卡特的贸易，增加他的收入，又幻想借助于达·伽马的重型武器和舰船以增强自己的武装力量，所以还是自出搬运费，把远征队的货物运到城里去，允许达·伽马在市内开设商店，进行自由买卖。但这些大商人有着巨大的影响力，达·伽马还是被迫于8月29号离开卡利卡特，到附近的坎那诺装满了香料和宝石，并带走了6名人质，还在这里竖立了“帕德劳”标柱，并发誓要报复。
他们用了3个多月才越过阿拉伯海，由于热病和坏血病，许多船员死亡，最后不得不把圣拉斐尔号抛弃烧毁。达·伽马带着剩下的不足1/3的人和两条船返回。为了救治病重的哥哥保罗，达·伽马在亚速尔群岛停了下来，这是葡萄牙人的一个基地，贝里尔号先期于7月10日返回里斯本。保罗最后还是不治身亡了，达·伽马于9月回到里斯本。虽然损失重大，但达·伽马从印度带回来的胡椒和肉桂价值相当于他远征总花费的60倍。整个葡萄牙都轰动起来了，因为达·伽马到达的是真正的东方，是欧洲人想象中黄金遍地的地方，而不是哥伦布发现的荒凉的“印度”，虽然带回来的东西不多，但前途十分光明，大量的财富就在前方闪闪发光，向葡萄牙招着手。从此，葡萄牙的探险时代结束，开发时代来临。
很快地，大喜过望的曼努埃尔派出了另一支远征队，这一次的任务不是探险，而是征服印度，控制香料贸易。1500年3月9日，庞大的舰队出发了，它包含有13艘船和1200人，占当时葡萄牙总人口的1‰，虽然与郑和船队的规模不能比，但对照以前的探险少则一条船，多则四条船的规模，可以说是空前的，也反映出国王志在必得的雄心壮志。舰队的指挥官是毫无航海经验的贵族佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔，发现好望角的迪亚士担任其中一条船的船长。卡布拉尔受命告知卡利卡特的王公关于基督徒与穆斯林之间的世仇。这种世仇使得每个天主教国王都负有对神圣信仰的敌人进行战争的责任。舰队根据达·伽马的建议，远离非洲西南海岸，绕一个弧形向西南方向前进。但这个弧形绕得有点太大了，以至他们到达了南美大陆东部隆起的地方，巴西就这样被发现了。卡布拉尔派一艘船回去报信，余下的船继续航程。在好望角附近，他们遇到了大风暴，有4艘船被毁，船上人员全部遇难，其中包括迪亚士，迪亚士曾闯过了印度航线的最艰险的道路，但最终他还是没能到达真正的印度。
1500年9月，卡布拉尔到达卡利卡特，途中他们还发现了马达加斯加。卡利卡特，是当时著名的贸易中心，中国古籍中称为“古里”，郑和船队曾多次到达这里，约比达·伽马早80年。现在的情况对葡萄牙人来说非常糟糕，他们在卡利卡特设立商站收购香料的行为损害了当地穆斯林大商人的利益，他们威胁沙末林说如果不采取措施，他们就到别的港口进行贸易，沙末林就得不到税收。卡布拉尔则给沙末林施加压力，要求给予优先进货的权利，并且在他们没满载以前，穆斯林商人不得进货，不得开船。后来，他动用武力洗劫了一艘穆斯林商船。这引起了众怒，导致了1500年12月16日的商站事件，穆斯林大商人袭击了商站，有53名葡萄牙人被打死。卡布拉尔非常愤怒，不分青红皂白地炮轰卡利卡特城，从凌晨一直打到深夜，并且洗劫在港口内的商船，杀害了无辜船民600人。这加深了葡萄牙与当地居民和穆斯林的长期仇恨。但是卡布拉尔的行为受到与沙末林有世仇的附近的柯钦、坎纳诺尔等小邦的欢迎，他们邀请卡布拉尔到他们的港口，卖给他们大批的香料。葡萄牙人充分利用了柯钦和卡利卡特的矛盾，在印度沿海建立了永久性的贸易据点和武装据点。这样，在东非海岸发生过的事又一次上演了，葡萄牙又一次利用当地人的分裂达到了自己的目的。
在卡布拉尔还未返回葡萄牙的时候，国王又派出了一支船队奔向印度，从此开始了一年一度的远征印度。1501年7月底，卡布拉尔回到了葡萄牙，在这次航程中，尽管他们损失了6艘船和许多人员，但他们的赢利超过了总花费的2倍。这是一次成功的航行，意味着阿拉伯人和威尼斯人对香料贸易的垄断已经被打破，更重要的是葡萄牙还留下了据点，为下一步控制香料贸易做好了准备。
1502年，已被任命为印度洋海军司令的达·伽马又一次率队出征了，这一次是真正的出征，他的舰队由20艘船组成，其中的15艘装备有重炮，其目的也是在东非和印度的西南海岸建立起葡萄牙的统治。在今天坦桑尼亚南部港口基卢瓦，达·伽马要求当地的苏丹上船来商谈和平友好通商条件，但却背信弃义地扣留了他，然后以摧毁基卢瓦相威胁，强迫他每年向葡萄牙进贡。舰队继续北上，在坎纳诺尔附近他们遇到了一艘装满从麦加返回的穆斯林朝觐者的船，船上共有380多人，包括许多妇女和儿童。这艘船毫无抵抗地投降了，为了替在商站事件中死亡的葡萄牙人报仇，达·伽马在洗劫了船上所有人的财物和船上装载的货物后，下令把所有的人关进船舱然后放火烧船，有的人受不了炙烤，满身是火地跳入大海中。但达·伽马不为所动，几天之后船才被完全烧毁，仅有20名男童生还，他们被达·伽马送回葡萄牙，要他们皈依基督教。在与坎纳诺尔的土王结盟后，10月30日，达·伽马来到了卡利卡特。当时的印度分裂小国相互敌视，为了自保他们都很重视武装力量，但那只是陆军，海军力量则薄弱得可怜。沙末林被葡萄牙人的武力吓坏了，主动求和，表示将把杀害葡萄牙人的凶手交出并赔偿损失。这一次葡萄牙人的欲望增长了，他们直接要求沙末林驱逐城里所有的穆斯林，由他们独占当地的香料贸易。葡萄牙人规定了时限，为了打击卡利卡特的自信心，葡萄牙人把向他们兜售海鱼的38名渔民吊死在桅杆上，然后炮轰了卡利卡特。令人发指的是，在夜里，达·伽马命令砍下吊死的渔民的头、手和脚，把躯干扔进大海，然后把砍下的肢体堆在一条小船上，漂向城里，在小船上还放上一封信，说如果城里有人反抗，那么全城的人都要落到这样的下场。做完这些后，达·伽马再次炮轰全城，他用了7艘船封锁卡利卡特，然后率其余的船到达柯钦，在这里，他们与当地的统治者签订了对葡萄牙极为有利的贸易协议，其中规定，葡萄牙人有权在此设立据点，并独占柯钦的对外贸易。沙末林不甘心忍受葡萄牙人的欺凌奋起反抗，但由于武器和作战样式的落后，他的两次努力都失败了。1503年2月，达·伽马满载着香料回国，8个月后，他回到了里斯本。曼努埃尔国王鉴于达·伽马的巨大贡献，封他为“伯爵”，此后多年他平静地生活着，直到1524年4月他被任命为印度总督，但时间不长，这一年的12月，他死于印度柯钦。
达·伽马走后，他留下的5艘船就担负起掠夺阿拉伯船只、破坏埃及与印度之间贸易的任务。这是葡萄牙也是欧洲人在亚洲设立的第一支永久性舰队。为了报复，沙末林组织了反对葡萄牙和柯钦联盟的5万大军讨伐与葡萄牙人结盟的柯钦，留下来的葡萄牙人与柯钦军队逃到一个小岛上苦苦支撑，直到1504年另一支葡萄牙舰队到来后才解围。此举加深了柯钦与卡利卡特的仇恨，也促使柯钦与葡萄牙走得更近。同年，葡萄牙与柯钦正式结成联盟，并且把在此修建的一个永久性的据点称为曼努埃尔，是当时葡萄牙国王的名字，以示此据点的重要。1502年~1505年，曼努埃尔多次派舰队在海洋上拦截阿拉伯人的商船以保证自己对香料贸易的垄断。在达·伽马以前，每年从传统商路上亚洲流到欧洲去的各种香料，共达350万磅，而在这几年里，平均每年不足100万磅。有一个估计说，在这几年里，曼努埃尔平均每年从香料贸易上所取得的净收入为百万克罗塞多。尽管卡布拉尔和达·伽马全力“摧毁”和“扭转”，毕竟还是未能垄断全部的香料贸易。经验表明，仅靠在一两个据点，哪怕年年派出远征队去装运香料，也办不到这一点。因此有必要在印度常设一支军队，为此，曼努埃尔专门设立了印度总督一职。
1505年3月，第一任印度总督弗兰西斯科·德·阿尔梅达率20艘船组成的舰队离开里斯本出发了，船员中包括有三四百名接受过军事训练的水手，1500名士兵，200多个炮手，以及各种工匠，后来受命为西班牙进行环球航行的麦哲伦也在其中，不过当时他的身份是下级军官，而且还在一次战斗中受了伤。这只舰队的任务简而言之是征服印度，垄断香料贸易。同时，他们还担负着传教的职责。阿尔梅达控制了整个东非海岸的与阿拉伯和印度的贸易，还把柯钦变成了葡萄牙在印度的贸易中心。他们一方面控制港口贸易，另一方面又派出船只打击海上的阿拉伯和伊朗的船只。要控制印度洋，有两个关键点是必须掌握的，一个是红海的出海口，一个是波斯湾的出海口，而要控制后一个则必须控制扼守出海口的霍尔木兹城。1507年葡萄牙人攻占了这个城市，然后强行征税，照例他们采取了异常残忍的手段：割掉了所有俘虏的鼻子，砍断所有男子的右手，割掉女人的耳朵。不过他们由于立足未稳，所以占领这个城市的时间并不长。为了进行印度航线上的香料贸易，葡萄牙在里斯本成立了印度公司专门负责此事，东方贸易的中心由威尼斯转到了里斯本和安特卫普，这一贸易分配体系的重大变化使以往掌握东方贸易的威尼斯人的利益受到了重大损害，到1504年他们的船只在地中海港口已没有任何香料可以装了，这引起了威尼斯人的强烈不满。这时便发生了一个天主教国家联合一个伊斯兰教国家反对另一个天主教国家的事情，威尼斯人帮助埃及人建立一支舰队以打击葡萄牙人。很快地，这支舰队建立了起来并粉碎了葡萄牙在阿拉伯海北部巡航的一支小舰队。阿尔梅达的反应则是集中所有力量要与阿拉伯人决一死战。在1508年的第乌海战中，葡萄牙人以少胜多，以19艘船、1800多人的兵力打败了阿拉伯人和印度人2000多艘船、20000多人的联合舰队。联合舰队的失败除训练不足外，一个很重要的原因是内部不和，由于印度人中有人私通葡萄牙，断绝了埃及军队的供应，以至埃及军队愤而离去，导致了联合舰队的分裂。
第乌海战使葡萄牙人掌握了印度洋的制海权，开始称霸印度洋。而由于印度洋控制权的丧失，使穆斯林世界的经济受到严重影响而转衰，也成了当时最大的阿拉伯国家埃及马木留克王朝灭亡的直接原因。更为重要的是，在陆地上很难对付的土耳其人，在海洋上却无法与欧洲人有效地对抗。随着被赶出印度洋，土耳其人的侧翼受到了欧洲人的直接威胁，从而形成在陆地上欧洲人的防守和在海洋上的欧洲人的大迂回、大包围的态势。更为严重的影响是在经济上香料贸易控制权的易手，沉重打击了穆斯林而欧洲获益极大。后来阿尔梅达在回国途中死于与南非土人霍顿督人的冲突中。
阿尔梅达虽然在印度洋开创了局面，但他的政策将葡萄牙人的活动仅仅局限于印度洋沿岸，显得有些保守，而且葡萄牙人在印度的据点的安全很大程度上依赖于与当地人的合作，否则只留下小部队看守据点，大部队回国，很容易被敌人乘虚而入。第二任印度总督阿尔布克尔克改变了阿尔梅达的保守政策，他设计了把穆斯林从香料运输中完全排挤出去，控制3500英里印度洋洋面的宏伟计划。果阿是印度西南海岸仅次于卡利卡特的一大商业中心，阿尔布克尔克到任的第一个行动就是攻占果阿。由于果阿的穆斯林统治者对印度教徒的残暴统治，阿尔布克尔克的行动得到了果阿非穆斯林的积极配合，加上果阿当时军力薄弱，因此葡萄牙人很快于1510年3月夺取了果阿。两个月后，由于穆斯林大批军队的到来，阿尔布克尔克弃城而去。但在10月初他集结大军再次攻占了果阿，并下令屠城，杀死所有的摩尔人，总共有6000（一说8000）多男子、妇女和儿童惨死。年底，阿尔布克尔克将总督府迁到这里，从此，果阿就成了葡萄牙在东方进行殖民活动的中心，直到1961年才由印度政府收回。阿尔布克尔克的行动震慑了周围的小邦，他们纷纷表示对葡萄牙的臣服。1512年，阿尔布克尔克与新沙末林签订协议，在卡利卡特修建了一个要塞。他后来又设立了一系列的要塞，确立了对这一带主要港口的控制。从此，通往印度各地海岸的主要航道都处在葡萄牙人的控制之下。
控制印度洋并不等于控制一切，阿尔布克尔克要实现控制印度洋出入口，彻底垄断香料贸易的宏伟计划，就需要做到三点：攻占马六甲，控制东部入口；占领亚丁，控制红海入口；夺取霍尔木兹，控制波斯湾入口。马六甲（Malakat）的得名源自于阿拉伯人，意思是集合各商贾的市场，中国人则叫它满剌加。马六甲具有重要的战略地位，就航海线路而言，马六甲是东西交通的必经之路，拥有马六甲既可以把印度人和阿拉伯人排除出亚欧贸易航线，又可以控制通往南中国海和香料群岛的航线；马六甲还是当时亚洲进行香料贸易的主要贸易中心，方圆数千平方公里以内的商业和贸易活动必须经过它，控制马六甲可以牢牢把握东西方贸易的主动权。这时的马六甲还主要掌握在穆斯林人手中。1509年，葡萄牙人曾经到达过马六甲，由于受到了当地人的猛烈袭击，所以他们撤退了，但有一些人被俘。1511年7月1日，阿尔布克尔克率领一支由18艘舰船、1200名葡萄牙士兵及200多名马尔巴拉援兵组成的舰队到达马六甲，提出了释放战俘、进行赔偿以及割让一块土地来修建要塞的要求。当时的马六甲是一个10万人的城市，由3万马来人和爪哇人守卫着，另外还有许多战船，几千门火炮，双方兵力悬殊，因此当地苏丹拒绝了葡萄牙人的要求。7月24日，葡萄牙人的第一次攻击没有成功，8月10日又进行了第二次攻击，经过一个星期的激战，葡萄牙攻占了马六甲，然后照例进行了屠城，把马来人杀了个干净，但对与马来人有矛盾的印度人、缅甸人和爪哇人则不动分毫，这也是阿尔布克尔克扩大统一面，缩小打击面的聪明之处。
马六甲是中国重要藩属国，但直到1520年（明正德十五年），马六甲苏丹派人向中国求救，明武宗才知道这件事。葡萄牙人用武力占领马六甲是对当时朝贡体系、一种以中国为主导的“自古昔帝王，居中国而治四夷”的东亚国际秩序的直接威胁。《明会典》上所载63个朝贡国有2/3位于马六甲以西，一旦失去马六甲则意味着朝贡体系有动摇、瓦解的危险。明武宗本应帮助马六甲苏丹击败葡萄牙人，但当时的明朝已没有了初时的积极进取，马六甲虽然重要，但毕竟只是中国的外围藩属国，它的丢失并不影响中国自身的安危，所以当时喜欢葡萄牙的武宗也没有采取什么措施。1521年（明正德十六年）3月武宗驾崩，4月世宗也就是嘉靖皇帝继位，马六甲苏丹又遣使来求救。明朝与葡萄牙交涉，要求葡萄牙归还马六甲，否则扣押使团直到归还马六甲为止。尽管当时明朝的国力比葡萄牙要强大许多，但在东南亚一带并没有军事存在，这种毫无力度的交涉又有什么用呢？葡萄牙曾经为了一个没有什么经济利益的休达连亲王也舍得由于穆斯林的刻意避让，休达在葡萄牙人手中没有发挥贸易中心的作用。1437年，为了增加休达的价值，亨利王子与他的兄弟费尔南多进攻摩洛哥丹吉尔，失败后，费尔南多被摩尔人扣为人质以作为归还休达的条件，但出于利益考虑葡萄牙并没有交还休达，费尔南多最后死于摩尔人的土牢中，直到1471年他的遗骸才被几个摩尔人贵族俘虏交换回国。，面对一个富饶的马六甲，他们又怎么会把区区一个使团放在眼里呢？明朝又命令同是藩属国的暹罗派兵救援，但暹罗始终对明朝支持本是它属地的马六甲独立耿耿于怀，而且由于葡萄牙有效的外交活动，所以按兵不动，甚至认为葡萄牙攻占马六甲是给它帮了忙。此后葡萄牙统治了马六甲130年，直到1641年被荷兰人赶走。阿尔布克尔克在此修建了坚固的要塞，把它变成了葡萄牙的在这一带的统治中心和重要支撑点，在此长驻有军队，包括舰队和陆军。占领马六甲对葡萄牙在亚洲的殖民活动具有无可估量的重大影响。葡萄牙人攻占马六甲吸引了附近一些小国如苏门答腊、爪哇的侯国等的归顺，也取得了与马来人有矛盾的商人，主要是泰米尔人和克林人的支持，而正是通过克林人，葡萄牙才能与孟加拉湾的其他地区和东南亚以及远东的其他小国签订贸易协议。此后葡萄牙人逐步设立了一系列的据点要塞，构成了在东南亚的殖民网络。占领马六甲为葡萄牙带来了巨大的经济利益，马六甲成为了“葡萄牙王冠上的珍珠”，“葡萄牙的财富与远比其大和其人口多的王国的财富相比，也毫不逊色”。这一时期成了“葡萄牙历史上最富裕的时期”。
1513年2月进行的占领亚丁的行动不那么顺利，因为地形不熟，加之准备不足，缺乏淡水，而且航行所必须的天气情况也不利，要么没风要么是暴风雨，所以葡萄牙摧毁了停泊在亚丁的船只，炮轰了亚丁城后就撤离了。经过一年的准备，1515年2月，阿尔布克尔克率领27艘大船，1500名葡萄牙人士兵和几百名土著人又重新开始了军事行动。他有三个目的：占领霍尔木兹，重新占领亚丁，如果有可能从陆路去摧毁麦加。在霍尔木兹，被波斯人控制的国王慑于阿尔布克尔克的武力和残酷的名声投降了，国王缴纳了1.25万金谢拉芬，归还了葡萄牙的要塞，另外还亲自在宫殿中升起了葡萄牙旗帜。阿尔布克尔克帮助国王摆脱了波斯人的控制，并留下了一支强大的军队驻扎。
阿尔布克尔克一面建立在印度洋上的霸权，一面又派人向东去探索真正的香料群岛——摩鹿加群岛。摩鹿加群岛，旧称马鲁古群岛，位于今天印度尼西亚群岛东北部，面积7.4万平方公里，由大约1000个小岛组成，气候炎热潮湿，适于香料作物的生长，这里生产的香料，香味浓郁，质地优良。1511年，安东尼奥·德·阿布雷乌率领3艘船侦察摩鹿加群岛，在完成任务返航时，一艘船触礁沉没，船长弗朗西斯科·塞尔旺获救，被带到了摩鹿加群岛的特尔纳特岛，后来他担任了苏丹顾问。塞尔旺设法使苏丹与葡萄牙结盟，1521年，葡萄牙在此修建了炮台等军事设施，后来又步步推进，1522年占领雅加达，1545年又在万丹建立了贸易中心。1562年和1564年，安汶和特尔纳特先后成了葡萄牙的属地。这样葡萄牙终于完全控制了香料群岛，在东方建立起了以果阿、霍尔木兹和马六甲为核心的东方贸易网络。此时的西班牙借助麦哲伦的环球航行，通过南美洲南部也到达了亚洲。面对香料群岛，西班牙人垂涎三尺。由于没有计算摩鹿加群岛地理坐标的可靠方法（这一问题直到18世纪才解决），葡萄牙和西班牙都声称根据《托尔德西拉斯条约》摩鹿加群岛在自己的势力范围内。两国开始了激烈争夺，为此还爆发了小规模冲突，即使教皇出面调解也没有什么作用。直到1529年，由于同英国和法国作战，陷入了财政危机，西班牙不得不向葡萄牙贷款，并同意了葡萄牙提出的放弃争议群岛一切权利的条件。1529年4月，两国签订了《萨拉戈萨条约》，西班牙放弃了对摩鹿加群岛的主张，并接受了两国在东方的分界线，即在摩鹿加群岛以东17度的子午线。
尽管阿尔布克尔克不断地为葡萄牙在亚洲的事业建立功勋，但国内的政治形势却日益对他不利，有谣言说他怀有巨大的野心，想当果阿总督，把亚洲变成他的私人领地。这些谣言被他的对手利用，国王听信了谗言，任命与他有私仇的洛波·苏亚雷斯·德·阿尔贝加里亚为印度总督。听到这个消息后，本已染病的他一病不起，1515年12月就在返回果阿的船上死去了，年仅53岁。阿尔布克尔克的计划是一个宏伟的计划，在他死时仅有亚丁没有攻占，但问题在于葡萄牙的国力太弱了，实行这样的计划有些力不从心。本来后面的总督是有机会补救的，但他们的才能都远远不及阿尔布克尔克。1516年，在国王的一再要求下，苏亚雷斯率领由37艘战船和1800人组成了庞大舰队向亚丁出发，但由于指挥官的无能和恶劣天气的影响，行动失败了，这支舰队的大部分船只沉没，一半的人因各种原因死去。苏亚雷斯在亚洲做的唯一一件有影响的事是在锡兰的科伦坡修建了一个要塞，并强迫锡兰国王纳贡。
攫取中国无穷的财富始终是葡萄牙人心中的一个梦想。现在葡萄牙已到达了离中国不远的香料群岛，那么自然而然的，中国就成了下一个重要目标，这也是葡萄牙实现帝国梦的一部分。1517年，皮雷士接受派遣随费尔南·安特拉德率领满载香料的船队到达珠江口，并向广州当局表明自己的使节身份。因葡萄牙并不是明朝的朝贡国，以当时的制度，接待外国使节必须经过朝廷的批准，但京穗间路途遥远，传递消息用时漫长。等得不耐烦的葡萄牙人，强闯珠江口，居然让他们没有任何阻拦地溯江而上直达广州，显然这是广州备倭都指挥使失职所致。葡萄牙人到达广州后，两广总督陈金亲自接见并上奏朝廷，说明“海南诸番国无所谓佛郞机明朝对葡萄牙的称谓。者，又使者无本国文书，未可信”。于是明武宗不予接见，下令他们回国。但葡萄牙人通过贿赂驻守广州的三堂镇守太监宁城，得到入京许可，又贿赂内廷太监江斌见到了在南京巡视的武宗。武宗接见了使团的中国翻译，龙颜大悦，向他学习葡萄牙语，并批准葡萄牙使团进京等候。这个翻译每天陪伴在武宗身边，日益骄横，引起了很多人的不满。
根据明朝的海禁政策，中国的“寸板片帆不得下海”，全面禁止对外海上贸易，只有朝贡国才可在指定的地点和限定的时间内进行贸易。由于获利巨大，沿海封疆大吏多主张对外贸易，甚至不经请示朝廷就自行其是，广东尤为积极。当时的葡萄牙人所以能进入广州，想来也是沾了这个光。但在陈金与朝廷公文往来的三四个月间，葡萄牙人却借助经商在广州城中四处打探消息，获得了大量情况，甚至在元宵节期间一个叫安东尼奥·费尔南德斯的人趁守卫松懈，爬上了广州城墙，数清楚城墙上共有90个防卫箭楼。
在皮雷士努力争取武宗召见的时候，费尔南于1520年回到葡萄牙，他被当作“发现中国的英雄”受到热烈欢迎。费尔南走后，他的弟弟西蒙接替了他的职务。西蒙是个无法无天的家伙，他像对待东非土著人那样对待中国人，在南头岛上建立殖民据点，私设法庭，排除中国管辖；支持海盗，贩卖人口，奸淫妇女；拒纳关税，侮辱中国官吏，抢劫、勒索其他国家的商人等，甚至当地还有流传甚广的掠食小孩的传说。连1521年接替他职位的卡尔沃也说他犯下了“无穷的罪行”。
武宗一回京就病倒驾崩了，嘉靖皇帝即位。嘉靖皇帝在葡萄牙给国王的信中没有发现愿意成为中国藩属国的话，而以前费尔南的信中有类似的话，因此对葡萄牙人没有了好感。葡萄牙人在中国的劣行又被大臣趁机报告给皇帝，马六甲国王也再次派人来要求中国帮他复国。自然地，嘉靖皇帝不可能与这些作恶多端的葡萄牙人打什么交道了，他马上下令把使团中的中国翻译和江彬处死，把皮雷士逐出北京，令其从广东出境。当皮雷士到达广东时，正好遇到了中葡之间暴发了屯门冲突，皮雷士被囚禁在广州，后来病死狱中。
武宗死后，根据国丧定制，广东当局要求葡萄牙人退出国境。在中国做香料贸易，获利巨大的葡萄牙人是不甘心退出的，他们用武力回应中国的决定，向广东的海巡队发动攻击。葡萄牙人的行径使得中国决定采取武力行动剿灭。1521年8月，广东海道副使汪鋐率队将葡萄牙人包围在屯门港内，经过40天的激战，终于迫使葡萄牙人趁雨夜分乘三艘小船逃跑。1522年，双方又在广东香山县的西草湾发生海战，此战结果是，中国俘获对方“船舰二艘，斩敌三十五人，活捉四十二人”。中方百户王应恩战死。西草湾战斗后，明朝为了根绝外患，禁止一切船舶入境。葡萄牙人在不可能进行合法贸易的情况下，与中国、日本私商相勾结在浙江沿海进行走私贸易，大获其利。当时的走私贸易不仅得到了当地人的欢迎和官员的默许与纵容，而且许多官吏、军士也乐此不疲，以牟巨利。显然这是对海禁政策不满的一种无声的抗争，这样的政策不仅没有达到目的反而使当地风气变坏，违禁成为了一种心照不宣的行为。尤其在一些远离城市的地区，因为进行贸易可以使本地获利，葡萄牙人还受到了较好的款待。随着贸易的逐步扩大，双屿，一个因地形适宜走私商人和海盗盘踞的海岛被葡萄牙人占据。1542年后，因葡萄牙开辟了对日直接贸易，把日本纳入到它的贸易范围，这里发展成为葡萄牙人从事日本、闽浙和马六甲三角贸易的基地。因中日对双方的货物都有旺盛需求，从事中日间三角贸易由于明朝的海禁政策，使中日之间十年一贡的朝贡贸易远远不能满足需要，在此情况下，葡萄牙人趁虚而入，做起了中日之间本来不需要的中间商，赚取了大量的利益。的葡萄牙人获利甚厚，“凡是运到那里（指日本）的货物都可获得三、四倍的钱”。这又是因海禁而将利益拱手让人的例子。随着时间的推移，双屿的葡萄牙居留地逐渐扩大，“可以与印度的主要城市相比”，葡萄牙人达到了1200人，这里有法官、公证官、议员、收税官，还有市场物价监察官、书记官、巡夜官等等人员，有教堂、医院等设施，“除绞架和市标外一无所缺”，此外“营房、战舰无所不具”，实际上把双屿当做了一个殖民地。
葡萄牙人与当地官员的相安无事并没有持续很长时间，一是都察院右都御史朱纨到任浙江巡抚后，厉行海禁，葡萄牙人在贸易不得的情况下，转而从事掠夺骚扰活动，引起矛盾激化；二是葡萄牙人与倭寇合流，从事海盗行为；三是当时闽浙沿海私商一方面利用葡萄牙人从事走私贸易，大发横财，另一方面又对葡萄牙人玩弄两面手法，要挟骗勒，欺诈外人，甚至诬陷他们，引得双方矛盾愈演愈烈，当地政府又处置失当。以上情况使得局势失控，最终双方刀兵相见。1548年，明军荡平双屿，使这个国际贸易走私港成为废墟，此后又经过大小数十战，将葡萄牙人赶出浙江海域。后来葡萄牙人到福建，被赶出，到广东，又被驱逐，最后才伺机在澳门定居下来。
葡萄牙人是如何在澳门定居下来，有不同的说法。一种说法是葡萄牙人借口船舶进水，需要暂借地晾晒货物，向广东海道副使汪柏行贿，获准上岸，后来便有借无还；另有一种说法是，因澳门海盗很多，广东官员知道葡萄牙人骁勇善战，所以请他们来剿灭海盗，条件便是准许他们在澳门居住，这其实是葡萄牙人自己的看法；还有一种说法是，明朝自身也需要对外贸易，澳门在当时只是一个偏僻的小岛，远离广州这个中心城市，允许葡萄牙人在这里进行贸易，无关大局，所以葡萄牙人才能在明政府的默许下在澳门存在。不管怎么样，葡萄牙人在东亚找到了一个立足点。很快地，形成了以澳门为转运中心的几条重要航线，其中以澳门—果阿—欧洲的航线最为重要。这条航线上通行着载重量1000吨～1500吨的大船，将中国的货物经果阿运到欧洲，再把欧洲的货物运到澳门，然后再换乘小船运往广州。欧洲的货物获利有限，中国货物大受欢迎。澳门自1553年以来，一直被当做租借地供葡萄牙人居住，明政府采取“建城设官而县治之”的方针，规定澳门由香山县管辖，因澳门又是港口城市，具体负责人是广州海道副使。明政府设立了行政、司法、海关、军事等机构对澳门实施全方位的管理。1582年，葡萄牙人获得两广总督保证，只要葡萄牙人服从大明朝的法令，就可以继续在澳门住下去。只是到了1849年，葡萄牙趁清政府鸦片战争战败之际，想乘势割占澳门，于是封闭海关，驱逐清政府派驻在澳门的官员，向当地居民征税，停止向中国交纳地租，还不断用武力向清政府施加压力。此后葡萄牙多次向清政府提出订约要求，想把这种状况用法律的形式固定下来，以防其他列强染指，但均被拒绝。在19世纪80年代中国的边疆危机中，英国人深恐葡萄牙人将澳门转让给法国人，致使出现与香港相抗衡的法国殖民地，因此开始对中葡订约一事进行干预。1887年12月1日，在英国的干预下，清政府与葡萄牙签订了《中葡友好通商条约》，葡萄牙人获得了在澳门的种种特权，澳门沦为了葡萄牙的殖民地。
1500年巴西被发现后，葡萄牙人并不认为这是个有价值的地方，他们的精力和资源主要放在亚洲，但这并不意味着放弃巴西。1501年，葡萄牙组织了一个考察队，探索了3600公里的巴西海岸。此后，葡萄牙主要从两个方面利用巴西：一是把它当做远征亚洲的中间依靠站；二是采伐巴西木。巴西木的材质坚硬，可以制作家具和造船，而且树心殷红，可以作染料，巴西的地名即源于此。1503年，一个叫费尔南·德·罗洛尼亚的商人承包了巴西木的开采和贸易专属权，条件是每年必须考察1300里格的巴西海岸，并在他认为合适的地方设立商行。葡萄牙和巴西之间的贸易就从此开始了。1530年一些法国人到巴西经商，为了保证独占地位，葡萄牙扩大了在巴西的殖民规模。在当时的欧洲，糖还是昂贵的奢侈品，只有富人才买得起，而巴西的气候条件特别适宜甘蔗的生长，种植甘蔗榨取蔗糖成了在巴西最有利可图的生意。1530年安装第一台轧糖机开始到1600年，巴西就支配了欧洲的蔗糖生产，每年产糖8000吨到9000吨，巴西大地出现了很多的甘蔗种植园，为了满足种植园大量的人手需求，葡萄牙人开始大规模地使用奴隶。奴隶的来源是当地的印第安人，葡萄牙人用引诱的方法，主要是组织搜索队捕捉的方法大量地把印第安人变为奴隶。后来由于瘟疫流行，印第安奴隶大量死亡，黑人奴隶才逐渐多了起来，到1600年，黑人奴隶已占到奴隶总数的一半。种植园主拥有对奴隶的绝对权力，奴隶们的处境极为悲惨。葡萄牙入侵巴西后，逐步建立起封建主义的殖民统治，最初葡萄牙于1534年~1536年在巴西设立13个都督府。每一都督府由王室任命的大贵族统治。1549年又合成为一个总督府。在总督之下，分设若干州进行统治。总督由国王任命，统辖整个巴西。殖民地的主要法令由他负责制定，葡萄牙贵族和大地主把持了行政、军事、经济和司法大权。葡萄牙王室通过这套殖民官僚机构，实行严密的殖民统治。