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尽管遨游于翰墨也能如鱼得水、尽享欢乐，可是苏轼始终不能忘怀现实。或许是儒家积极用世与仁民爱物的精神在他身上表现得格外执着热烈？或许是他本来就比常人具有更为充沛的精力和更为宽广的胸怀？应该说二者兼而有之。
《上神宗皇帝书》呈递之后，几个月过去了，苏轼没有得到任何他所期待的回应，不禁有一种人微言轻的愤懑。他认为自己既然从贤良方正直言极谏科出身，就有义务“纷然诵说古今，考论是非”（ 《答李端叔书》 ）；同样，朝廷既然设立这一制科科目，从中选拔人才，就当“改过不吝，从善如流”（ 《上神宗皇帝书》 ），对于不同意见予以重视，并且多加采纳。现在，朝廷尽管不加理睬，苏轼却依然要尽谏诤的责任。熙宁三年二月，他又写了《再上皇帝书》。这篇文章在真诚关注国事的基础上，又加上一些个人意气，因此言辞格外激烈。他把新法比作毒药，危言耸听地说：
今日之政，小用则小败，大用则大败，若力行不已，则乱亡随之。
这封奏书依旧如石沉大海。
神宗与王安石对于反变法派意见的忽视乃至排挤，使持不同政见者失去了自由辩论、平等对话的环境，从而进一步加剧了变法派与反变法派之间的对立。这种对立，又导致了双方观点和行为的极端化倾向，这不能不说是令人遗憾的事情。
这年三月，又值三年一度的礼部考试，吕惠卿任主考官，苏轼任编排官（ 主管编排举人试卷字号和合格举人名次 ）。应试举子中有不少人，为了投合主考官的意旨，肆意批评成法，赞美新政。在阅卷的过程中，苏轼与吕惠卿常常意见相左，最突出的例子是对来自邵武的考生叶祖洽的取舍。叶祖洽在试卷中写道：
祖宗法度，苟简因循。陛下即位，当与忠智豪杰之臣合谋而鼎新之。
吕惠卿大为赞赏，将他列入甲科，取为第一。而苏轼则认为此人诋毁祖宗，谄媚时君，应该黜落。神宗皇帝亲临集英殿，策试进士，最后点叶祖洽为第一。苏轼气愤不已，他认为进士策论应以批评时政为务，如今阿谀奉承之辈名列榜首，必将败坏科场风气，并进而败坏社会风俗，便模拟一道答卷献上。这篇名为《拟进士对御试策》的文章，抨击时政，言多讥讽，将当时局势比拟为：“乘轻车，驭骏马，冒险夜行，而仆夫又从后鞭之。”至此，苏轼与变法派之间的矛盾越来越大了。
苏轼一而再，再而三地批评新法，也令神宗皇帝很不高兴，他将这篇《拟进士对御试策》转给王安石看，王安石说：“苏轼确实很有才华，但所学不正，又因这次科考取士标准不合他的心意，所以言语冲撞，不知轻重。”
就此搁下不再提起。