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然而，苏轼终究是不能沉默的。父亲当年写《名二子说》时，对他的那一份忧虑和担心不是多余的，他太直露，太坦率，太锋芒毕露，每遇不入眼的事情，总是“如食中有蝇，吐之乃已”（ 宋·朱弁《曲洧旧闻》引苏轼语 ）。弟弟的性格则显然和他不同。熙宁二年，苏辙曾在制置三司条例司任职，因与王安石的助手、变法派的另一重要人物吕惠卿政见不合，很快自请调任他职，又因上书批评新法，几乎被治罪，熙宁三年外放出任陈州学官，和司马光一样，从此再不议论新法短长。这种处世原则，苏轼一辈子也学不来，这太不符合他的个性了。
眼看着弟弟以及自己所敬佩的前辈、亲近的朋友、周围的同僚，因为反对新法一个个失意离朝，一种空前的寂寞之感在苏轼心中生起，他叹息道：
闭户时寻梦，无人可说愁。（《次韵子由初到陈州二首》其二）
可他并不肯真的闭门寻梦，尽管无人说愁，他仍然时时向人说愁。有时候他愤激：
人生识字忧患始，
姓名粗记可以休。（《石苍舒醉墨堂》）
似乎后悔不该读书明理，踏上仕途，给自己招来无尽无休的烦恼与忧患；有时候他自嘲：
朅来（朅［qiè］来，即去来，此处即谓“来”）东游慕人爵，弃去旧学从儿嬉。（《送安惇秀才失解西归》）
十年寒窗，一举成名，真不知有什么意义？官场的争斗恰如儿戏一般，哪里用得上当年苦学的那些宏经巨论？而更多的时候，他抗议：
但苦世论隘，聒噪如蜩（tiáo，蝉的总称）蝉。（《送曾子固倅越得燕字》）
当道者心胸狭窄，容不得不同意见，如今满世界只剩下一种声音，像蝉鸣般聒噪单调。
在这种情况下，苏轼确实不可以再说话了，即使不能追逐潮流，虚假地颂扬新法，也应该保持沉默。可是，苏轼又怎么能不说话呢？强烈的忧国忧民的情绪在他心中火一般地燃烧，自幼崇拜东汉时因反对宦官而死的名士范滂；平时常以“忘躯犯颜之士”自居；考制举，又以贤良方正直言敢谏取入第三等，他想：
使某不言，谁当言者？（宋·朱弁《曲洧旧闻》引）
在舍身报国的精神鼓舞下，苏轼决心坚守“危言危行、独立不回”（ 《杭州召回乞郡状》 ）的政治操守，作为反变法派的代言人，为他所认定的真理进行倔强的争执。
王安石变法既以富国强兵为宗旨，因此，所颁行的一系列新法都围绕着增加国家财政收入这一中心，在“国计”与“民生”这两端上，重心明显倾向“国计”而忽视“民生”。新法实行之后，国家收入迅速增加，与此同时，百姓的负担也日益加重。加上所用非人，一些贪利求进的地方官，为了个人升官晋级，不惜严刑重法压榨人民，有的地方甚至出现了“拆卖屋木以纳免役钱”的惨剧。王安石主观上的“良法美意”在实践中却部分地变成了“扰民”的工具。
苏轼时刻关注着国事，新法推行中出现的这些问题，更使他确信自己所站的立场是正确的。每当独自坐沉思，他那诗人特有的活跃想象力就会将新法刻剥百姓的一幕幕图景展现在眼前，他仿佛能听到他们孤苦无告的哀鸣。于是，在一个寒冷的冬夜，他终于忍不住了，他要给皇帝上书！孤灯之下，奋笔疾书，在这篇洋洋数千言的《上神宗皇帝书》中，苏轼奉劝神宗“结人心，厚风俗，存纪纲”。并对新法发起全面攻击。
尽管在此之前，苏轼一直都在正式或非正式的场合不断发表意见，非议新法，然而，完整系统地阐述自己对新法的不满，并逐条予以批驳，却还是第一次。多少次辗转反侧的思考，多少天郁积心头的激情，此刻一齐涌到笔头，他振笔直书，一气呵成。当时，夜已深沉，家人熟睡的鼾声忽断忽续，苏轼站起身来，舒展一下有些麻木的四肢，感到一阵许久不曾有过的畅快。他想：明天一早就把这篇奏议递交给皇上。
变法与反变法，这是一个涉及政治、经济、军事以及社会生活各个层面的大问题，不仅当时两派之间针锋相对，即使千百年后的今天也仍然聚讼纷纷，其中是非三言两语难以辩清，但可以肯定的一点是，苏轼这篇言事书，字字句句饱含着对国计民生的深切关怀和忧虑，忠爱之心溢于言表。神宗皇帝读后，也不由悚然动容。可是，新法刚刚推行，虽然举步维艰，理财的成绩还是非常显著的，同样以富国强兵为目标而又求治心切的神宗，又怎么甘心就此止步呢？他以惯有的坚定，抑制住浮上心头的这一瞬间的困惑，苏轼这篇质直剀切的文章，便如一片划过水面的碎石，不一会儿就悄无声息了。