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不过，苏轼毕竟已在神宗皇帝心中留下了极好的印象。时隔不久，针对中书政事堂事务繁杂，办事效率低的积弊，朝廷成立“编修《中书条例》所”，改革吏制，提高行政效率。神宗马上想到苏轼。
一天，他对王安石说：“朕想调苏轼修《中书条例》，卿以为如何？”
王安石大不以为然，他毫不讳言地说：“苏轼与臣所学及议论素有歧异，不宜担当此任。”
见神宗还想坚持，他又说：“陛下欲修《中书条例》，朝中大小官员都表示反对，苏轼恐怕不会违背众人的意愿来与我们同心协力做这项工作。即使来做，也会时时发表不同意见，把事情弄糟。”
可是，对于苏轼，神宗常常有“才难”之叹，依然想要重用他，所以，到十一月，又提出任用苏轼修《起居注》。这一职位是最为接近皇帝的侍从近臣，更不能让反对变法的苏轼去做，所以，王安石又一次坚决阻止。他说：“苏轼论资历最多只能担任通判之职，怎么可以就让他修《起居注》呢？陛下用人须再三考察，确实可用乃用之。现在，陛下不过是听了苏轼的言论而已，而这些言论又未见可用之处，恐怕不宜轻用也。”
王安石与苏轼政见不一，阅历、个性和思想方式也很不相同。在王安石眼中，苏轼不过是一介书生，尽管才气横溢，根本就缺乏从政的经验和议政的眼光。他的那些文章和言谈，统统不过是书生空论而已，没有一句值得采用。然而书生空论，虽不能左右大局，却也产生了不小的舆论影响，令王安石非常恼火。
这年冬天，苏轼被任命为开封府判官。这一任命自有其深意，既可使他远离皇帝的视线，又可用繁杂的首都地方行政事务困扰他，使他少有余力干预朝政。但是苏轼决断精敏，处事迅捷，不仅将职责范围内的事务处理得井井有条，而且依然有足够的精力关注朝廷的一切，哪怕是最细微的变化。
转眼之间已到岁暮，这是英宗去世、神宗即位之后迎来的第三个新年，此时国丧已满，孝顺的神宗皇帝一心想让祖母、母亲过一个热热闹闹的新春佳节，决定在正月十五上元节在宫中举行大型灯会。
上元观灯原是唐宋时代最为热闹的习俗。每当此夜，士女成群，游人如织，多少旖旎浪漫的才子佳人故事就发生在这华灯齐放的美丽夜晚。制作花灯也由此成为当时一项重要的手工艺。小民赖以谋生，商人借以牟利。在品种繁多、产地各异的花灯中，精巧华美的浙灯最负盛名。
以往，皇宫之内很少举办灯会，每遇放灯，照例只是临时买些花灯张挂，数目既少，费用也不多，内庭嫔妃大多只能登上高楼遥望灯火辉煌的市中心，感受一下节日的氛围。今年神宗皇帝既然有心在宫里大张旗鼓地庆祝元宵，所以早早地便传下诏令，叫内使收买四千余盏浙灯。当有关部门了解市场行情将实价上报之后，神宗觉得费用过高，于是又下令减价收购，同时禁止市民购买，以满足宫中的需求。这一举动引起了商人和市民的强烈不满。虽然只是小事一桩，却使神宗在百姓心中的形象大打折扣。
苏轼想起五月间神宗召见时的那一番温谕：
凡在馆阁，皆当为朕深思治乱，无有所隐。
他不希望神宗因小失大，连忙写了一道《谏买浙灯状》奏上。文章说：
卖灯之民，例非豪户，举债出息，蓄之弥年。衣食之计，望此旬日。陛下为民父母，唯可添价贵买，岂可减价贱酬。此事至小，体则甚大。
因此在民间造成极坏的影响：
皆谓陛下以耳目不急之玩，而夺其口体必用之资。
这篇奏章呈上之后，神宗皇帝从善如流，立即收回前命。苏轼惊喜过望，感动得流下热泪。他想：
改过不吝，从善如流，此尧舜禹汤之所勉强而力行，秦汉以来之所绝无而仅有。（《上神宗皇帝书》）
年轻的神宗竟然能够做到。
有君如此，其忍负之？惟当披露腹心，捐弃肝脑，尽力所至，不知其它。（同上）
因此，他决定在适当的时候，再上一道长篇的奏章，就目前的新政发表自己不同的意见。
那两三年间，因为两派斗争激烈，朝中人事更迭不已。为反对新法而受贬或不愿合作而自请外放的人接二连三，苏轼频繁地出现在饯别的酒席上。
年年送人作太守，
坐受尘土堆胸肠。（《送吕希道知和州》）
长亭外，古道边，垂柳依依，随风飘拂，握手道别，折柳相送，满腹的愁绪都寄托在这鹅黄嫩绿的柳枝上，年去岁来，真不知已折断柔枝多少！这种特定背景下的饯别，远行者大有殉道的热忱和慷慨赴义的豪迈洒脱，而送别者却倍感京华倦客的孤独与落寞。在送馆阁同事钱藻出守婺州时，苏轼感叹道：
子行得所愿，怆悢（liànɡ，悲伤）居者情。（《送钱藻出守婺州得英字》）
因为全身心关注着国事，很久以来，他都没有心情写诗了，只有在不可无诗的送别场合，才将心头的抑郁谱写成诗篇，所以一提笔就不免关涉到政治：
吾君方急贤，日旰（ɡàn，晚上）坐迩英。黄金招乐毅，白璧赐虞卿。子不少自贬，陈义空峥嵘。（同上）
神宗皇帝求贤若渴，不分白天黑夜端坐迩英殿，处理政务，招纳贤才，希望能像战国时代的燕昭王、赵孝成王一样，以黄金白璧、高官厚禄求得乐毅、虞卿这样的惊世奇才。于是，大批巧进之人趁时并起，而真正的贤能之士则坚守道义，自甘隐退，纷纷离朝，出守州郡。然而，“古称为郡乐，渐恐烦敲搒（ pénɡ，用棍子或竹板子打 ）”（ 同上 ）在新政风暴的席卷下，中国之大，再难找到一片清静之地。一郡之守的闲雅乐趣，自古以来最为士大夫们交相称颂，如今渐渐地恐怕也将一去不复返了！因为新法既行，重赋苛税，百姓难以输纳，为郡者便不免用鞭棰催督。诗歌语含讥讽，毫无隐饰，直斥当时朝政，批评神宗皇帝“求治太急，进人太锐”。
面对神宗皇帝与王安石义无反顾推进新法的强硬态度，在新党成员日益鱼龙混杂，排斥异己、借题发挥的事件屡屡发生的险恶环境中，苏轼清楚地知道，发出这样与当政者极不和谐的声音，很有可能会给自己招来厄运。在《送刘攽倅（ cuì，充任州郡副长官 ）海陵》中，他这样告诫好友：
君不见阮嗣宗臧否（zānɡ pǐ，评论人物的好坏）不挂口，莫夸舌在齿牙牢，是中唯可饮醇酒。
在目前的形势下，从个人利益而言，应该学习晋朝的阮籍，对于是是非非、善善恶恶，缄默不言，以便远害全身。