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苏轼兄弟于熙宁二年二月还朝。苏轼恢复殿中丞、直史馆的职衔，差判官诰院（ 负责颁发官吏授官凭证的机构 ），苏辙则在制置三司条例司工作。
面对朝政的巨变，苏轼一时有些困惑。在此之前，作为一位关心民生疾苦，有志于匡时济世的士大夫，苏轼的思想一直与当时的革新思潮保持一致。他希望朝廷奋发有为，革新弊政。嘉祐五年为应“制科”考试所写的《进策》和《进论》各二十五篇，以及嘉祐八年（1063）在凤翔任上所作的《思治论》，就集中表现了他当时要求革新的政治思想。在这些文章中，他首先指出掩盖在承平景象下的严重的社会危机：
天下有治平之名，而无治平之实。（《策略一》）
并说当今的忧患，在外是辽和西夏，在内是下层的民众；辽和西夏还不足以成为朝廷的大忧，但是，他们的侵扰可能引发内祸，下层民众才真正掌握着国家存亡的大权。十分深刻地认识到阶级矛盾和民族矛盾的主次地位和相互影响的关系。他大声疾呼，要“涤荡振刷而卓然有所立”（ 同上 ），一再阐发《易经》中“天行健，君子以自强不息”的万物皆动的思想，希望“天子一日赫然奋其刚健之威”（《策略一》），勇于改革。这些政论文在文风上深受战国时代纵横家的影响，它的特色是汪洋恣肆，辩才无碍，一经问世便传遍天下，为革新思潮推波助澜，并被应试科举考试的举子们奉为楷范，南宋时就有“苏文熟，吃羊肉。苏文生，吃菜羹”的俗语流行。
现在，面对紧迫的社会危机，神宗皇帝真的“赫然奋其刚健之威”，企图挽狂澜于既倒，支持王安石在较为深广的范围内进行改革。暴风骤雨般的变法运动却令苏轼深感不安。事实上，他的思想深处本来就充满着变革与反变革的对立因素，这种内在矛盾性，使他在不同的政治环境中，产生出几乎完全不同的政治见解。应制科考试时，正当仁宗执政后期，经历了“庆历新政”的失败之后，朝廷内外弥漫着习故蹈常、萎靡不振的政治空气，求变的思想因素在苏轼的心中骚动不宁，所以他不满现状，一再呼吁改革。可是，当改革真正来临的时候，动荡多变的政局又激发了他思想的另一面，他开始鼓吹清静无为，对改革的前景顾虑重重，害怕变革过度。况且，长期的书斋生活限制了他的生活视野，凤翔任职的三年也没有独当一面的经验，对于社会问题产生的本质原因缺乏认识，看不到王安石变法的积极、进步、合理的方面。所以，在最初的阶段，他沉默地注视着，思考着眼前发生的一切。随着变法运动的展开，变法与反变法两大阵营逐步明朗化，纷纷攘攘的局面中，苏轼本来就持有不同政见，加上舆论的影响，以及新法在推进的过程中实际出现的一些弊端，尤其是他与欧阳修、韩琦、富弼等元老重臣的人事渊源关系，都促使他无条件地站到了反变法派的一边。
熙宁二年五月，王安石准备改革科举法，罢去诗赋明经诸科，以经义论策考试进士，同时，鉴于科举选拔人才的种种弊端，计划兴办学校，逐步实现以学校代科举。神宗皇帝对这一改革方案颇为犹豫，于是诏令馆阁学士参与讨论。苏轼立即写了《议学校贡举状》，表示坚决反对。文章层层深入，论辩滔滔，神宗皇帝读后赞叹不已。神宗本来极为讲究文辞，重视史学，这位在嘉祐二年以诗赋文章一鸣惊人的杰出才士给他留下了十分深刻的印象，祖父仁宗“两宰相”的评语他也早有耳闻。此时，神宗一边欣赏着奏章上苏轼那刚健而不失婀娜、凝重却不落呆滞的字体，一边想道：
“即位之初，苏轼尚在家乡守制。最近听说他已经除丧还朝，只因自己政务繁忙，还没来得及单独召见他。关于变科举，兴学校，我本来就觉得有不够妥当之处，读了他这番议论后，真有豁然开朗之感。看来，苏轼确实是个难得的人才啊！”想到这里，他立即叫人传旨，召苏轼觐见。
苏轼奉命匆匆前来，行礼之后，见神宗皇帝神情安详、言语温和，忐忑不安的心才稍稍有一些镇定。虽然回朝还不过短短的三个月，他却已耳闻目睹了不少人因为反对新法而冒犯天颜，他不知道自己这一篇《议学校贡举状》会在神宗的心里激起怎样的反应。现在看来，皇上毫无怪罪之意，苏轼不禁松了一口气。这时，他听到神宗说：“苏爱卿，你认为当今政令有哪些失误？即使是朕个人的过错，也不妨坦率指陈。”
神宗皇帝诚挚恳切的语气令苏轼深深感动，多少年来，他一直梦想着的不就是这样一个时刻吗？所以，没有丝毫犹豫，他朗声答道：“臣以为，以陛下生而知之的禀赋，不患不明，不患不勤，不患不断，但患求治太急，听言太广，进人太锐。愿镇以安静，待物之来，然后应之。”
神宗听了不禁悚然。自酝酿变法到如今，他不知听到过多少反对的意见，苏轼这几句话似乎格外令他震动。他扪心自问，即位以来，确实有一种非常急切焦虑的情绪萦绕在心头，他广泛听取意见，起用王安石等一大批变法派骨干，为了推进新法，又以最大的勇气、果决和魄力排除障碍，这一切真的都做得有些过头吗？真的是所谓“求治太急，听言太广，进人太锐”吗？
略做沉吟之后，神宗说：“卿这三句话，朕一定仔细想想。”接着，他又以鼓励的语气对苏轼说：“凡在馆阁，皆当为朕深思治乱，无有所隐。”
苏轼退朝之后，兴奋不已，立即将这次召见的经过说给同事、朋友听，他仿佛看到了扭转乾坤的希望。
这件事情也很快传到了王安石的耳中，他自然很不高兴。他深知变法事业尽管阻力重重，只要神宗态度坚决、不动摇，就一定能进行下去，他担心苏轼的那些话会对神宗皇帝产生不良影响。其实，王安石的担心完全是多余的。神宗虽然欣赏苏轼的才情，却并不因他的片言只语而改变自己的目标。改革是他毕生的大事业，他决不轻易放弃。因此，他真正倚重的仍然是具有政治家魄力与眼光的王安石。
关于科举考试的改革方案，最后还是王安石的一番话坚定了神宗的决心，第二年即罢诗赋明经科，以经义论策取士，只是在具体操作的一些细节问题上，适当吸收了苏轼的意见。