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中医哲学是以中医学为研究对象的哲学学科，是中医学的思想基础和理论指导。从其学科属性上说，中医哲学是哲学与医学的交叉学科，既是中国哲学的分支，是中国哲学的重要组成部分；又是科学哲学的分支，是科学技术哲学（医学哲学）的重要组成部分。
中医哲学是研究中医生命观和方法论的学问，是对中医学本质问题、终极问题及最普遍问题、最基本问题的反思，是中医学核心价值和思维方式的集中体现。如果说中国哲学是中国文化的核心和灵魂，那么中医哲学也是中医文化的核心和灵魂，中医哲学不仅是中医学的思想指导，而且是中医学的本质特征、特色优势的根本所在。
中医哲学运用哲学的观点和方法，研究中医学领域中具有世界观和方法论意义的一般理论问题，即所谓的形而上之“道”。中医哲学不同于中医学内部各门具体学科的具体内容，它所重点研究的是思维规律和哲学范畴在中医学中的特殊体现。它必须从中医学的实际情况出发，而不是从外部将哲学观点强加给中医学。中医哲学要求在综合考量中医学发展的历史和现状、深入探讨生命活动和疾病过程普遍规律的基础上，对中医学的医学观、天人观、生命观、疾病观、诊疗观、方法论等一般理论问题进行探讨。
中医哲学所研究的问题可以分两个方面，一是中医学的本体论和生命观，二是中医学的方法论和认识论。
1.中医的本体论和生命观 中医学以研究人体生命为对象，有一套不同于西方医学的生命学说、生命观。中医学将人体生命看成一个有机联系的整体，这个有机整体与天地自然、社会环境又构成一个更大的有机整体，在“天人合一”“整体调和”哲学观念指导下考察人体生理病理过程，并提出相应的治疗养生方法。中医学偏重人体生命整体的功能结构关系，是运用取象比类的方法，建立人体生理的藏象学说、疾病诊断的证象学说。中医将“气”看作是人体生命的本体，这种介于有形和无形之间、物质和功能之间的“气”还有很多现代科学所解释不了的地方。中医的这种生命观和本体论应该是中医哲学研究的重点。
2.中医学的认识论和方法论 研究这一问题，可以解读中医学的理论体系和临床实践为什么是这种样子，而不是西医那种样子？中医为什么要用整体综合的方法，而不是分析还原的方法？为什么中医要用象数、用阴阳五行来构建藏象学说、经络学说、体质学说、病因病机学说、证候学说，以及药物的四气五味学说、方剂的君臣佐使学说？中医学的这套认识生命的方法究竟有没有意义？按照这种认识方法究竟能不能揭开生命的秘密？这是中医哲学所要研究的重点问题。
生命问题是一个极其复杂的问题。现代医学模式早已从单一的生命科学向生物-心理-社会-伦理的多元模式转变。中医学具有科学和人文相交融的学科特点，非常符合人体生命的复杂状况，符合人体生命综合、整体的医学模式。
生命科学与中国哲学的完美结合是中医学的一大优势。中国哲学对中医学理论的构建和发展起到了奠基和引领的重要作用，它已经渗透到中医理论体系之中，成为中医理论体系不可或缺的重要组成部分。建立在中国哲学和生命科学基础上的中医药学在我国各族人民几千年生产生活实践和与疾病做斗争中逐步形成并不断丰富发展，为中华民族繁衍昌盛做出了重要贡献，对世界文明进步产生了不可忽略的积极影响。
中西医学的本质区别是哲学观念的区别、思维方式的区别。从哲学观念上看，中西医学在生命观、疾病观和医学观上各有优势。在生命观上，中医的优势主要体现在生命的精神层面、功能层面、整体层面、动态层面，体现在对生命复杂现象的直觉观测、灵性感悟、整体把握上。与之相比，西医则在生命的物质层面、结构层面、个体层面、静态层面，以及对生命现象的知性观测、数理分析、微观把握上占有优势。在疾病观上，中医学认为疾病产生的主要原因是人体气血脏腑功能的失衡，中医的优势体现在未病养生的预防观念，辨“证”求“本”的诊断方法，发掘正气潜能、自稳自主自调节的治疗原则上。西医的优势在于对病因、病理、病位的物质性指标的精确把握，对疾病病灶的定位、定量的准确消除上。在医学观上，西医主要采用生物医学模式，并向生物-心理-社会医学模式转变，中医则从一开始就是一种综合性的、大生态、大生命的医学模式。虽然中西医学都将人的健康作为自己的目的，但如何才能获得健康却有不同的思维。中医是和合性思维，认为人体功能的动态平衡态、稳态、和合态就是健康，因而治病的根本原则就在于“法于阴阳，和于术数”，亦即采用调节、调和为主的治疗方法，将失衡的状态调节到动态平衡态、阴阳和谐态；西医则主要是对抗性思维，即通过对抗性治疗，杀灭致病因素，从而达到健康状态。我们应该看到，中西医学又各自有所不足。
从思维方式上看，中医思维方式具有重合轻分、重用轻体、重象轻形、重时轻空、重悟轻测、重道轻技的特征，中医思维模型具有符号性、功能性、超形体性、时序性、过程性、模糊性的特性。事实证明，中医思维方式无论是在揭示人体生理、病理现象及其变化发展的规律方面，还是指导中医预防、诊断和治疗的临床实践方面都是有效的、有用的，它使中医学具有整体、动态、灵活、简便等优点。当然，中医思维方式也不可避免地具有历史局限性，也存在一些缺点和不足。
中医哲学力图从哲学层面阐明中医学的思维特征、文化来源、学术内涵、特色优势，阐明中医学理论与临床的根本思路和基本原则；厘清中国哲学与中医学的体用关系，辨明中医学与西医学的思维异同，对于揭示人体生命的本质和生命变化的秘密意义重大。学习中医哲学，可以帮助中医学子乃至中医学者树立并最终形成中医思维，能够自觉利用中医思维解决临床问题，继承发扬并创新中医学的优势，提高临床疗效，为中华民族乃至全人类的健康服务。