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很早以前人们就知道强力泻药可导致流产。怀孕时经常出现便秘，但决不能随意使用在此之前从未用过的泻药。
反应停曾在社会上轰动一时，现该药已经停止出售。对孕妇以外的病人安全的药物，使用说明书上应注明“孕妇慎用”，在诊所中使用。如不仔细阅读说明书，或没有确认月经的日期，这类药物就会在有怀孕可能的妇女的处方中出现。病人拿到处方后如果到药店买药，有经验的药剂师也许能够检查出来。但有时医生并不把处方交给病人，也不把药名告诉病人，所以，病人并不知道拿的是什么药。因此，为安全起见，病人应详细了解治疗的相关内容。为达到这个目的，医生应将药物的名称告诉病人。患了感冒，出现了咽痛、鼻塞、咳嗽，确定为上感时，最好不去医院就诊。因为对感冒病毒来说，尚无特效药物，另外也不知道医生会给你用什么药。怀孕时最好不要使用阿司匹林。临分娩前服用该药，出生的小儿容易发生出血。
为预防感冒发展成为肺炎，防止发生化脓感染，而常常会使用一些抗生素类药物，因四环素族类药物可使孩子出生后牙齿变黄，所以应避免使用。某些抗组胺类药物在说明书中标有孕妇不宜使用的字样，所以为保险起见，最好不要服用从药店购买的感冒药。
具有致畸可能性的药物中，反应停、卵泡合成激素、抗癌药中的有丝分裂拮抗剂等已为人们所熟悉。反应停现已被停止生产，使用抗癌药的妇女可能不会怀孕（也有报道白血病父亲使用抗癌药后，母亲怀孕生出了正常的婴儿）。卵泡合成激素常被用于预防流产，现已证实无效，一般已不使用。但目前还有的国家仍存在使用该药的现象，据报道此药可引起婴儿性器官畸形。
到目前为止，尚未发明对防止流产确实有效的药物。在出现了要流产的征兆时，如医生让服用卵泡合成激素，应坚决予以拒绝。
可能引起胎儿畸形的药物还有抗惊厥药（常用于癫痫患者）、华法林（常用于心脏瓣膜置换术后的病人）、乙醇、用于躁狂症的锂盐、手术室内应用的挥发性麻醉药等。应用抗惊厥药可引起唇裂（兔唇）及先天性心脏病，华法林可导致鼻骨畸形。乙醇可引起发育迟缓、小头畸形、先天性心脏病、关节畸形等。
手术室内麻醉药发生危险的对象主要是作为手术室工作人员的女医生和女护士，与在那里做手术的患者关系不大。
近来逐渐明确乙醇的量与畸形发生率的关系。每天的饮酒量按纯乙醇计算，如超过60克，则5人中会有1人导致畸形儿，25～60克时10人中有1人，25克以下时也不一定绝对安全。在怀孕的不同时期饮酒所产生的影响也不相同，越接近怀孕时影响越大。每晚必喝1瓶啤酒或1杯白酒才能得到满足的人，应避孕，或只在月经开始后10天内喝酒为好。
除此之外，可能引起畸形的药物有麦角二乙胺（为产生幻觉而服用）、黄体酮类的合成剂（也含在避孕药中）及叶酸拮抗剂（氨甲蝶呤）。