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《汉志》还向以“辨章学术，考镜源流”著称，现在我们就来阐述它“学术之宗”的第二个层面——溯学术之源。
著名目录学家、文献学家余嘉锡在《目录学发微》中多次强调“凡目录之书，实兼学术之史”，甚至认为“目录即学术之史”。
《汉志》可以说是一部以目录学形式写成的“学术史”，这种特殊“学术史”十分注重“溯学术源流”。
《汉志》前面有一篇总序作为全志的总纲，每略之中又分若干小类，每一小类后又有一小序，追述其学的渊源出处，先明其长而终言其弊，每略后再作一总论分析其源流得失。章学诚在《校雠通义·补校汉艺文志》中说：“《汉志》最重学术源流……所以有关于明道之要，而非后世仅计部目者之所及也。”
对于古学渊源、古籍版本、师儒传授和承学流别，《汉志》为我们勾勒了一幅清晰的轮廓。
试以《六艺略》之七《论语》为例。首载“《论语》。古二十一篇”（原注：“出孔子壁中，两《子张》”），次列“《齐》二十二篇”（原注：“多《问王》《知道》”），再列“《鲁》二篇”。由此我们得知汉代《论语》有三种版本：《古文论语》《齐论语》《鲁论语》。何晏在《论语集解序》中说：“鲁恭王时，尝欲以孔子宅为宫，坏，得《古文论语》……《古论》惟博士孔安国为之训说，而世不传。”
孔壁所得版本名《古文论语》，齐人所传的版本叫《齐论语》，鲁人所传的版本叫《鲁论语》，《齐论语》和《鲁论语》都是今文《论语》。《古文论语》与《齐论语》很早亡佚，今天我们读到的《论语》即《鲁论语》，今本《论语》的篇次与《鲁论语》完全相同。为何《古文论语》有二十一篇呢？从班固注可知该本有两个《子张》篇，原来它将《尧曰》篇中“子张问于孔子曰：‘何如斯可以从政矣？’”以下别出单独成篇，这样就比《鲁论语》多出了一个《子张篇》。《齐论语》之所以有二十二篇，是因它多出《问王》和《知道》两篇。即使今天见不到《古论》和《齐论》，我们也大致能够猜到这两个版本的《论语》概貌。由于《古文论语》亡佚最早，《汉志》只列出《齐论语》和《鲁论语》师儒授受源流，“《鲁传》十九篇、《齐说》二十九篇、《鲁夏侯说》二十一篇、《鲁安昌侯说》二十一篇、《鲁王骏说》二十篇、《燕传说》三卷”。最后小序总结说：“凡《论语》十二家，二百二十九篇。”交代了《论语》这一小类收书的家数和篇数后，再阐述《论语》的形成过程、基本内容、著作编者、得名由来：“《论语》者，孔子应答弟子、时人及弟子相与言，而接闻于夫子之语也。当时弟子各有所记。夫子既卒，门人相与辑而论纂，故谓之《论语》。”讲完了《论语》本身的概况，最后就介绍汉代《论语》的传授与承学源流：“汉兴，有齐、鲁之说。传《齐论》者，昌邑中尉王吉、少府宋畸、御史大夫贡禹、尚书令五鹿充宗、胶东庸生，唯王阳名家。传《鲁论语》者，常山都尉龚奋、长信少府夏侯胜、丞相韦贤、鲁扶卿、前将军萧望之、安昌侯张禹，皆名家。张氏最后而行于世。”这与今天图书馆中的藏书目录或借书目录大不相同，现在的馆藏目录或借书目录，或按笔画、或按拼音、或按书名、或按著者进行排列，只是便于馆藏和便于借阅，不涉及学术源流和师徒授受，而这些现代目录所忽略的东西，恰恰是《汉志》特别重视也特别精彩的内容。《六艺略·论语》就是一篇《论语》学术研究小史。《汉志》中《论语》类如此，其他各类也莫不如此。如细读一遍《六艺略·小学》，对我国汉字的产生、汉字的源流、汉字的特点、字体的演变、文字的著述、汉代的文字政策及教学与使用情况，总之对汉以前汉字的方方面面就会有深入的了解，这也同样是一篇杰出的语言文字学史论。
《汉志》虽然主要是整理典籍，但它在推阐“坟籍之初”的同时，也重视探寻百家学术之源，因为只有溯其学术之源，才能使典籍各从其类。章学诚在《校雠通义·原道》中说《汉志》“总计部目之后条辨流别数语……深明乎古人官师合一之道，而有以知乎私门初无著述之故也。何则？其叙六艺而后，次及诸子百家，必云某家者流，盖出古者某官之掌，其流而为某氏之学，失而为某氏之弊。其云某官之掌，即法具于官，官守其书之义也。其云流而为某家之学，即官司失职而师弟传业之义也。其云失而为某氏之弊，即孟子所谓‘生心发政，作政害事’，辨而别之，盖欲庶几于知言之学者也”
。《汉志》中《诸子略》十家后每篇小序都推见各家所出之源，如论“儒家”说：“儒家者流，盖出于司徒之官，助人君顺阴阳明教化者也。”《周礼·地官司徒》说司徒的职责是掌邦教，“以佐王安扰邦国”，也就是上文所说的“助人君顺阴阳明教化”。又如论“道家”说：“道家者流，盖出于史官，历记成败存亡祸福古今之道，然后知秉要执本，清虚以自守，卑弱以自持，此君人南面之术也。”清姚明辉《汉志注解》引《经典释文·老子音义》说：“出道字云，生天地之先，老子史官也，而道家。司马氏世为史官，而太史谈《论六家要旨》，推重道家，其言道家使人精神专一，与时迁移，应物变化，旨约易操，事少功多，即秉要执本之谓也。”
再如论“法家”说：“法家者流，盖出于理官，信赏必罚，以辅礼制。”据《周礼》记载，理官即上古治狱之官，夏时称为大理，周代称为大司寇。章学诚《校雠通义·原道》说三代“有官斯有法，故法具于官；有法斯有书，故官守其书；有书斯有学，故师传其学；有学斯有业，故弟子习其业。官守学业皆出于一，而天下以同文为治”
。章氏“官师合一”之旨虽然遭到有些学者的质疑，但对有些学派的论述基本符合上古的历史真实。王国维据殷墟卜辞考证，“史之本义，为持书之人，即为掌书之官，引申为大官及庶官之称，又引申为职事之称”
。据王氏考证在上古吏、事二字都从“史”取义，史、吏、事三字古可互通。《汉志》所谓某家出于上古某官，意在推阐各家学术的源头，具有某种学术思想史的深度，当然其中有些论述于史无据，并受到清代四库馆臣和胡适等人的质疑。
在《汉志·诸子略》中，《兵书略》《数术略》《方技略》三略的小序，在论述各家学术技艺之所出时同样也深探其本源。《兵书略》小序说：“兵家者，盖出古司马之职，王官之武备也。《洪范》八政，八曰师。”据《周礼》载，夏官司马实掌军政，其后历代多以司马主兵，由于上古官师合一，说兵家出于古代司马揭明了历史真实。《数术略》小序说：“数术者，皆明堂羲和史卜之职也。史官之废久矣，其书既不能具，虽有其书而无其人。”《史记·历书》的记述支持了这种论断：“三苗服九黎之德，故二官咸废所职，而闰余乖次，孟陬殄灭，摄提无纪，历数失序。尧复遂重黎之后，不忘旧者，使复典之，而立羲和之官。明时正度，则阴阳调，风雨节……幽厉之后，周室微，陪臣执政，史不记时，君不告朔，故畴人子弟分散。”
《汉志》所说的“史”是史巫之史，官就是太卜。将数术溯源于“羲和史卜”，看来有充分的历史根据。近人顾实《汉书艺文志讲疏》也肯定了这种观点：“此明数术之学，出于古史。则今之江湖医卜星相之流，皆其苗裔也。然其授受，比诸古史世传，则又迥异也。”
找到了学术的源头就为学术分类找到了历史根据，也为图书分类奠定了理论基础，非深明于学术精微和群言得失的人，不可能像这样为九流百家深刻地推本求源。