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南北朝时期，三省尚处在发育的过程之中。
从南朝看，宋齐大体是一个阶段，至梁又一大变。
宋尚书机构开始分为上省和下省。上省仍留在禁中附近，是八座、丞郎每日相互朝见和议事之地。尚书令执行宰相任务，主要通过上省。下省则为各曹办公之地，沿旧称，仍叫尚书省。
仆射、尚书分领诸曹。与此相应，具体执行政务的诸曹尚书渐趋完备。唯仆射、尚书所领各曹，尚未规整，且政务和事务仍未严格分开。中书、门下则基本保持东晋的格局。门下机构有侍中四人，殿内门下众事皆掌之。又有给事黄门侍郎四人，与侍中俱掌门下众事。而无负责官员，可见门下还只是一个松散的系统。中书机关虽有令、监、侍郎和通事舍人，但由于各官还处在权力变换的过程之中，也没有形成一个有长官负责、主要官员之间有明确分工和隶属关系的严密的整体。
根据《隋书·百官志》的记载，南朝职官制度至梁发生了几个重要变化：
其一，一改按官职记载职官制度的传统，改按政府机构记载有关官职。尚书、门下、中书也开始正式有省名及系于长官之下的职掌。
其二，改变过去把三公九卿作为基本制度置于卷首的写法，在叙述已经成为虚衔的诸公之后，首先记叙三省，其详细的程度也超过《百官志》中其他机构。诸卿则置于三省之后。
其三，尚书令和仆射的品秩被提到侍中和中书监、令之上。宋尚书令、仆，中书监、令，侍中均为三品。梁将尚书令提为十六班（相当于正二品），仆射提为十五班（相当于从二品），中书监、令分别为十五班和十三班，侍中为十二班。祝总斌先生指出：“这样便把长期以来的矛盾：‘秩轻于衮司（三公），而任隆于百辟’，基本解决了。也就是说，宰相的权力、责任和品位基本得到了统一，和两汉相去已不远。这是尚书台（省）作为宰相机构长期发展的必然结果。”
三省本身，至梁也有发展。
尚书省 《隋书·百官志上》：“尚书掌出纳王命，敷奏万机。令总统之。仆射副令，又与尚书分领诸曹。”这与《宋书·百官志上》所记宋“尚书令，任总机衡；仆射、尚书分领诸曹”有两点不同，一是“出纳王命，敷奏万机”是作为尚书省的职掌，而不是作为尚书令个人的职掌而加以记载的；二是明确规定仆射副令是尚书省的副长官。
门下省和集书省
梁门下省有“封玺书”的职掌，下行诏敕要经过门下省已形成制度。陈时，“其有特发诏授官者，即宣付诏诰局，作诏章草奏闻。敕可，黄纸写出门下，门下答诏，请付外施行。又画可，付选司行召”
，说明这种制度已经程序化了。集书省“省诸奏闻文书，意异者，随事为驳”
。上行文书的审驳制度也已形成。门下省侍中、给事黄门侍郎各四人，侍中高功者在职一年诏加侍中祭酒，与侍郎高功者一人对掌禁令。集书省散骑常侍、通直散骑常侍、散骑侍郎各四人，常侍高功者一人为祭酒，与侍郎高功者一人对掌禁令。这二省都有了负责的官员，已成一个严密的机构，而不再是松散的系统。
中书省
中书省至梁最大的变化有二：一是东晋以来专掌呈奏的通事舍人，“梁用人殊重，简以才能，不限资地，多以他官兼领，并入阁内，专掌中书诏诰，犹兼呈奏之事”。“自魏晋诏诰皆中书令及中书侍郎掌之，至梁始舍人为之。”
二是中书省除监、令各一人外，有侍郎四人，功高者一人主省内事。中书省有了主省内事的负责官员，呈奏、草诏等具体工作则由中书舍人承担，这是中书令和中书侍郎由事务型向政务型转变的必要条件。
至陈，《隋书·百官志上》虽云“陈承梁，皆循其制官”，实际变化还是很大的。特别是，“国之政事，并由中书省。有中书舍人五人，领主事十人，书吏二百人。书吏不足，并取助书。分掌二十一局事，各当尚书诸曹，并为上司，总国内机要，而尚书唯听受而已”
。尚书省的宰相职能大部分归于中书省。这是尚书省由宰相机构独立为单纯行政机构的一种过渡，也孕育了唐代三省体制的萌芽。
《唐六典》卷八《门下省》“侍中”条：“侍中之职，掌出纳帝命……”梁尚书“出纳王命”的职掌，到唐代转移为门下省的职掌。而“敷奏万机”，至唐亦非尚书省职掌。唐“中书舍人，掌侍奉进奏，参议表章”
，与之相近。可见梁尚书省宰相的职能，历陈至唐，都转移到门下省、中书省和政事堂。而尚书省成为独立的最高行政机构。
但有两点需要指出：（1）门下省和中书省迄陈仍在禁中，其性质仍然是皇帝的秘书、咨询机构。
因此，“国之政事，并由中书省”还只是皇权的扩大。中书省和门下省虽然行使三省制形成后国家权力机关的某些职能，但还不是国家权力机关。三省体制在南朝尚未最后形成。（2）士族在南朝政治生活中仍然发挥作用，因而使制度所规定的三省及其各级官吏的职能往往不能完全到位，甚至完全不能到位。因此，实际运作的政治制度和《百官志》所记载的制度有很大的差距。这一方面是由于士族轻视庶政的传统或不习吏事，另一方面是由于各朝皇帝对待各类士族的态度不同。陈之政归中书，则是皇帝把尚书上省的权力转移到中书省，把宰相的权力由外廷收归内省。而这恰恰又是突破原来谋议、议政都归于尚书省的必要条件。