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“自动驾驶”神经系统，即自主神经系统，能够快速将信号由大脑传输至身体。自主神经系统有交感神经及副交感神经两方面的性能，这两个功能互相配合以保证身体机能的正常顺畅运转，保证我们能不断接受新鲜的知识。当两个功能能够共同作用时，在不停止工作的前提下，它们接受的信息相应改变，它们的反应程度也会相应改变。例如，交感神经功能会影响你的心脏，让你的心跳加速，然而此时副交感神经功能会尝试降低我们的心率。如果我们的心跳需要加速，交感神经功能会使心率提高，而副交感神经功能会降低心率，但两者都同时作用于心脏。
当身体面对压力时，我们的大脑就会引起两种截然相反的连锁反应。自主神经系统的反应是第一种连锁反应。当面对压力时，自主神经系统的两个不同部分进行相反的活动。此时，交感神经功能会迅速提升，副交感神经功能则会相应下降。当身体分泌肾上腺素并产生一系列生理反应，如呼吸急促、心跳加速、高度警惕的时候，这一连锁反应就会达到极点。第二种连锁反应产生于下丘脑，结束于肾上腺释放应激激素皮质醇。它对第一种连锁反应不断施加反作用力，直至压力消失。此时，副交感神经功能上升而交感神经功能下降。人体放松时，副交感神经网络变得活跃起来，而交感神经系统则相反，其在人体应对压力的时候变得活跃。
杏仁核及其协作者——中枢自主神经网络和压力反应回路有着繁杂的联系。这就是为什么影响情绪的事情会迅速引发压力反应。外界强加的经历或者大脑想象的经历都可能引发强烈的消极情感，因此，它会触发交感神经功能的上升。如果我们经常面对压抑的情景或者不能及时掌控自己的情绪，我们就会时常压力巨大，我们的交感神经功能就总是处于强烈的态势。
当大脑感受到威胁时，它会自动产生压力反应。威胁可能是来自外部物质世界的，也可能是内在情感引起的。在当今高度工业化和城市化的社会，来自情感反应的心理压力是最常见的压力之一。前额皮质主管我们的情感反应，因此，前额皮质是感受及处理压力的关键部位。
在某些紧急的情况，或在某些压力巨大的情形下，前额皮质的作用显得尤为重要，因为它可以控制我们的压力反应，调节我们的情绪，帮助集中注意力做好手头上的工作。如果前额皮质发挥良好，来自外部的压力就会被大大舒缓。当突然遇到威胁时，前额皮质会帮助我们从激动的情绪中缓过神来，因此，我们能恢复到正常状态并重新专注于所做的事情。如果前额皮质失效，恢复就会放慢甚至缺失。