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上药一百二十种为君，主养命以顺应上天，无毒，长期服用不伤人。想要轻身益气、延年益寿者以上经为本。
中药一百二十种为臣，主养性以顺应人事，有的无毒，有的有毒，须斟酌服用。想要遏病、滋补虚弱者以中经为本。
下药一百二十五种为佐使，主治病以顺应土地，大多有毒，不能长期服用。想要除寒热邪气、破积聚、疗疾病者以下经为本。
上、中、下三品共计三百六十五种，法三百六十五度，一度应一日，以成一年。把此数翻倍，合七百三十种。
药中有君、臣、佐、使，彼此相互配合、制约。一般的配置是君药一味、臣药两味、佐药三味、使药五味，也可以君药一味、臣药三味、佐使药九味。
药有阴阳相配、母子兄弟，根、茎、花、实、苗、皮、骨、肉。不同药物之间，药性不同，有单行的、相须的、相使的、相畏的、相恶的、相反的、相杀的。医生对这七种情形，要从药性方面来观察。要用药性相须、相使的，不要用药性相恶、相反的。如果药物有毒但能相互制约，可以用相畏、相杀的；否则不能合用。
李时珍说：药有七情：独行的，指的是单方，不需辅药；相须的，指药物药性相同，配合使用，不可分离，如人参、甘草，黄檗、知母等；相使的，指主药的佐使；相恶的，指药物夺取彼此药效；相畏的，指药物彼此制约；相反的，指药物不相合；相杀的，指经物制约彼此的毒性。古方中多有用相恶、相反的。相须、相使同用的，是用药的帝道；相畏、相杀同用的，是用药的王道；相恶、相反同用的，是用药的霸道。
药物有酸、咸、甘、苦、辛五味，还有寒、热、温、凉四气以及有毒无毒。药物阴干、曝干，采收、炮制的时间，生熟，出于何种土壤，药物的真、伪、陈、新，都各有方法。药性有适宜制丸的，有适宜制散的，有适宜水煎煮的，有适宜用酒浸泡的，有适宜制膏的，有以上各种制作方法都适宜的，也有不能入汤酒的。凡此种种，都要顺从药性，不能违反逾越。
药中有上、中、下三品，分别对应君、臣、佐使，三品彼此相互配合、制约，以使药品发挥最大功效。
凡是治疗疾病，必须先了解疾病的根源，等待治病的时机。如果五脏未虚，六腑未竭，血脉未乱，精神未散，那服药必活。如果病已成，可得半愈。如果病势已过，命将难全。