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灾难医学救援活动历史悠久，但灾难医学救援组织机构形成的历史较短。灾难医学救援组织机构的形成，经历了一个从简单到复杂、从单一到多样、从纵向发展到横向连接的过程。组织是由人构成的，发挥着个人不具备的集体功能。在漫长的古代时期，灾难救援医学的认识主体是单个或少数的自然人，还未形成灾难医学救援的组织结构，直到18世纪以后，世界各国才建立了相应的救灾组织来应对包括战争在内的各类灾难。联合国成立以后，对世界范围内的灾难医学救援起到了协调促进作用，建立了多边灾难医学救援机制，各国内部灾难医学救援的组织机构也日益发展完善。总体上来说，灾难医学救援系统的组织结构可分为决策层、指挥层、执行层和各层附属的信息管理系统和专家咨询系统。需要强调的是，灾难医学救援组织不是孤立存在的，只要是有可能产生伤病员的突发事件，都要成立相应的组织机构，医学救援组织部门要以恰当的方式融入政府各级机构，实现联合指挥和救援。
决策层是对组织行为进行决策的部门，一般位于组织架构的上层。决策层是国家或地区灾难医学救援工作的决策者，负责灾难医学救援工作的统一领导、决策，向各支持系统下达指令，提出要求。
在我国，灾难医学救援决策层与国家行政管理体制相适应。党中央、国务院、中央军委是国家最高决策层，对重（特）大灾难医学救援工作做出决策；地方各级党委是本行政区域应急管理工作的决策层，依据授权范围和上级决策层的命令和要求，对本行政区域内各类灾难的医学救援工作做出决策。
在美国，总统是灾难应急管理的最高领导。美国国家安全委员会是由国会组织和管理的委员会，它审核国家安全预算，为总统进行国家安全决策提供信息和情报。国土安全部具有协调各级机构、任命各级官员、调用各种物资和人力资源的权利。发生重大灾难后，总统将授予国土安全部部长代表其行使灾难应急管理职能，直接领导国家响应计划的执行，是重要的应急决策和执行机构。联邦应急管理局隶属于国土安全部，起着沟通联邦政府、州政府、地方政府、私人商业部门、社区志愿者组织等机构的桥梁作用，它也是突发事件具体管理中的重要决策、协调和执行机构。美国卫生与人类服务部（Department of Health and Human Services，DHHS）是应对突发公共卫生事件的主要决策、协调和执行机构，并牵头形成多部门分工协作的机制。
在俄罗斯，突发事件应急管理的特点是“大总统、大安全”，以总统和联邦安全会议为核心，紧急情况部具体应对各种危机。“大总统”是指俄罗斯总统比美国总统拥有更为广泛的权利，“大安全”是指俄罗斯设有专职国家安全策略的重要机构——联邦安全会议。联邦安全会议负责处理平战时的危机，由总统任主席，总理任副主席。在出现重大灾难时，联邦安全会议协调内务部、联邦安全局、国防部等部门，进行统一决策，共同应对各种危机。该机构常设一系列跨部门委员会，包括：宪法安全、国际安全、信息安全、经济安全、生态安全、社会安全、国防工业安全、独联体安全、边防安全、居民保健、动员准备等。
指挥层是按照决策层的判断和指示，对灾难医学救援系统在运行过程中的各类资源进行调度，从而完成组织目标的管理机构。指挥层根据国家行政机构层级和灾情的具体情况进行设置，没有固定的模式。
我国根据《国家突发公共事件总体应急预案》要求，国家灾难医学救援指挥体系由四级组成，第一级为国家应急指挥中心，第二级为省（市）应急指挥中心，三级为地（市）应急指挥部，四级为县（市）应急指挥部，实施分级指挥。第一级应急指挥中心设在国务院，由国务院应急管理办公室、国家政府部门应急指挥中心和专项应急指挥中心组成。政府部门应急指挥中心是国务院各部、委、局处置本部门业务范围内的灾难而建立的指挥部门。专项应急指挥中心是几个部、委、局共同为处置专项灾难而建立的指挥部门。二级应急指挥中心为省（市）应急指挥中心，由省（市）政府办公厅应急管理办公室和应急委管理下的地（市）应急指挥中心和专项应急指挥中心组成，负责本省（市）所辖地（市）和专项业务部门灾难应急处置工作的组织指挥。三级应急指挥中心为地（市）应急指挥部，对所属县（市）政府应急管理办公室管理下的县（市）应急指挥部实施灾难应急处置工作的组织指挥。四级应急指挥中心为县（市）应急指挥部，对所辖区域内的灾难应急处置工作进行组织指挥。
美国的灾难医学救援指挥主要是通过联邦灾难应急管理局—州应急管理分局—地方的直线的指挥体系。当某地区发生重大灾难时，总统会直接指派一位联邦协调官，以方便整合所有联邦救助资源。当某地区发生重大灾难时，所在地方政府的“紧急营救中心”成为灾难一线的指挥中心，内部设有完善的通讯设备。“紧急营救中心”的组织机构包括医学、工程、警察、消防、水电等单位，能够分工协作，有条不紊地开展灾难救援工作。
俄罗斯的灾难救援工作主要依托紧急情况部进行。紧急情况部成立于1994年，是俄罗斯处置各类突发事件的组织核心，其主要任务是制定和落实国家在民防和突发事件方面的政策，实施一系列防灾和减灾措施等。紧急情况部下设居民与领土保护局、灾难预防局、防灾部队局、国际合作局、消除放射及其他灾难后果局、科学技术局、管理局等。该部同时下设几个专门委员会用以协调和实施某些行动，如森林火灾跨机构委员会、水灾跨机构委员会、海上和水域突发事件跨机构海事协调委员会等。紧急情况部拥有国际协调权及在必要时调用本地资源的权限，可对灾难做出快速响应，效率较高。
执行层是负责执行决策层、指挥层下达的命令，完成各类应急处置任务的行动力量和保障力量，是灾难医学救援的末端落实力量。
我国规定，公安（消防）、医疗卫生、地震救援、海上搜救、矿山救护、森林消防、防洪抢险、核与辐射、环境监控、危险化学品事故救援、铁路事故、民航事故、基础信息网络和重要信息系统事故处置，以及水、电、油、气等工程抢险救援队伍是应急救援的专业队伍和骨干力量。中国人民解放军和中国人民武装警察部队是灾难救援的骨干和突击力量。灾难医学救援的执行层要依赖各级卫生行政管理机构和各支专业救援力量，才能有效完成灾难医学救援任务。
美国的紧急事件支持功能单元（Emergency Support Function，ESF）是美国国家紧急事件处理系统的重要保障环节，包括交通、通信、建筑工程、消防、联邦应急管理局信息和预案中心、美国红十字会、物资储备、卫生应急服务、联邦应急管理局搜救中心、危险品处理部门、食品保障、能源部门12个职能部门，每个部门都有专业和业余的救援队伍。另外，国家灾难医学系统（National Disaster Medical System，NDMS）整合军地应急医学救援资源，成立了若干支医学救援队伍，可以完成重大灾难的医学救援任务。
俄罗斯的灾难医学救援任务主要是依靠“全俄灾难医学勤务组织”来进行。1994年，为了应对紧急情况下的医疗救护工作，俄罗斯将原来分属俄联邦各部（卫生部、国防部、内务部、交通部等）的组织机构整合到一起，成立了全俄灾难医学勤务组织，归政府卫生部管辖，在全国89个行政区设立了灾难医学中心。组织机构分为在编机构和非在编机构两种，非在编机构约占88%。在编机构包括全俄防护灾难医学中心、国防部特种医疗队以及医院、专科医疗队和专科医疗组等；非在编机构主要包括各种专科医疗队、组、小组。组织形式较为灵活，便于执行各类紧急灾难医学救援任务。
信息管理系统是应急管理体系的信息中心，负责灾难应急信息的实时共享，为其他系统提供信息支持。主要工作是信息采集、处理、存储、传输、更新、维护等，专家咨询系统在“信息管理系统”传递信息的基础上，对应急管理和医学救援过程中的决策问题提出建议和方案，为指挥决策提供支持，包括预案分析、预案选择、预案效果评价、医学救援流程设计、资源调度方案设计等。
（刘子泉 高宏伟 李中义）