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所有的课题申报及评审程序大同小异，在课题申报通知下发后，课题管理委员会下发申报指南，根据申报指南选择适合的课题进行精心设计严密论证，确立申报课题，然后填写课题申请书。但要注意的是，申请书分为两类，一类是本地Word文件填写后转为PDF上传，这类申请书填报过程中操作较少，步骤简单，缺点为格式不尽统一，评审复杂；二是网上填报课题申请书，这类申请书操作相对第一种较多，优点为格式统一，方便评审，且更适合不同地区的评审专家进行在线评审，因此，多数课题现在采用网报申请书的方法，但有一点需要重点注意，网报申请书时有电脑系统与申请书申报网站插件不相符情况，因此填报时要注意截止时间，提前做好准备工作。
课题申请书提交或上交后，课题组织者对申报的所有课题进行资格审查和分类，取消资格审查未通过的课题申报资格，然后组织评审专家审阅申请书，提出评审意见，集体评议无记名投票后提名立项课题，最后审查确立资助课题。也有很多课题采用双盲法进行评审，组织者将课题申请书邮寄或网传给不同地区的专家，评审专家按照评阅标准评审后打分，给出是否资助的意见，组织者按照意见提名立项课题，最后审查确定。课题资助名单确立后，签署合同，执行课题。实施过程中的具体注意事项见下文。
符合条件的课题申请人在规定时间内向基金委提交申请，并按照课题申报的具体要求提供相应的证明材料，所有材料要真实有效。基金委不受理逾期申报的申请书。自然科学基金已全部改为电子版网上填写，电子版本和纸质文件同时报送，且电子版本和纸质版本版本号要一致。每年的课题填报模板会进行微调，填报时需先下载最新版本。
申请书填写完毕后，将电子版本申请书打印出纸质版本上交到单位科研管理部门，单位在规定时间内审核课题相关信息的真实性。
单位审核完毕后，将课题申请书统一报送到基金委，基金委集中受理各项申请，不受理个人提交的申请书。
基金委将收到的课题申请书统一编号，按照相关学科分发到不同的科学部评审组，分发依据为申请人在申请书中填写的学科代码。评审组的工作人员需要在45天内完成资料的初步审查工作。审查工作主要包括三个方面，第一是申请人申请条件符合要求；二是申请材料齐全；三是申请项目数量符合基金管理机构规定。评审工作人员对符合规定的课题，予以受理，并统计分析初审未通过的原因，邮件通知初审未通过的申请者以及原因，受理的课题进入下一环节。
国家自然科学基金委按照申请书中不同的学科代码和内容，将研究内容相近的申请书分为一组，每组一般不超过15份。然后选择适合的评议专家。申请人在提交申请材料时，可在密封信封内放置申请回避评审的专家名单，一般不超过3人。工作人员在选择同行评议专家时将尽力回避。
国家自然科学基金委已经建立完善的专家库系统，专家库系统内包含一定比例的海外专家。在专家库系统内，可根据学科代码、关键词等选择评议专家，其中面上项目、青年科学基金、地区科学基金等一般每组由3~5位同行专家评议，重点项目每组由5~7位同行专家评议，其中有效同行评议意见不少于3份。基金委明确规定，当年在本学科内有申报项目者不能担任本学科同行评议专家，同一单位的专家不评审本单位的申请书。
评审专家接到评审通知后，还会接到学科工作人员寄发的相关电子版申请材料以及评审的具体要求，目前评审多在网上进行，一般不寄送纸质版申请书。评审专家根据评审要求，认真审阅项目申请书，在网上提交评审意见，工作人员将汇总整理评审意见，在此基础上形成同行评议综合意见和学科意见，学科工作人员按照批准项目数的130%~140%得出审议项目的名单，名单交由科学部同意，提交专家组会议评审。
目前国家自然科学基金委员会医学科学部共设16个专家评审组，专家评审组每2年为一届，主要负责项目资助的评审和成果评议。主要职责和任务为：在同行评议基础上，对项目提出资助金额的具体建议；参与重大和重点项目的立项评议以及同行评议或论证评审；参与拟订学科发展战略研究和项目指南；参与项目执行情况的检测、协调、验收以及重要研究成果的评议和鉴定；参与国家重点实验室和部门开放实验室的评估等。每组专家成员一般20~40人不等。
在专家会议评审之前，科学处工作人员汇报学科申报的初审、同行评议以及计划资助指标等问题，会议由专家评审组组长主持，各位专家对项目进行逐一讨论并投票表决，获得板书以上同意票的项目予以通过。
专家评审组给出资助建议后，提出资助方案，委务会议按照规定和评审意见，决定资助的研究项目。
学科部根据委务会议审批结果通知申请人及项目依托单位下达评审结果，申请人或依托单位如对评审结果有意见需在接到通知15个工作日内，向国家自然科学基金委员会提出书面复审请求，基金委在60天内完善审查，最终将审查基金通知个人 ［2］ 。