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中医学根植于中国文化，是在中国传统文化的土壤中萌生、成长并自然地得以普及的传统生命科学，它与中华传统文化有着密切的关系，是中华民族优秀传统文化的重要组成部分。只有在传统文化中寻找中医学的根源，才能更透彻地理解中医学，才能领会其中的精髓，从而找到前进的方向。不论是中医药的学术发展，还是中医药人才的培养，都离不开对传统文化的认知、传承与发扬。
中国文化不仅为中医学提供了临床实践的广阔平台与社会环境，作为核心理念的古代哲学，还为中医学奠定了扎实的理论根基。作为中国文化内核的东方思维方式与方法，也同样成为中医学的文化基因，决定了中医学认知世界和生命的特殊方式。
中国文化对中医学的形成和发展具有至关重要的影响和作用。中国文化是指以汉族为主体的、包括各少数民族在内的中华民族，在漫长的历史时期创造并传承下来的文化，主要指“五四”新文化运动以前的文化形态，包括传统的儒、道诸子百家文化，也包括已融入中国的佛教文化等外来文化。中医学深深地根植于中国传统文化的土壤之中，在萌生、形成和发展的过程中，不断汲取当时的哲学、文学、数学、历史、地理、天文、军事学等多种自然和人文学科的知识，与儒家文化、道家文化、佛家文化等多种文化形态交融渗透，互为影响，从而成为传统文化不可分割的一个重要组成部分和载体，集中体现了中国传统科学文化和人文文化、科学精神和人文精神。
中国文化历史源远流长，内涵繁复，学派纷呈，其对于中医药的影响和作用体现于多个领域，尤其以下列三方面最为典型与集中：
首先，体现于构成传统文化主干的儒、道、释思想对中医学的渗透与贯穿。众所周知，儒道释是古代中国思想领域的三大支柱，中国传统文化就是儒、道、释三种思想资源长期交融渗透所铸就，三位一体，不可分割，无论政治、经济、文化，还是科技、社会生活、风俗习惯等各个领域，无不打上深刻的烙印。作为传统文化和科学技术重要代表的中医学，自不例外。
如果说道家是相对松散的自然哲学，那么儒家和释家则是严密的人文道德哲学。中医学理论一定程度上，是在儒、道、释三家学术思想影响和作用下，在长期的临床实践中逐步形成和发展起来的。从空间上而言，三家思想共同构建了中医基础理论体系。对于儒道释与中医学的关系可以从时间与空间两个维度进行理解：以空间结构而论，道家思想构成中医的认识论、方法论、生命观、本体观等基本问题，儒家思想主要构建了中医理论体系以及解决了话语权问题，释家思想则是中医基础理论的有力补充；从时间上而言，中医学的发展可以分为道医、儒医两个阶段。第一阶段是道医阶段，道医阶段以“道”入医。战国至汉初之际，是中医学理论形成和奠基时期，中医学受当时的道家思想学术影响较深，道家哲学成为中医学的主导思想。第二个阶段是儒医阶段，儒医阶段援“儒”入医。至汉武帝时，出于政治需要，提出“罢黜百家，独尊儒术”，直至清代，儒家学说成为中国传统文化的主导思想，儒家哲学自然成为中医学的指导思想。但需注意的是，援“儒”入医的过程即是融摄儒道释的过程，也是儒道释三教合一的过程。历代著名的大医家，非儒即道（道家、道教），非道即释，非儒、非道、非释者几乎没有。
其次，体现于不同时期的传统文化与中医学发展之间同步演进的规律。中医学深深植根于中国文化的土壤之中，是一定的、具体的社会历史文化条件的产物，与每一时期的社会历史文化发展状况有着密切的联系，每一时期的历史文化对中医学的产生、孕育和发展产生不同的影响。
中医学的出现、存在、发展或衰微，均与具体的历史文化背景有着密切关联，具有客观必然性。如春秋战国时期正处在世界文化“轴心期”时代，也是我国历史上第一次文化高峰。诸子蜂起，百家争鸣，出现了诸多富有原创性的学术思想，中国哲学达到了一个震古烁今的高峰。这样宏大的历史背景及其学术氛围，包容会通的文化特质，乃至秦汉统一强国的气概，开拓了人们的视野，促进了各个学科的相互渗透。而此时期也正是中医学理论体系的孕育与奠基阶段。医学大家们以多学科、大跨度、大综合、开放兼容的大科学姿态和海纳百川的胸襟，不失时机地接受了诸家的先进思想，以中国古代的整体论、有机论自然观为指导，以气阴阳五行学说为根本方法论，整合古代文化多学科知识，总结人体生命现象及疾病防治的经验知识，对各个医学观点、学派和研究成果进行的综合和统一，构筑了以元气、阴阳、五行学说为纲领建构的藏象、经络、精气血津液神、病因、病机、证候辨证、治疗原则、预防养生等思维模型为基本范畴的核心理论。此后，三国两晋南北朝，为古代思想史的第二高峰，玄学的兴起，佛教的兴盛，道教的风行，成为这一时期学术文化的显著特点。医学的发展也同步演进，在医学分化融合和临床发展等领域取得了长足的进步。至宋金元时期，随着传统文化的高度发展，围绕着理学思想出现了诸多的争鸣，形成了理学的不同学派。而中医领域则学术流派蜂起，出现了“医之门户，分于金元”的客观局面。“鸦片战争”以后，西学东渐之风日炽，而传统文化则日趋衰落，中医学的发展也随之陷入滞后缓慢的阶段。总之，从中医学的发展轨迹来看，每次理论的重大创新与突破都与此时期的文化思潮、价值理念有着极为密切的关联，虽然时间上未必全然同步，但大体的演进轨迹是同步进行的。
再次，还体现于传统哲学对中医理论形成和发展至关重要的作用。哲学是关于世界观的学说，是人们对整个世界根本观点的体现。自然科学作为关于物质运动规律的理论体系，同样受到哲学思想的支配和制约。特别是在古代社会，哲学与自然科学尚未彻底分离之前，受到的影响尤为明显。
中医学是一门古老的自然科学，属于自然科学的范畴，它的产生和发展受到当时最前沿的哲学思想的影响和支配。中医作为一项技术性很强的实践活动，如果没有哲学的指导，医疗实践积累的经验只能是一大堆零散的素材。在中医理论形成之初，古代医家直接将古代哲学气、阴阳、五行范畴移植到中医理论之中，阐释和说明人体生命、健康与疾病防治等一系列医学问题。“元气论”作为一种自然观和生命观，奠定了中医理论体系的本体论基石；阴阳学说和五行学说作为一种方法论，为中医理论体系的构建提供了基本方法。它们在中医理论中不但直接起着思维方式方法的作用，为中医理论的构建提供理论框架和逻辑方式，而且还是中医理论中的基础概念，起着直接规范其他中医概念和整个中医理论的作用，直接成为中医思辨的理论基础和治则。因此，中国传统哲学是中医学理论体系的根本性指导思想，是贯穿完整的中医学理论体系的主线，也是中医学进一步完善、丰富、发展和创新的基础。无论从中医理论的构建，还是从中医理论发展上看，中国古代哲学对中医学的影响，不仅仅局限于为中医理论提供世界观、认识论和方法论指导，为中医学的创立和发展提供了直接的理论指导和智慧启迪，也不仅仅作为一种说理的工具，更重要的是它已经渗透到中医理论体系之中，成为中医理论体系不可或缺的重要组成部分。
中医学在接受中国文化的滋润时，并非一味被动地接受，二者是双向的互动关系。中医学的发展同样也促进了中国传统文化发展，主要表现在下列方面：首先，中医学是中国传统文化的最杰出代表，是中国传统文化传承与发展的载体，中医学从多角度、多层面、多形式地承载着中华民族的认识方法、思维模式、价值取向、伦理观念等，中华民族对宇宙结构、自然现象、生命形成、人生价值的认识，以及在天文、地理、历法、音乐、绘画、语言文字等方面的成果都在中医中得到体现。其次，中医学理论和实践的发展深化了中国传统文化思想。运用于中医理论体系的概念范畴已经有别于中国传统哲学概念范畴，是经过医家创造性地改造和发挥之后，赋予了医学自身的特有内容，是对传统哲学概念范畴的进一步充实、丰富和创造性发展。如：“气”不再是表示由“道”或“太极”、“理”产生的无形之物，而是借以说明人体生命的本质、动力；“五行”已经不再是五种物质资料，而是成为一种系统整体思维的思想方法的符号……最后，中医学理论和实践的发展为中国传统文化提供了诸多理论上的启迪。中国传统文化在长期的历史进程中，曾对中医学产生巨大而深远的影响。同时亦从中医学中汲取了丰富的思想营养，并获得有益启示。
总之，中医学是最具代表性的中国文化，它植根于传统文化的最深处，体现了中华优秀文化的核心内涵，凝聚了中国传统文化精华，是中国传统文化的结晶。将中医学置于中国文化大背景下进行研究，探寻传统文化与中医学的契合点，不仅可以丰富和深化传统文化研究的内涵，而且可以更准确地把握中医学自身的发展规律，对促进中医药现代发展具有重要的现实意义和深远的历史意义。
中医学与西医学之所以在同一对象的研究中分别发现不同的现象和规律，其内在根源，是东西方思维方式的不同所造成的差异。要探讨文化传承与中医学术发展与人才培养的关系，就必须深入剖析传统思维方式对中医学的影响。
所谓思维方式，是指相对固定的思维表现形式，是思维结构、思维形式、思维方法等方面的总称。思维方式是形成文化心理深层结构的硬核，其林林总总的文化现象背后对人类文化行为起着支配作用的稳定因素。思维方式的发展，是社会实践的产物，是生产发展、科学发展在人们的思维结构和观念上的反映。中国传统思维方式是在中国特定的社会环境条件和文化背景下形成的一种稳固的思维结构模式和程式，具有鲜明的特征，如重关系而轻实体、重整体而轻局部、重直觉而轻理性、重形象而轻抽象、重实用而轻理论等，这些都是从不同角度对于传统思维的特征总结和把握。
如果从传统思维方式对中医学的影响的角度来看，则主要体现于三个方面：整体思维、中和思维、变易思维，这三种思维蕴含于中医思维之中。
注重整体统一的整体思维，是中国传统思维方式最显著的特征之一。所谓整体思维，是以普遍联系、相互制约的观点看待世界的思维方式。整体思维方式将整个世界视为一个有机的整体，认为构成整个世界的一切事物都是相互联系、相互制约的，每一个事物又是一个小的整体，除了它与其他事物之间具有相互联系、相互制约的关系之外，其内部也呈现出多种因素、多种部件的普遍联系。这种思维方式一个典型的体现就是“天人合一”思想。
“天人合一”理念，是中华传统哲学的核心思想。早在西周时期，“天人合一”思想就已经萌生。《周易》“推天道以明人事”，将一切自然现象和人事吉凶统统纳入由阴爻、阳爻为基础构建的宇宙图式之中，以此来揭示人与天地、自然的相互关系，从而合理指导人之所作所为。后世的道家、儒家学者不但合理继承了“天人合一”思想，而且有所发展和创新。道家认为，天、人同类而合一，“天地万物与我并生，类也”（《列子·说符》）；“天地与我并生，而万物与我为一”（《庄子·齐物论》）。汉代董仲舒对天、人问题作了详细的论证和明确的表述，明确指出“以类合之，天人一也”（《春秋繁露·阴阳义》）。到了宋代，张载正式将“天人合一”作为一个专有名词明确提了出来，“儒者则因明致诚，因诚致明，故天人合一，致学而可以成圣”（《正蒙·乾称下》）。
中医学的理论和实践中也贯穿着整体性思维，生理、病理、诊法、辨证、养生和治疗等所有领域莫不如此。如中医认为人体是一个以心为主宰，五脏为中心的有机整体，其各结构互相联系，不可分割；人体的各种功能互相协调，彼此为用。人体是由肝、心、脾、肺、肾等五脏，胃、大肠、小肠、三焦、膀胱和胆等六腑，皮、脉、肉、筋、骨等五体，以及眼、耳、鼻、口、舌、前阴和肛门等诸窍共同组成的，每一部分都有其独特的功能；但所有器官又都是通过全身经络而互相联系起来的。同时，人和环境之间相互影响，也是一个不可分割的整体。人生活在天地之间、六合之中、自然环境之内，是整个物质世界的一部分，人和自然环境是一个整体。所以当自然环境发生变化时，人体也会发生相应变化。人又是社会整体中的一部分，人和社会的关系也十分密切，人能影响社会，社会也会影响人。
所谓中和思维，是指注重事物发展过程中各种矛盾关系的和谐、平衡状态，不采取偏执、过激的思维方式。中华文化具有强大的中和性、兼容性、融汇性和渗透性，海纳百川，兼收并蓄，尚中贵和，融会贯通。
中和思维起源很早，《周易》中就已经非常鲜明地体现了中和思维，将“太和”视为追求的至高境界，强调“保合太和，乃利贞”。而“中和”一词最早见于《礼记·中庸》：“喜怒哀乐之未发谓之中，发而皆中节谓之和。中也者，天下之大本也；和也者，天下之达道也。致中和，天地位焉，万物育焉。”与中和相关的概念还有中庸、中道、中行等，都体现了贵中尚和的思维模式。这是由中华传统哲学的内在本质所决定的，是与天人合一、合和一气、阴阳平衡、“仁者爱人”等理念相统一、相一致的，也是与中医天人相应之整体观、阴阳平和之健康观、调和致中之治疗观、仁心仁术之医德观相通的。
中医学作为中华传统文化的缩影，历来强调“阴阳合和”，高度重视人与自然、与社会的和谐。中医学认为阴阳分别代表人体内相对的双方，人的形成和生长发展的规律离不开阴阳。《素问·至真要大论》提出：“谨察阴阳所在而调之，以平为期。”在人体正常生理状态下，保持阴阳相对平衡，如果出现一方偏衰，或一方偏亢，就会使人体正常的生理功能紊乱，出现病理状态。无论是人的饮食起居、精神调摄，还是自我锻炼、药物作用等都离不开协调平衡阴阳的宗旨。人的衰老，或为阴虚，或为阳虚，或阴阳俱虚。阴虚则阳亢，阳盛则阴虚，阴盛则阳病，阳盛则阴病。故防治衰老，贵在调和阴阳，使阴平阳秘，精神乃治。正所谓“阴阳和，则万物生矣”。
所谓变易思维，是指将宇宙整体看做是一个变化不已的整体过程，认为事物中存在着相互对立的两个方面，同时又互相依存、相互转化，相辅而相成。
中国先哲大都崇尚变易，中国哲学很早就认识到动静的辩证关系。“群经之祖”的《周易》本身就是一部探索“变易”的著作。所谓“易”，最主流的认识便包含不易、简易、变易三义。《系辞传》中更明言：“易之为书也不可远，为道也屡迁，变动不居，周流六虚，上下无常，刚柔相易，不可为典要，唯变所适。”认为一切事物，包括整个自然界，都处于永恒的无休止的运动之中。老子将道视为“独立而不改，周行而不殆”（《老子·二十五章》），提出了“反者道之动”的命题。在此后两千多年的发展演变中，变易思维始终是传统思维方式的主要特征之一。
变易思维对于中医学影响极深，从中医理论到临床诊疗，皆贯穿着变易思维。例如中医学认为生命活动从发生、发展到消亡的全部过程就是一个生长壮老已的运动变化过程，不论是《素问·上古天真论》中提出的女子七年、男子八年周期，还是《灵枢·天年》中提出的十年一周期的观点，都是着眼于人生命活动的周期性变化而言。如果从人体气机的运动而言，自然界一切事物的变化，都根源于天地之气的升降作用，人的生命活动也不例外，其始终贯穿着一系列内部矛盾运动，这种运动就是气“升降出入”的运动过程。中医的阴阳学说也认为人体阴阳二气存在对立、转化、资生、制约的关系，始终都处于此消彼长的变化之中。运动是自然规律，也是维持人体健康最基本的因素，生命运动的规律就是新陈代谢的过程。生命在于运动，因为运动是生命的特征，只有保持经常运动，才能增进健康，预防疾病，以求延年益寿。所以中医学也非常重视用运动变化的思维来指导防病治病。
要之，思维方式的形成与一定的社会历史状况相联系，中医学深受中国古代哲学思想和传统文化的影响，离开了中国传统哲学思想的指导，中医学理论体系的完整性就被破坏，就失去了中医的根本和精髓，中医就不成为中医，而只是一堆松散的原始经验。在中医理论体系的形成和中医医疗实践不断发展的过程中，中医学逐渐形成了独特的思维方式。通过这种方式，中医学阐释了人与自然界的关系，人体自身的整体性和系统性、各系统之间的相互联系，并指导临床诊断、病理分析、治疗用药、针灸取穴，更有效地解释了医学领域的复杂问题。所以，中医学不单纯是一门专门医学，它博大精深，广涉旁通，“上极天文，下穷地纪，中悉人事，大而阴阳变化，小而草木昆虫、音律象数之肇端，脏腑经络之曲折”，三教九流，无所不包容涵盖，可谓是中国传统文化的一个缩影。
人文为科学导向，科学为人文奠基，只有科学与文化交融，社会才能和谐发展。当今社会正处在一个科学与人文融合的新时代，中医药学正是以科学与人文的完美统一与融合，成为中华传统文化科技硬实力最有价值的代表和人文软实力最有活力的体现。中医学凝聚着中国人独有的自然观念和人文情感，蕴含着中国人一直持守的思维模式与生命哲学，是中华民族原创的、土生的、独有的，是不可以被其他民族或国家复制或嫁接的，是中华民族的文化符号。所以，《国务院关于扶持和促进中医药事业发展的若干意见》（国发〔2009〕22号）明确指出：“中医药作为中华民族的瑰宝，蕴含着丰富的哲学思想和人文精神，是我国文化软实力的重要体现。”