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学位体系建设与结构优化是中医药高等教育改革与建设的重要内容之一，尤其是硕士、博士学位教育更是体现中医药高等教育水平与国家贡献的重要方面。根据国家中医药管理局中医药统计摘编数据显示，2016年，中医学博士生在校生数为3393人，中药学博士生在校生数为1129人，中医学硕士生在校生数为8384人，中药学硕士生在校生数为3060人。这说明研究生教育已经成为中医药高等教育不可缺少的部分。
1980年，国家举办首届中医研究生班。1981年开始正式招收攻读中医药硕士学位研究生。1981年1月1日正式实施《中华人民共和国学位条例》，1982年7月17日教育部颁发《关于招收攻读博士学位研究生的暂行规定》，中医药硕士、博士学位制度正式建立，并从1984年正式招收攻读中医药博士学位研究生，实现了中医药高等教育与国家学位制度的接轨，逐步形成了本科、硕士和博士等多层次的教育结构。
1987年，国家教育委员会和国家中医药管理局在部分中医药院校开始实行培养医学博士（临床医学）研究生制度，为培养临床应用型高级中医人才开辟了新途径。
1992年，在北京、上海、广州中医学院试办中医学学士、硕士合读的中医7年制教育，文、理、医结合，加强基础教育，加强科学研究能力和素质的培养，造就能够运用现代科学方法和手段继承和发扬祖国传统中医药的高级中医专门人才。
1998年，国务院学位委员会、教育部、卫生部和国家中医药管理局批准在部分院校开展临床专业学位中医学、中西医结合博士、硕士试点工作。2015年1月23日，国务院学位委员会第31次会议审议通过了中医专业学位的设置方案。方案提出，为服务我国中医药事业发展对中医专门人才的迫切需求，完善中医人才培养体系，创新中医人才培养模式，特设置中医专业学位。中医专业学位分为博士、硕士两级，含中西医结合及民族医。
2015年，为进一步落实《教育部等六部门关于医教协同深化临床医学人才培养改革的意见》（教研〔2014〕2号），加快建立标准化、规范化的临床医学人才培养体系，教育部办公厅印发了《教育部办公厅关于做好七年制临床医学教育调整为“5+3”一体化人才培养改革工作的通知》（教高厅〔2015〕2号），在2015年起，不再招收七年制临床医学专业学生，将七年制临床医学专业招生调整为临床医学专业（“5+3”一体化）。
2015年，教育部与国家中医药管理局联合印发《教育部 国家中医药管理局关于批准卓越医生（中医）教育培养计划改革试点高校的通知》（教高函〔2015〕3号），批准北京中医药大学、上海中医药大学、南京中医药大学、广州中医药大学、成都中医药大学、天津中医药大学试办中医学专业（9年制），探索中医学拔尖人才培养模式。
为此，目前，我国中医专业学制学位体系为：三年制中医学专科教育（不授学位）、五年制高等中医学教育（授予学士学位）和5+3制高等中医学教育（授予硕士专业/科学学位），九年制高等中医学教育（授予博士专业/科学学位）。
2014年11月6日，国务院学位委员会第三十一次会议审议通过《中医专业学位设置方案》，中医专业学位从临床医学专业学位中分离，独立设置中医博士、硕士专业学位。《教育部等六部门关于医教协同深化临床医学人才培养改革的意见》（教研〔2014〕2号）出台后，为促进中医专业学位研究生教育与住院医师规范化培训制度衔接，教育部在《中医硕士专业学位研究生指导性培养方案》第九条“分流机制”中明确规定：“学位授予单位应按照研究生学籍管理有关规定制订相关政策，对不适宜继续按照中医硕士专业学位培养的研究生进行合理分流。”“第二学年内未获得《医师资格证书》，根据学生意愿，允许其申请转入学术学位研究生培养渠道，但应按照学术学位研究生的培养要求完成学位课程学习和论文答辩。”以上行文，很容易给人产生误解，即科学（学术）学位低于专业学位，因为专业学位可以转入科学学位，而科学学位却没有转入专业学位的通道。专业学位可以从事临床、教学、科研等工作，科学学位却不能从事临床工作，若想从事临床工作还必须再经过规培。同样是三年时间，两个学位的含金量明显不同。一时间，各中医药院校专业学位与科学学位的报考率冰火两重天，各院校中医基础、中医经典理论学科学生报考率极低，常常靠接受调剂生来维持中医基础学科的发展，极大地影响了中医基础学科的发展。两所中医药院校2015—2018年硕士研究生招生情况显示，中医内科学、中医外科学、中医儿科学、中医妇科学等专业型学位的报考数和录取率明显高于相应学术学位，更高于中医基础、方剂等中医学学术学位学生。从报考的平均分数和录取分数来看，专业型学位的平均分数高于基础学科和学术型学位平均分数30～50分。
从中医专业学位设置后的实施效果来看，中医专业学位从临床医学专业学位中分离以及学位与规培融合政策，与政策制定的初衷有所背离。前者期望中医专业学位单列，有助于中医专业的特色发展，但却难以保障中医专业与临床专业学生的平等地位，在就业、使用现代医学技术方面均受到影响。后者模仿临床医学的大轮转不符合中医人才成长的规律。为此，建议重新审视这两项政策，取消中医专业学位的设置，确保中医与临床医学同等的法律地位与择业的权利；缩短中医规培科室轮转时间，重新设计规划《中医硕士学位研究生指导性培养方案》，如第一阶段（12周）着重理论、科学方法、跟师学习；第二阶段（18周）学生在跟师学习的同时，自主选择分流，或进实验室，或临床轮转；第三阶段（4周）论文答辩阶段。