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中医药高等教育自创立以来，经历了初创期、曲折发展时期、恢复发展时期和跨越式发展时期四个阶段，以1999年“扩招”作为重要转折点，实现了中医药高等教育由弱到强的转变，与此同时，中医药高等教育内部结构也发生了重大变化。
中医药高等教育的层次结构主要依据学历层次划分。1999—2016年，随着国家教育政策由“扩招”到“内涵式发展”转变，中医药高等教育层次结构随之发生变化，其中以中医学、针灸推拿学、中西医临床医学和中药学四大主干学科专业的招生规模和在校学生数进行衡量，可以看出1999—2016年，研究生、本科生和专科生的总体规模呈现上升趋势。以在校生结构为例，1999年研究生∶本科生∶专科生为4.03∶81.05∶14.92，至2016年研究生∶本科∶专科生为9.69∶68.96∶21.34，研究生和专科生层次的教育规模增长较快，而本科生层次较之减少，中医药高等教育结构呈现出“纺锤型”。同时，中药学研究生招生规模占四大学科专业总招生规模的比例，由1999年的24.46%上升至2016年的54.86%，中药产业的发展和中医药现代化进程的推进对于中药科研人才的需求，使中医药高等教育的层次结构产生内部变化。
《普通高等学校本科专业目录（2012年）》中，中医学类专业下设中医学、针灸推拿学、藏医学、蒙医学、维医学、壮医学、哈医学专业；中药学类专业下设中药学、中药资源与开发、中药制药、中草药栽培与鉴定、藏药学、蒙药学专业；中西医结合类下设中西医临床医学专业。
以中医学、针灸推拿学、中药学、中药制药、中药资源与开发、中草药栽培与鉴定、中西医临床医学7个专业为例，将1999—2016年各专业在校生规模统计分析看出，各专业的在校学生规模均有大幅度提高，中药资源与开发、中草药栽培与鉴定和中西医临床医学三个专业增幅较大，这与扩招以后西医药院校、农业院校、综合性大学增设了中医药类相关专业办学点有关。
1999年以来，中医药专业办学点数在扩招以后呈“井喷式”增长。
截止到2018年3月，全国开设中医学专业的本科院校共有84所（含港澳台），开设中药学专业的本科院校130所（不含港澳台）。还有很多西医药院校及非医药院校如厦门大学、暨南大学等综合性大学以及华北理工大学等开设了中医药专业，其总数远多于独立建制的中医药院校。