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耕种和定居
狩猎
考古学家和人类学家以前最感兴趣的是在什么时候、什么地方出现了农耕生产，但是现在他们对于农耕生产是怎么产生的、为什么而产生才更感兴趣。我们不妨从人口这个角度来认识这个问题，人口问题是一个在任何研究人类历史的情况下都值得重视的问题。
正是因为原始社会的人越来越多，原有的采集、狩猎的生活方式不足以养活越来越多的人口，毕竟在食物链顶端的物种需要消耗更多的自然资源。为了不被饿死，人类从采集、狩猎生活逐渐转变为农耕、畜牧生活，食物的获取方式、生存环境等许多情况都发生了巨大的变化，由此带来的疾病和医疗状况自然也发生了巨大变化。
首先便是食物种类的减少带来了营养性疾病。在一万年之前，人类还处在采集和狩猎时代，人类和各种猿类没什么区别，都是看见什么就吃什么。今天逮着兔子了，就有肉吃，明天没有逮着兔子，就只能在树上摘点水果吃。这样的日子虽然是饥一顿饱一顿，令人没有安全感，但是在客观上使得人类的食物种类十分繁杂，反倒使摄入的营养要素更加均衡全面。
随着野生的禾本科植物被驯化和人工种植，人类逐渐驯化出了小麦、大麦和稻米等作物。有了稳定的食物来源，生产食物的周期变成了以年为单位计算。这样的改变固然可能使人类在自然界中生活得更加有底气，但是同时也使得人类的营养摄入变得局限，于是种种营养性疾病随之而来。
在采集和狩猎时代，人类的群落自然是没必要总是在一个地方住着，哪儿有吃的就去哪儿。但是种植了农作物后情况就不同了，猪牛羊可以赶着走，但是种在地里的庄稼是不会走路的，为了吃到这更容易获得的碳水化合物，人类自然就只能在一个地方守着这点庄稼了，于是出现了——定居。
定居虽然会给人类带来很多好处，但是也会带来一些问题，首先就是脏。
原始社会的人类没有什么关于环境卫生的概念，自然是把所有的生活垃圾扔在自己居所附近，这样就很容易造成生活环境的污染。人类从以前弄脏一个地方就离开，彻底变成了把一个地方弄得越来越脏。
这些垃圾不但会滋生细菌，而且还招来了人类长久以来的邻居——老鼠。当然，除了老鼠之外，各种寄生虫和小昆虫也喜欢这样的环境。
除了碳水化合物，人类还需要稳定的获得蛋白质的来源，狩猎、放羊、看家之类的活儿也需要驯化一些动物来帮忙，所以在这个过程中，人类逐渐驯化了狗、牛、山羊、绵羊、马和鸡、鸭、鹅等动物。以上这些为人类罹患各种人畜共患病提供了条件。
历史学家麦克尼尔在《瘟疫与人》一书中提供了一组被广为引用的数据：人与狗的共患疾病有65种，人与牛的共患疾病有50种，与绵羊和山羊有46种，与猪有42种，与马有35种，与各种家禽有26种。
这些动物和人类一起用粪便污染了水源，因为种了庄稼，所以人类又把各种粪便当成肥料施在农田里，进一步招来各种微生物和小昆虫。
如此一来，各种传染病自然也就拥有了良好的传播条件。
正如前面说过的，传染病流行的三要素是传染源、传播途径和易感人群。定居和畜牧带来了老鼠和各种小昆虫以及猪、羊、牛、狗，这些动物身上携带的微生物就是病原体。因为以上说的这一切都在人类的定居地点附近，随时可以有和人类接触的机会，这就构成了传播途径。种植粮食，饲养动物，食物来源充足，人口数量开始飞速增长，于是就有了足够规模的易感人群。
以上三要素同时满足，人类就和瘟疫更加纠缠不清，直到今天。