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整合医学是全科医学的基本理念。要当好一名全科医生，首先必须掌握全科医学基本知识和技能；其次，必须掌握整合医学的方法论。
整合医学是全科医学的基本理念。整合医学的重要性已经被医学界公认，但整合医学的实施方法存在争议。世界各国，根据自己的情况，提出了不同的整合医学实施方法。美国少数教学医院成立了整合医学科，实施医院内整合医学，其缺点是整合效益不高，医院外整合医疗还是通过全科医生完成。中国学者提出专科医生担任整合医学职能，但由于中国专科医生知识面狭窄，长期专科化思维，从而出现“整而不合”及“泡沫整合”现象。相反，将整合医学与全科医学紧密结合的地方，例如美国犹他大学及英国剑桥大学，整合医学的实施取得了很大的成功。全科医学自身的发展需要借助新的科学理论。将整合医学引入全科医学的学科发展推动全科医学的飞跃。现代的全科医学服务模式，以病人为中心的医学之家或全科医学团队服务，就是整合医学的具体实践。现代的医疗是综合协调的服务，全科医生是医疗团队的领袖，整合医学的协调者。医疗的质量及服务的水平最终应该按整合医学的原则和科学标准评判。
整合医学是一种大医学概念，是医学的一种整体实践模式。从医生管理病人的角度，整合医学的社会功能和医学功能是协调统一的。整合是一种显示医生集体力量的表现，同时也是显示病人管理水平的一种表现。整合医学是全科医生管理病人的方法论。全科医生管理的病人，常常同时存在多种系统问题，全科医生一般都有能力诊治，但有些病人需要其他专科的协助诊治。现代医疗体系的特点是高度集中和高度分化，全科医生必须具有高度专业的理论和诊治水平，同时具有高水平的医疗协调能力，把一切有利于病人的医疗单元有机地整合在一起，使病人得到最好的医疗保健和健康维持。
全科医生的工作性质要求全科医生具有整合的能力。病人进入医疗系统，全科医生是守门人。全科医生必须从各个不同的角度审视疾病，制定出适合每个病人的整合医学诊疗计划。全科医生在社区可以通过双向转诊，协调各医疗机构的服务等走向整合医学。经典的家庭医学要求全科医生不但在社区照顾病人，如果病人住院，全科医生必须去医院照顾自己的病人。这种无缝的服务模式有利于全科医生领导整合医学的实施。在医院内，全科医生主持的住院病人多学科大会诊以及门诊病人的多学科整合门诊是全科医生的整合医学实践。
全科医生只有整合医学的思维方式是不够的，必须具备高水平的临床能力，整合医学才能实现。全科医生临床能力不足是导致医疗行为中出现差错和误诊的原因。全科医生学会鉴别诊断是整合医学的基本要求之一。学会鉴别诊断，需要广泛而又深厚的医学知识。临床常常遇到晕厥病人被收治到神经内科，做了一系列神经系统检查未发现异常，意外发现大便潜血阳性，最后明确是消化道失血引起的晕厥。全面准确的临床诊断能力是全科医生的基本功。全科医生在美国等西方发达国家被称为“诊断家”。全科医生只有在临床上下功夫，具备高水平的临床诊断和鉴别诊断能力，才能充当医疗团队的领导者及整合医学的协调者，实现整合医学。
全科医生是对全人关照的医生。人体是复杂的多系统组合，是不同机能系统的和谐统一。全科医生的临床实践体现整合医学的基本精神。因而，整合医学是全科医生培训的要点。全科医生的培训方式至关重要。如果一个医学院毕业生，毕业就固定于某一个专科，他必然存在先天不足，遇到专科之外的问题，不能应对。即便具有专科技能，对于问题的认识存在缺陷，不按照常规办事，往往导致重大错误。全科医生规范化培训必须设置整合医学内容。担任培训的医疗机构必须设置全科医学科及多学科轮转，全方位的多系统医学实践训练，掌握整合医学技能。同样，多种药物的整合也很重要。整合医学常常要求全科医生使用多种药物治疗疾病，通过多种药物的组合，达到最佳治疗效果。但盲目多种药物的组合，带来不同程度的不良反应和副作用。因此，全科医生应对临床常用药物的基本作用及其机理进行学习。临床全科医学教学应该增加整合医学实践培训，例如多学科大会诊及多学科整合门诊等。整合医学模拟病案软件对全科医生思维培训也有帮助。