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整合医学最先是补充和替代医学与循证医学的结合。由于补充和替代医学（CAM）的一些成功经验，美国医学界有人提出主流医学可能存在缺陷，应该允许非主流医学的补充和替代医学治疗疾病。主张开展相关循证医学研究，论证补充和替代医学的效果。早期的整合医学理念就是要把补充和替代医学整合进入主流医学。
随着整合医学研究的深入，整合医学学者们不仅仅认为主流医学存在缺陷，而是认为主流医疗模式存在互相分割，支离破碎的服务，进而提出整合医学的发展是对支离破碎的医疗-许多国家医疗系统中普遍公认的问题的回应。医疗的综合与协调成为整合医学的重要使命，因此，整合医学也被叫作整合医疗、协调医疗、综合性医疗、无缝医疗和贯穿医疗。整合医疗是一种医疗改革的世界趋势以及新的组织调整以聚焦更协调和整合的医疗模式。
整合医学涵盖一个复杂和综合的领域，其概念有许多不同的约定和定义。世界卫生组织对整合医学的定义如下：“整合医学是一个概念把与诊断、治疗、护理、康复和健康促进相关的输入、投放、处理和组织服务连在一起。整合是一种提高医疗可及性、医疗质量、病人满意度及医疗效率的方法”。
整合医学及健康学术联盟对整合医学定义如下：“整合医学及健康重申医患关系的重要性，重视全人，以循证为导向，应用一切合理的治疗和生活调节的方法，健康管理及多学科途径达到理想的健康和医治”。整合医学以整体医学为基础，基本的目标是强调全人的健康和医治，包括生物、心理、社会和灵魂的层面，并高度重视医患关系的作用。
中国整合医学学者樊代明院士对整合医学作出了这样的定义：“整合医学就是还器官为病人，还症状为疾病，从检验到临床，从药师到医师，身心并重、医护并重、中西医并重、防治并重。”整合医学是传统医学观念的创新和革命，是医学发展历程中从专科化向整体化发展的新阶段。不仅要求我们把现在已知各生物因素加以整合，而且要将心理因素、社会因素和环境因素也加以整合；不仅需要我们将现存与生命相关各领域最先进的医学发现加以整合，而且要求我们将现存与医疗相关各专科最有效的临床经验加以整合；不仅要以呈线性表现的自然科学的单元思维考虑问题，而且要以呈非线性表现的哲学的多元思维来分析问题，通过这种单元思维向多元思维的提升，通过这四个整合的再整合，从而构建更全面、更系统、更科学、更符合自然规律、更适合人体健康维护和疾病诊断、治疗和预防的新的医学知识体系。
整合医学是现代医学的热点。大量的研究围绕整合医学开展。欧美发达国家，不但医学教育植入了整合医学内容，整合医学研究生培训也早已起步。整合医学虽然受到现代医学的高度重视，但整合医学本身尚未成为一个独立的医学学科。从临床的角度，整合医学培训纳入了住院医师规范化培训的学科就是全科。在美国，不论是普通医学还是家庭医学，整合医学是其重点培训内容。
由于整合医学理念的发展，整合医学需要重新定义。综合整合医学的新进展，这样定义整合医学比较恰当：整合医学是以整体医学为基础，以提高医疗质量和病人满意度为目的，探讨病人全人健康保健及全程医疗服务的各个环节，整合各种医疗和社会资源，特别是整合协调各临床专科的服务，使每个人的医疗保健服务达到理想化的一门科学。全科医学是体现整合医学的临床学科，现代整合医学的临床实践必须通过全科医学实现。整合医学是全科医学的基本原则和理论基础。
整体医学和整合医学有不同的概念，但相辅相成，不可分割。这就是为什么有学者把整体医学和整合医学放在一起，称作整体整合医学（HIM）的原因。一般而言，整体医学强调理论（theory），而整合医学强调行动（action）。如果说整体医学是全科医学的理论基础，那么，整合医学就是全科医学的行动纲领。