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20世纪90年代，美国医生对替代医学（alternative medicine）产生了浓厚兴趣。1995年调查表明，80%的家庭医生有兴趣接受针灸、催眠术、及按摩治疗培训。替代医学也常和补充医学（complementary medicine）放在一起称为补充和替代医学（complementary and alternative medicine，CAM），是未进入主流医学的医疗总称。20世纪90年代中期，在补充和替代医学的基础上提出整合医学（integrative medicine），美国的医院开始开设整合医学门诊。1999年整合医学学术机构成立。2015年有60名会员单位，包括约翰霍普金斯大学医学院（Johns Hopkins University School of Medicine），杜克大学医学院（Duke University School of Medicine），乔治市大学医学院（Georgetown University School of Medicine），梅奥诊所（Mayo Clinic）等顶级的医院。同年，整合医学学术机构正式改名为整合医学及健康学术联盟（Academic Consortium for Integrative Medicine and Health）。该学术联盟的目标是联合各医学院在医学教育中植入整合医学，推进整合医学的实践。2013年美国专科医生委员会宣布给受整合医学培训的医生授予整合医学证书。2015年，美国政府在国立补充医学和替代医学中心的基础上重建了国立补充医学和整合医学中心（National Center for Complementary and Integrative Health，NCCIH），该中心隶属于美国医学科学院（National Institutes of Health，NIH），任务是通过强有力的科学研究，确定补充医学和整合医学治疗措施的有效性和安全性，提供给公众研究信息，指导健康政策制定。
英国也提出整合医学。英国公共的国家卫生服务系统（NHS），强调整合健康（integrative health）。2007年，英国整合医学学院（British College of Integrative Medicine，BCIM）成立，专门为医生、护士研究生及其他医务人员提供整合医学教育培训，并颁发文凭。
日本的整合医学强调西方医学与东方医学的整合。日本把中医理论进行了改革，创立了康博医学（Kampo Medicine）。康博医学的特点是把中药方剂变成配方公式（formula），简化方剂。
2012年以樊代明院士为代表的中国整合医学学者提出整合医学新理论。整合医学是以整体医学为前提。由于整合与整体难以截然分开，因此，樊代明院士将整合医学称为整体整合医学（holistic integrative medicine，HIM）。中国整合医学新理论要求人们把现在已知各种致病因素、相关医学科学新发现、各专科的先进临床经验加以整合。不仅要单元思维考虑问题，而且要以哲学的多元思维来分析问题，从而构建更全面、更系统、更科学、更符合自然规律、更适合人体健康维护和疾病诊断、治疗和预防的新的医学知识体系。整合医学是将从整体及其各因素之间发现的理论整体与人体整体，再与自然和社会环境各因素之间疾病诊断预防中的经验整体进行相互对比、相互分析，两个整体共同作用、相互整合，从中找出人体健康的最佳状态及疾病诊疗的最佳方案，从而实现最佳效果，由此逐渐形成新的医学知识体系。