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虽然整体医学推崇生物-心理-社会医学模式，生物医学目前仍然是整体医学的基本内容。整体医学理念的实现必须首先从生物医学开始。在生物医学层面，整体医学在全科临床中的应用体现在全面考虑人体的多器官、多系统，列出所有的医疗问题诊断，预防与治疗相结合。
健康档案有利于全面了解病人情况，保存病人的整体信息。健康档案的关键是全面、准确、实用。中国目前采用的居民健康档案内容非常全面，缺点是不能迅速地被临床医生解读，在临床医生实际诊治时难以发挥效用。必须杜绝健康档案与临床脱节，为完成任务建立死档案的错误做法。健康档案通常是在病人全科门诊首诊时建立。健康档案应包括以下内容。
1.个人信息
包括姓名、性别、出生日、婚姻状况等。
2.首诊主诉
病人第一次就诊的主要症状。
3.首诊现病史
病人第一次就诊发病情况和病程经过。
4.既往史
过去曾患主要疾病、用药情况、药物过敏史及预防接种史等。
5.个人史
抽烟、饮酒、吸毒、冶游及性生活等个人生活习惯。
6.月经婚育史
月经、婚姻及生育等情况。
7.家族史
直系亲属主要病史。
8.体格检查
生命体征包括血压、脉搏、呼吸、身高、体重及体重指数（BMI）等，一般情况、头颅五官、颈部、心脏、肺部、腹部、四肢、皮肤及神经精神等主要体征。
9.辅助检查
血常规、尿常规、大便常规、血生化等实验室检查，胸片、心电图及超声波等影像学检查以及其他检查。
10.主要诊断
列出所有的诊断，特别是慢性病诊断要全面。诊断要求规范诊断术语。
整体医学病程记录目前推荐的是SOAP格式。SOAP格式病程记录可以用于住院病人，也可用于全科门诊记录。SOAP病程记录格式如下。
1.S（subjective data）
代表病人主观资料。主观资料是由病人或其陪伴者提供的症状、主观感觉、担心忧虑、疾病过程、个人史、家族史和社会生活史等。
2.0（objective data）
代表客观资料。医生或医务人员发现的体征、体格检查数据、病人态度、心理行为测量结果及辅助检查结果等。
3.A（assessment）
代表对医疗问题的评估。完整的评估应包括所有诊断，包括未明确原因的症状。评价问题的名称须按统一使用的分类系统来命名。国际疾病分类（international classification of diseases，ICD）是WHO制定的国际统一的疾病分类方法。它根据疾病的病因、病理、临床表现和解剖位置等特性，将疾病分门别类，使其成为一个有序的组合，并用编码的方法来表示的系统。目前全世界通用的是第10次修订本，被简称为ICD-10。诊断术语必须在ICD-10上查得到。诊断必须有诊断依据，避免带问号的诊断。
4.P（plan）
代表对问题的处理计划。处理计划是针对医疗问题而提出的。计划内容一般应包括诊断计划、治疗策略（包括用药和治疗方式）及对病人的教育等。由于评估和计划常常紧密相连，实际运用时，两者可放在一起称为诊疗计划（assessment ＆ plan，A＆P）。
整体医学特别强调全面考虑各种情况，全面诊断。即使是常见病，也必须贯穿整体医学临床思维。骨质疏松和高血压是全科常见的两种疾病。以此两种常见病为例，阐述整体医学临床思维方法。
1.骨质疏松
骨质疏松是全科常见病，临床表现为骨痛、肌无力、脊椎压缩性骨折等，多数病人无症状。人体进入老年可发生原发性骨质疏松。然而，整体医学临床思维仅考虑原发性骨质疏松是不够的，必须考虑以下原因可导致继发性骨质疏松。
（1）内分泌异常：
皮质醇增多、甲状腺功能亢进、甲状旁腺功能亢进、性腺功能低下及糖尿病等。
（2）营养不良：
钙、磷及维生素D3缺乏等。
（3）肾脏病：
慢性肾炎、肾病及血液透析等。
（4）药物：
皮质类固醇、抗癫痛药及抗肿瘤药等。
（5）废用性：
长期卧床、截瘫及伤后骨萎缩等。
（6）胃肠吸收不良：
胃肠慢性病、胃肠术后等可导致钙磷吸收障碍。
（7）肿瘤：
多发性骨髓瘤、转移癌及白血病等。
骨密度检查（DEXA）可以很快建立骨质疏松诊断。全科医生必须按照整体医学的理念，扩展全科诊断思维，对可能引起继发性骨质疏松的临床问题全面分析，找出引起病人骨质疏松的原因，对因治疗才能收到好的治疗效果。以下情况尤需引起重视：骨痛、肌肉无力导致病人活动受限，骨废用，骨量进一步减少；钙磷与骨代谢密切相关，钙磷吸收依赖胃肠，与肾脏功能有关。研究发现全身骨痛和有脊椎压缩性骨折的骨质疏松病人常有不同程度的肾脏病变，肾脏合成活性维生素D3能力受损，导致肠道钙磷吸收不足，并且由于肾小管受损，尿钙的回吸收也会出现障碍，导致尿钙流失，骨密度下降也就成为必然结果。绝经后骨质疏松的病人可同时有肾脏受损，血清活性维生素D3水平降低。全身骨痛的病人有多发性骨髓瘤可能，这些病人的骨密度常常低于正常，如果误诊为骨质疏松会延误治疗。
整体医学临床思维是全科医生鉴别诊断能力的根基。任何骨质疏松都必须进行综合分析，从整体医学的高度去分析疾病，找出病因，全方位去理解疾病，从根本上治疗疾病，而不能仅根据骨密度检察结果就诊断原发性骨质疏松，漏诊继发性骨质疏松，延误治疗。
2.高血压
高血压是全科最常见的慢性病。现在的普遍倾向是高血压被理解为原发性高血压，很少医生考虑其他原因导致的高血压——继发性高血压。当高血压病人出现以下特征时应该考虑继发性高血压：重度或难治性高血压；恶性或急进型高血压；之前血压平稳的病人出现血压急性升高；小于30岁且无高血压家族史的高血压；青春期之前的高血压。以下是可能导致继发性高血压的原因。
（1）肾血管性疾病：
最新统计表明，肾血管性高血压是最常见的、潜在可纠正的继发性高血压病因。主要表现为肾动脉狭窄。肾血管超声检查，必要时肾血管造影检查可确定诊断。
（2）肾实质性疾病：
肾实质性疾病是继发性高血压的第二常见原因（过去的统计是最常见的原因）。尿常规、血肌酐及肾小球滤过率异常可提示存在肾实质性疾病。
（3）原发性醛固酮增多症：
原发性醛固酮增多症是继发性高血压的第三常见原因。原发性醛固酮增多症的主要临床特征是其他原因不能解释的低钾血症。然而，一半以上病人血清钾浓度正常。当出现高钠血症、高血压耐药及肾上腺偶发瘤时，应怀疑有原发性醛固酮增多症。对可疑病人行24小时尿醛固酮量筛查，必要时血浆醛固酮浓度与血浆肾素活性的比值可以帮助识别出这类病人。
（4）口服避孕药：
虽然口服避孕药通常会使血压在正常范围内偏高，但也可诱发高血压。
（5）嗜铬细胞瘤：
如果有阵发性血压升高伴有头痛、心悸和出汗三联征时，应怀疑有嗜铬细胞瘤。应做儿茶酚胺特别是异肾上腺素检查及肾上腺CT检查。
（6）库欣综合征：
库欣综合征典型体格检查提示满月脸、向心性肥胖、近端肌无力和瘀斑。怀疑者应做24小时尿可的松量筛查。
（7）睡眠呼吸暂停综合征：
睡眠呼吸暂停综合征典型症状是在睡眠时大声打鼾。其他可能出现的诸多症状包括头痛、白天嗜睡和疲劳。怀疑者应作睡眠监测检查。
（8）主动脉缩窄：
主动脉缩窄是年幼儿童出现继发性高血压的主要原因之一，但首次发现可能是在成人期。典型的表现是上肢血压高、下肢血压低。上下肢血压测定有助于筛查，主动脉造影可确诊。
（9）内分泌紊乱：
甲状腺功能亢进病人血压可增高，高血压病人应做甲状腺功能检查。原发性甲状旁腺功能亢病人血压也可增高。其血压增高与高钙血症有关。怀疑者应检查甲状旁腺功能。
（10）恶性肿瘤：
某些恶性肿瘤可引起高血压。对怀疑者应做恶性肿瘤筛查。
（11）化疗药物：
许多化疗药物可导致继发性高血压和肾损伤。注意药物的副作用有利于识别化疗药物所致的继发性高血压。
（12）心理精神疾病：
心理因素与原发性高血压发病有关，然而，有些心理精神疾病本身也可引起继发性高血压，例如忧郁症、焦虑症及惊恐症等。这些病人心理精神疾病治愈后，高血压也消失了。
总而言之，整体医学临床思维要求全科医生对每位高血压病人都应进行全面分析，根据继发性高血压的临床特征对高危人群进行筛查。
诊疗计划是临床医生的日常工作。目前临床普遍应用的是专科性诊疗计划。整体医学具有自己独特的诊疗计划，整体医学诊疗计划通常由以下三部分组成。
1.全面的诊断及对应的处理
全面的诊断就是根据病人当前的病史、体格检查及辅助检查依据，把病人所有的问题作出诊断。整体医学的诊断分为三类。
（1）疾病诊断：
临床诊断成立的疾病，例如高血压3级很高危。
（2）症状诊断：
原因未明的症状，例如上腹痛。
（3）体征诊断：
原因未明的体征，例如皮肤瘀斑。
诊断必须规范化，目前推荐的是ICD-10国际疾病编码系统。对应的处理是指诊断建立后针对每个诊断所要做的进一步检查和治疗方法。
2.预防接种
根据不同年龄、居住区域、健康状况及疾病流行时间等制定预防接种方案，例如，儿童期的计划免疫接种，成人每5～10年接种破伤风强化疫苗，流感季节易感人群接种流感疫苗，慢性病包括慢性阻塞性肺病、糖尿病等病人接种肺炎疫苗等。
3.健康维持
健康维持指为保持良好的健康水平，预防某些疾病而采取的措施，例如50岁以上的人大肠镜筛查结肠癌、40岁以上的妇女乳房钼靶照片筛查乳腺癌、老年人骨密度检查筛查骨质疏松等。
为进一步帮助理解整体医学诊疗计划，现举一临床实例。
男，50岁，自述乏力、食欲缺乏。3月前无明显诱因出现乏力、食欲缺乏。病后，精神、食欲一般，睡眠可，大小便无特殊，体重减少约1kg。既往史：慢性乙型肝炎，余无特殊。个人史：职业农民，不抽烟，饮白酒每天半斤20年。家族史：父亲母亲死因不详。体格检查：一般情况良好。T 36℃，P 80次／分，R 16次／分，Bp 120／80mmHg，Ht 165cm，W t 65kg，BMI 24。神清合作，皮肤、巩膜无黄染，口唇无发绀，浅表淋巴结未扪及肿大，颈软，气管居中，甲状腺不大，胸廓对称无畸形，双肺呼吸动度一致，未闻及干湿罗音，心界不大，心率80次／分，律齐，未闻及病理性杂音。腹平软，肝脾未扪及，移动性浊音（－），肠鸣音4～5次／分。双肾区无叩痛，双下肢无水肿，神经精神无异常发现。
血常规：WBC 8×10 9 ／L，NEU-R 0.7，HGB 112g／L，MCV 90FL，PLT 300×10 9 ／L，HBsAg＋，HBsAb－，HBeAg－，HBeAb＋，HBV-DNA 2×10 6 copies／ml。尿常规：正常范围。大便常规：正常范围。血生化：GLU 7.2mmol／L，TC 6.8mmol／L，LDL-C 4.2mmol／L，AST 60U／L，ALT 80U／L。腹部彩超：肝脏大小正常，重度脂肪肝，肝内弥漫性不均匀回声增强，肝表面粗糙。
整体医学诊疗计划如下。
1.全面的诊断及对应的处理
（1）慢性乙型肝炎：
抗病毒治疗。
（2）肝硬化：
腹部CT扫描、AFP。
（3）脂肪肝：
饮食控制，锻炼。
（4）高胆固醇血症：
他汀类药物治疗。
（5）血糖高：
复查血糖，加查糖化血红蛋白。
（6）肝功异常：
禁用肝损药物，戒酒。
（7）酗酒：
戒酒教育。
（8）超重：
饮食控制，减肥运动。
2.预防接种
肺炎疫苗、流感疫苗、破伤风疫苗。
3.健康维持
大肠镜。
为帮助理解制定整体医疗计划的临床思维过程，这里对上例整体医学诊疗计划做简明扼要的解读。
1.全面的诊断及对应的处理
（1）慢性乙型肝炎：
抗病毒治疗。
解读：慢性乙型肝炎，病毒量高，肝功异常需抗病毒治疗。
（2）肝硬化：
腹部CT扫描、AFP。
解读：慢性乙型肝炎病人，肝功异常，腹部彩超见肝内弥漫性不均匀回声增强，肝表面粗糙提示肝硬化。CT对肝脏占位病变的敏感性高于彩超，腹部CT扫描可进一步明确肝硬化的程度及可能潜在的小肝癌。对慢性乙型肝炎及肝硬化的病人常规检查AFP（甲胎蛋白）以筛查肝癌。
（3）脂肪肝：
饮食控制，锻炼。
解读：饮食控制和锻炼是脂肪肝的首选治疗。
（4）高胆固醇血症：
他汀类药物治疗。
解读：高胆固醇血症以低密度脂蛋白LDL-C为目标值。即使没有其他危险因素，当LDL-C值超过4.12mmol／L应启动他汀类药物治疗。
（5）血糖高：
复查血糖，加查糖化血红蛋白。
解读：空腹血糖超过7.0mmol／L为血糖高，糖尿病的诊断标准是非同日空腹血糖超过7.0mmol／L或餐后血糖超过11.1mmol／L或随机血糖超过11.1mmol／L，两次以上，或糖化血红蛋白超过6.5%一次。因此，目前病人还达不到糖尿病诊断标准，需复查血糖，加查糖化血红蛋白。
（6）肝功异常：
禁用肝损药物，戒酒。
解读：AST 60U／L，ALT 80U／L，超过正常值，可诊断肝功异常，最好的保肝方法就是禁用肝损药物包括中药和酒精等，喝酒的人应该戒酒。轻度的肝功异常并不需要保肝药。
（7）酗酒：
戒酒教育。
解读：酗酒是一种症状诊断，戒酒教育是治疗的第一步。
（8）超重：
饮食控制，减肥运动。
解读：超重是一种体征诊断，不明原因的超重首选的治疗是饮食控制，减肥运动。
2.预防接种
肺炎疫苗、流感疫苗、破伤风疫苗。
解读：病人有慢性病——肝硬化，免疫功能较低，应注射肺炎疫苗，流感流行季节还应该注射流感疫苗，每5～10年应该注射一次强化破伤风疫苗。
3.健康维持
大肠镜。
解读：病人50岁以上，应该做大肠镜筛查结肠癌。
由于躯体症状可伴有心理问题，心理问题可投射出躯体症状，全科医生必须重视心理医学层面的整体医学诊治，主要是对常见心身疾病和心理疾病这两类疾病的诊治。
1.理解心身疾病
心身疾病是一组与心理社会因素相关，以躯体症状为主要表现的疾病，其特点是心理社会因素在疾病的发生、发展和转归过程中起重要作用；主要表现为躯体症状并伴有器质性病理生理改变；不属于躯体形式障碍。中国综合性医院初诊病人中，有近1／3的病人患有心身疾病。非精神科医生对这类疾病的识别率很低，通常只提供病人躯体治疗，很少关注心理社会因素。心身疾病实际上是非常广泛的疾病，可发生在几乎每个系统，常在心理应激后起病、情绪影响下恶化并且心理治疗有效。美国心理生理障碍学会将心身疾病分为十二类，每一类有非常复杂多样的病种。最常见的三种心身疾病是高血压、支气管哮喘及消化性溃疡。
2.诊断心身疾病
以下临床特征应考虑心身疾病。
（1）发病前有明显的心理社会因素发病诱因，发病后有心理社会因素贯穿疾病过程。
（2）有躯体症状和体征，也可有辅助检查异常。
（3）疾病常累及自主神经或内分泌系统支配的某一器官。
（4）单纯的躯体治疗无效或效果不佳。
对可疑病人应全面了解病史，特别是病人起病前心理应激状态和对应激事件的认知反应以及病人的性格特点等；必要的的体格检查和辅助检查，特别是注意与心身疾病相关的症状，如甲状腺肿大、震颤、心音及心率改变等；根据情况可作心理测验，如心身症状自评问卷、生活事件量表、行为问卷、多相人格调查表等；心理生理检查，用情景性心理刺激病人，并用生理学方法检测血压、心率、呼吸等，检测心身之间的联系；心理社会因素调查，通常可采用社会再适应量表、生活事件和自觉困难调查表等；必要时请身心医学科或精神科会诊协助诊断。
3.治疗心身疾病
治疗心身疾病的原则是整体综合治疗。在躯体治疗的同时采用心理行为及精神药物治疗。躯体治疗的目的是控制症状，心理行为及精神药物治疗常常可以获得更为全面的疗效。
（1）心理治疗：
心身疾病的心理治疗应贯穿始终，常用的有行为治疗和认知行为治疗等，对高血压、溃疡病、偏头痛、支气管哮喘等心身疾病有明显的疗效。
（2）药物治疗：
药物可为心理治疗创造条件，显著提高病人的生活质量。大部分心身疾病病人适用抗焦虑及抗抑郁药物治疗，控制病人的不良情绪；自主神经功能失调的病人，可用脑功能调节剂如谷维素；难治性病例可在抗抑郁药、抗焦虑药基础上合用小剂量抗精神病药。
（3）中医治疗：
中医强调整体观念，对心身疾病适用。临床资料表明，根据中医辨证施治的原则开出的方剂对心身疾病有良好效果。针灸对消除心身疾病症状疗效显著。
（4）其他治疗：
信仰治疗、催眠治疗、暗示治疗、松弛训练、物理治疗对心身疾病有效。水疗、体疗、气功、太极拳对心身疾病也有一定疗效。
1.理解心理疾病
心理疾病是指人由于精神紧张或干扰，出现思维、情感和行为偏离社会生活规范的现象，偏离社会生活规范程度越大，心理疾病就越严重。最常见的心理疾病是忧郁症、焦虑症、躯体形式障碍、强迫症。
2.诊断心理疾病
心理疾病的诊断主要根据临床表现。详细的病史是诊断的关键。心理测定，例如，微小心理测定（MME）、心理疾病量表测定等有助于诊断。由于心理疾病种类太多，这里不作赘述。心理疾病筛查与评估特别重要。中国大型医院非心身或精神科医生对心理疾病识别率很低，而发达国家全科医生对心理疾病的识别率很高。常见心理疾病筛查与评估应该成为整体医学常规。全科医生办公室应常备心身医学常用量表，适时对病人进行有关量表筛查。特别是对常见的心理疾病，例如忧郁症和焦虑症的筛查与评估。发达国家90%以上的心理疾病由全科医生诊断。常见心理疾病筛查与评估是全科医生整体医学实践的重要内容。
3.治疗心理疾病
大的原则而言，心理疾病治疗可分为心理治疗、药物治疗、中医治疗及其他治疗。这些治疗方法与心身疾病治疗相似。然而，心理疾病种类非常多，各种疾病有其特殊治疗，例如，忧郁症首选药物是五羟色胺再摄取抑制剂（SSRI）。心理疾病发病率高，对人类危害大，已成为许多发达国家的第一致残原因。常见心理疾病病人首诊常常不在心身医学科或精神科，而是在全科。已建立诊断的病人，应该得到及时治疗。全科医生应该治疗常见的心理疾病如忧郁症、焦虑症、躯体形式障碍、强迫症等。
社会致病因素是指可能引起健康问题的各种各样的社会问题。例如抽烟是肺癌的致病因素。抽烟包括直接抽烟和间接抽烟。抽烟是个社会问题。中国肺癌发病率急剧上升与抽烟这个社会问题相关。要减少肺癌的发病率，必须尽量消除抽烟这个社会致病因素，包括戒烟教育、加强政府对烟草的管理、禁止公共场所抽烟等。同样，酒精性肝硬化与酗酒有关，控制酒精性肝硬化必须消除酒精这个社会致病因素，包括戒酒教育、加强政府对酒的管理、禁止青少年饮酒等。
社会化治疗是指通过对人群的干预，改变人群行为，治疗人群共同疾病。例如，“五·一二”大地震后，地震灾区许多人患创伤后应激障碍（PTSD），根据目前的循证医学依据，心理治疗是根治创伤后应激障碍最为有效的方法。将患创伤后应激障碍的人群召集在一起，开展心理治疗，可收到良好效果。同样，肥胖病人也可召集在一起，进行减肥教育，开出集体处方，病人相互监督，取得比个人健康教育更好的减肥效果。