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早期整体医学理念认为人体内存在生理平衡和心理平衡，人体外存在自然平衡和社会平衡。四个平衡相互交叉构成六对平衡运动——自然生理平衡运动、社会生理平衡运动、自然心理平衡运动、社会心理平衡运动、自然社会平衡运动、生理心理平衡运动。四个平衡及六对平衡运动相互关联形成一个整体。任何一部分的改变都会对主体——人产生影响。当四个平衡及六对平衡运动协调时，人就是健康的，如果处于最佳平衡状态，人就健康强壮，反之，则生病虚弱。
整体医学把医学看成整体，把人看成整体，把人身体外的环境、社会、精神、信仰等都看成整体，在“系统论、控制论、信息论”的指导下逐渐壮大，在中医现代化理论家推动下形成了自己“天人合一”的崭新医学观。整体医学理论架起以整体和综合为特征的复杂性医学科学方法论。整体医学借助现代科学的主流观念，宣告了自己独特的哲学思想，使得人的生物整体、心理状况、社会环境、宇宙与自然、信仰与神学有望在依据实证的检验和完善过程中，逐步发展成科学的理论体系，指导对疾病预防和治疗，并把人类文明发展过程中逐步积累起来的有效治疗方法统一到新的整体医学体系中来，在统一的人和疾病理论的指导下综合运用。在现代的医学体系中，全科医学的学科特性与整体医学的哲学思想一致，整体医学理论的进步必将带动全科医学的学科发展。
由于整体医学理念的发展，整体医学需要重新定义。综合整体医学的最新研究成果，我们可以这样定义整体医学。整体医学是从整体角度研究人体疾病发生发展规律、疾病中人体各部分之间的相互联系及所导致的机体状态的变化规律，并将人的身、心、灵和人所处的社会、环境、自然融为一体，系统研究疾病的预防、诊断及治疗的一门学科。现代整体医学的临床实践必须通过全科医学实现。整体医学是全科医学的基本原则和理论基础。