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普通医学知识对全科医学来说确实很重要，但全科医学必须借助整体医学的帮助才能飞越。全科医学只有在整体医学理论指导下才能形成独特的医学实践。专科强调“专”，而全科强调“全”。全科医学的起点就是整体医学。离开了整体医学的前提，全科医学难以成为独特的学科。全科医学首先是把人看成一个整体，既重视病，更重视人，既重视部分，更重视整体。正确处理部分与整体之间对立统一的辩证关系是全科医学的使命。病人的整体医疗需求属整体方面，各专科服务属部分方面。全科医学就是要协调各专科达到病人的整体医疗需求。
全科医学推崇生物-心理-社会医学模式。全科医学强调心理和社会因素是疾病发生、发展及防治的重要因素。全科医学具有明显的多面性，既是生物科学，又是心理科学，也是社会科学。全科医学高度重视人的心理、社会属性，这是全科医学的特殊性质。心理、社会因素是健康问题的重要原因。心理治疗和社会干预是解决人类健康问题的有效方法。全科医学特别强调心理、社会因素是疾病发生和调控的重要因素，主张心理治疗和社会干预防治疾病。生物-心理-社会医学模式体现整体医学理念。
全科医学服务既是技术服务，又是艺术服务，是技术与艺术有机结合的整体，是一个整体的技艺学科。全科医学服务至今仍保持着技艺的特征。全科医学强调重视“人”而不单纯重视“病”。全科医学特别重视医生与病人之间的交流，交流必然伴随感情。与感情联系在一起的技术服务就是艺术服务。从某种意义而言，全科医生是艺术家，在具有同等医学技能的前提下，感情投入越多，服务越成功，越受病人欢迎。相反，缺乏感情交流、冰冷的纯技术服务是失败的，是被病人反感的。全科医生应牢记医学前辈的格言——有时去治愈，常常去帮助，总是去安慰。
全科医学服务是整体医学理念下的临床服务，必须以整体医学为指导思想。整体医学要求完整地认识医学的目的，从基本的目的到最终的目的。在整体医学思想指导下，全科医学服务包括整体的诊断及鉴别诊断，整体的治疗疾病及控制症状，预防疾病及功能康复，满足病人的需要及改善个人的生活质量，改善全体人民的生活质量及健康促进。
全科医生和专科医生临床思维的差别主要在于：全科医生强调横向临床思维，而专科医生强调纵向临床思维。横向临床思维的理论基础就是整体医学。全科医生把人看成一个整体。人体的各个部位、人的心理、社会及灵性都是全科医生临床思维要考虑的内容。整体医学的属性与全科医生的临床实践有内在的亲和力。全科医生在每天的临床磨炼中形成了与专科医生不同的思维方式，那就是整体医学临床思维。