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合理选择人工瓣膜需要综合考虑患者的年龄、个体对抗凝治疗的态度、瓣环的大小和质量、血栓栓塞的风险和妊娠等多种因素。
目前，多数指南认为65岁以上主动脉瓣病变患者和70岁以上二尖瓣病变患者应使用生物瓣膜。
患者对抗凝治疗的态度是决定瓣膜选择的关键。对于具有抗凝治疗禁忌证和不能保证有效抗凝治疗的患者（如依从性差的患者、酗酒者、拒绝服药的患者、不方便测量抗凝强度的患者，生活困难或无法得到医疗保障的患者）应当使用生物瓣膜。另一方面，对于因其他医学原因需要长期抗凝治疗的患者，机械瓣膜则是合适的选择。
患者自身瓣环的大小和质量也会影响瓣膜置换时最佳瓣膜的选择。对于严重钙化、僵硬、粗糙的瓣环，最好选择缝环宽大、柔软的瓣膜，以便移植瓣膜可与不平顺的瓣环相服帖。对于自身瓣膜或人工瓣膜心内膜炎致瓣环破损，则应选用同种异体瓣膜，因为同种异体瓣膜发生感染的概率可能更低。
血栓栓塞的危险因素有房颤、巨大左心房（直径大于55mm）、血栓栓塞病史、左心房内血栓和有血栓的心肌梗死后左心室功能障碍等。这些危险因素的存在决定了长期抗凝治疗的必要性，此类患者应当置入机械瓣膜。如果仅有房颤，可以通过射频消融或冷冻治疗等外科技术消除，手术成功率为75%左右，对于65～70岁以上的老年患者可置入生物瓣膜。
对于有生育要求的妇女，瓣膜的选择至关重要，需要医师、患者和家属共同慎重考虑。对于年轻女性患者来说，置入机械瓣膜是最合理和最佳的选择。然而，妊娠期间的抗凝治疗却会产生很多问题。妊娠早期（6～12周）使用华法林可能导致5% ～10%的胎儿罹患华法林综合征（胚胎病）。为了避免这种严重疾病，妊娠6～12周（最初3个月）应停用华法林而使用肝素作为替代药物。妊娠的第4～6个月继续使用华法林是安全的。随后在妊娠的第36周应再次应用肝素来替代华法林。在华法林用量每天不超过5mg即可达到要求的INR水平时，罹患华法林综合征的危险很小。在这种情况下，在整个妊娠过程中都可使用华法林，至妊娠第36周用肝素进行替代。妊娠期间全程使用肝素对婴儿来说是安全的，但对于母亲却存在危险，因此不予推荐。
置入生物瓣膜的患者可以妊娠，但需注意两点。首先，母亲不可避免地面临因生物瓣膜早期退行性变而需再次手术的风险。其次，有报道指出可能会发生未能按预期的妊娠，而在后来生物瓣膜退行性变引起严重瓣膜疾病时才妊娠的情况。
妊娠患者在低温体外循环下进行心脏瓣膜手术，胎儿发育迟缓和死胎的发生率比较高，原则上应尽可能延缓外科手术，等到胎儿能够存活和可以进行剖宫产时再行心脏瓣膜手术。如果出现顽固性心力衰竭，必须行外科手术，应争取瓣膜修复成形，其次是自体瓣膜或同种瓣膜置换。
此外，也应考虑到个体要求、病情特点以及当地医疗条件对选择瓣膜置换装置的影响。