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睡眠障碍的病因，可以概括为先天禀赋不足、脏腑稚嫩、元气虚损、七情郁结以及邪由内生五个方面。
（1）先天禀赋不足：
先天禀赋，是指人的有生之初，受于父母的先天之精的质量及数量。先天禀赋有强有弱，其决定于父母的遗传基因（精）、体质、生育年龄等多种条件。先天禀赋不足、脏腑元气虚弱是多种睡眠障碍疾病的发病原因之一，其特点常具有家族多发的倾向，追查病史常可发现患者及家庭成员还兼有其他睡眠障碍疾病。如梦惊、遗尿的发病与先天禀赋有极其密切的关系，据统计约50%的梦惊患者有家族史，17%～66%的遗尿儿童有家族史。
（2）脏腑稚嫩：
人体有一个生长发育渐至衰老的过程。《黄帝内经》认为男子以八岁、女子以七岁为一阶段。《素问·上古天真论》说：“女子七岁，肾气盛，齿更发长；二七而天癸至，任脉通，太冲脉盛，月事以时下，故有子……丈夫八岁，肾气实，发长齿更；二八，肾气盛，天癸至，精气溢泻，阴阳和，故能有子。”由此可以看出，女子二七、男子二八以前，脏腑元气尚属稚嫩不充阶段。脏腑稚嫩、元气不充，是多种睡眠障碍的发病原因，其中以嗜睡、梦游、梦魇、梦惊、遗尿等疾病更为明显。多项调查显示：梦游多发生于6～12岁的儿童；梦魇约半数的患者在10岁以前即开始发作；梦惊多发生于4～12岁的儿童，以7岁以前更为多见，14岁以后发作逐渐减少乃至停止；遗尿多发于5～12岁的儿童，至18岁以后显著下降，仅1%左右；12～14岁的中学生齘齿的发病显著高于15～18岁的中学生。
（3）元气虚损：
脏腑虚损、元气不足，是睡眠障碍发病的第一位原因。脏腑虚损、阴精不足、营血亏虚是产生虚证失眠的直接原因，同时也是实证失眠致病之邪产生的基本条件。脾气虚弱，气血不足，肾精亏乏，以致元神失养，是嗜睡发生的重要原因；多梦的主要原因是脏腑虚损，以心肝肾三脏为主；拘挛瘛疭的发病，以气血阴液不足为重要因素；梦魇的发生乃因脏腑虚损、胆气虚弱；梦语的发生因于正气虚弱，神魂怯馁，责在心脏，涉及肝脾；梦交、梦遗的发病有脏虚精滑之因；遗尿主因脏虚失约；齘齿或由正虚失养。总之，脏真虚损、元气不足，是各种虚证睡眠障碍的致病原因。
（4）七情郁结：
七情郁结也是睡眠障碍的重要致病原因。《素问·举痛论》说：“百病生于气也。怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下……惊则气乱……思则气结。”情志变化过甚，必然影响脏腑的功能活动，扰动心神而发生睡眠障碍。七情太过，脏腑受损，心神失养，或气郁化火，扰动心神，神魂不宁，是失眠的重要原因。恼怒气郁，情志不畅，可致失眠、多梦、梦游、梦魇、梦惊等多种睡眠障碍发生。思虑过度，脾胃气结，运化失司，以致心脾两虚，神失所养，可见失眠、嗜睡、多梦、梦游、梦交等疾病。大惊卒恐，损伤心神，则会发生失眠、梦游、梦魇、梦惊等病证。睡眠障碍属心神疾病，而七情郁结是导致心神病变的重要原因。
（5）邪由内生：
睡眠障碍的致病之邪，有痰、湿、火、热、瘀、食等数种，而以痰湿瘀血更为多见。痰生于脾，脾虚不运，聚湿酿痰，痰浊阻滞，心神被扰则发病。痰浊可夹风，积热化火，则为病更烈。痰浊致病具有广泛性，可导致失眠、嗜睡、多梦、鼾眠、拘挛瘛疭、梦游、梦魇、梦惊等多种睡眠障碍的发生。此外，痰瘀互结、痰湿相兼为病，常致病久不愈，缠绵不解。湿邪的产生，离不开中焦脾胃的功能失调，中虚不运，则湿邪留滞；外湿渐入亦有脾虚之内因。湿邪留滞，蒙蔽清窍，心神被扰，则可发生睡眠障碍。湿邪常与热邪相合，湿热为病其害更甚于湿。湿邪致病，可见于嗜睡、多梦、拘挛瘛疭、梦语、梦交、遗尿、齘齿等多种疾病。瘀血是导致睡眠障碍的不可忽视的原因。凡跌仆外伤，或瘀血内生，或久病入络，皆可致瘀血成为致病因素。瘀血致病，可见于失眠、嗜睡、鼾眠、拘挛瘛疭、梦游、梦魇、梦惊、梦语、梦交等各种睡眠障碍中。火热致病也具有一定的广泛性，可见于失眠、多梦、梦游、梦交、梦遗、齘齿等疾病，更有痰热/痰火互结、湿热相兼、瘀热相合，均可导致睡眠障碍的发生。
还应该说明的是，先天禀赋不足、脏腑稚嫩、元气虚损、七情郁结以及邪由内生五种病因并非各自孤立存在，而是互因相生。如先天禀赋不足可致元气损；七情郁结后可以化火生痰，或灼津伤阴等。因此，不能机械对待。
睡眠障碍的病机可以概括为阴阳失调、神元失养和邪扰神动等三方面。
（1）阴阳失调：
阳入于阴则寐，阳出于阴则寤。因此，从广义角度来说，阴阳失调是睡眠障碍发病的总病机；从狭义角度来讲，阴阳失调是睡眠障碍发病的重要病机所在。阴阳不和，阴不敛阳，阳不入阴，心神浮越，魂魄妄行，可见梦游；阴阳失调，阴失其平，而阳不固秘，涉及精神，则发梦交；阴阳失调，阳气失守，阴精不能封藏，精运神摇，产生梦遗；阴阳失调，阳不入阴，神魂不宁，下焦水道失约，发生遗尿；阴阳失调，不能交通，气机不畅，则发生鼾眠。心肾不交是典型的阴阳水火失调，肾阴不足，肾水不能上济于心，心阳偏亢，心火上炎，不能下交于肾，心肾不能既济，水火失于交通，神躁不宁，肾精失守，可导致失眠、多梦、梦游、梦惊、梦交、梦遗等多种睡眠障碍。阴虚火旺也是常见的一类阴阳失调，常见于失眠、梦交、梦遗等睡眠障碍。肾阴不足，虚火上炎，心神不宁，相火内炽，扰动精室，则发生遗精或梦交；心阴不足，心火独亢，阴血不养，火热扰动，心神不安，因而发生失眠。
（2）神元失养：
脏腑阴阳气血不足，致使神元失养，神魂不守，是睡眠障碍的重要病机。凡睡眠障碍之虚证，皆是神失所养而致，多见于失眠、嗜睡、多梦、梦魇、梦惊等疾病。《素问·八正神明论》说：“血气者，人之神，不可不谨养。”气血与神的活动有密切的关系，气血充盛则神旺，气血不足则神失奉养而衰颓。因此气血不足，神失所养，躁扰不宁，神魂游荡，可以发生多种睡眠障碍。心血不足，心神失养，可见失眠、多梦、梦惊、拘挛瘛疭；心气不足，不能温养，心神不宁，可发生梦惊、梦交；气血两虚，气不温煦，血不濡养，神魂不宁，精神不振，可见嗜睡、梦魇、梦惊、梦语、齘齿等疾病。从脏腑而言，心胆气虚，心虚则神无主，胆虚则决断无权，神魂不安，可发为失眠、梦魇、梦惊等疾病；脾气虚弱，运化不行，水谷精微不能上奉心脏，神失所养，发为嗜睡，筋脉失其温养，可见拘挛瘛疭；脾气不足，心血虚少，心脾两虚，心神失养，神魂不安，发为失眠、多梦、梦魇、梦交、梦遗等疾病。阴精的滋养，阳气的温煦，是神魂生存的基本条件。脏腑之气虚弱，阴液或阳气衰减，则神魂不能守于舍，神魂飞扬游荡，发为睡眠障碍。如心阴不足，心神失养，魂不守舍，发为失眠、梦魇；心肺阴虚，液少神躁，神魂失守，则发为梦游、梦魇；肾阴亏虚，水不涵阳，相火易动，发为梦遗；肝肾阴虚，肝阳上扰，神魂不守，发为多梦，阴血不能滋濡，则发为拘挛瘛疭、齘齿；肾阳虚衰，下元虚冷，神元不振，肾关不约，可发为嗜睡、梦遗、遗尿；脾肾两虚，气化失常，心火失温，神躁不宁，发为多梦；脏虚不约，关门不控，发为遗尿。凡此种种，皆脏腑虚弱、神元失养所致。
（3）邪扰神动：
邪气滞留，影响脏腑正常功能，扰动神志，以致神魂不宁，也是睡眠障碍的重要病机，致病多属实证。如心火亢盛，灼迫心神，神不守舍，游荡不宁，则发生梦游；相火内扰，肾关不固，则发为梦遗；肝气郁滞，疏泄失职，魂不守舍，飞扬游荡，发为多梦、梦游、梦语；气郁化火，肝火炽盛，火热扰动心神肝魂，神魂不宁，发为失眠、多梦、梦游；心动神摇，精室被扰，则发为梦交、梦遗。饮食积滞，胃失和降，从大络逆而犯心，心神不得安宁，发为失眠、梦惊。湿邪阻滞中焦，气机不利，和降失司，心神被蒙，发生嗜睡、多梦；湿热阻滞肝经，熏蒸神魂，则精神昏愦，发为嗜睡，神魂不宁，可见梦语、遗尿、齘齿。痰浊阻滞，困遏心神，精神不振，发为嗜睡；痰浊上扰，神魂不安，游荡飞扬，可见梦魇、梦语、梦惊。瘀血阻滞，经脉不畅，神魂不安，飞扬游荡，可发生失眠、嗜睡、鼾眠、拘挛瘛疭等多种睡眠障碍。