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3.本体
如果有人从本质的整体概念上审视自我，他会发现，除了支撑这个简单概念的那些我们通常称之为“属性”的性质之外，我们什么都想不到。
我们已经看到，第一性质与第二性质的区别在实际生活和特定领域的科学研究中有着极为重要的作用，但是，这种区分在哲学上是站不住脚的。我们仅仅从这种区分本身以及它所区分的性质出发，便得出了这样的结论。我们还可以更加深入探究，而这样，我们就将面临一个更大的难题。我们以探索苹果的本质为出发点：它本身是否真实？它是否能够离开感知的主体？是否可以把苹果的某些性质，与那些更重要、更基本的性质区分开来？除非出于实际需要或科研需要，我们没理由要对这些性质进行区分或划分等级。那么，我们是不是可以认为，所有这些性质都同等重要，都是某个基本的真实本体的一部分？这种观点建立在一种备受推崇的古老说法——本体与样式或本体与属性的关系原则之上。简而言之，就是存在一种最基本的事物，它既具有一些与我们相关的性质，同时还具备一些其他性质，并且其本质也不会因此而改变。苹果不等于绿色，不等于甜味，也不等于光滑，但它具有或包含了这些性质，正如它同时也具有其他特征一样，它的本质不会改变，它还是苹果。甚至，在不同的时候，它还可以具有相互对立的性质；苹果还未成熟之时，它是青色的，且坚硬酸涩，而成熟以后则是红色的，松软香甜，但不管怎样，它还是同一个苹果。本质没有改变，而其品质、性能、性质或样式（这些概念的意义相差无几）却可以有着如此大的变化，甚至变得完全相反。
人类性格的改变则更有说服力。没有人会认为现在的自己已经不是15年前的自己了，然而，他在智力、道德观念、身体状态和精神状态上，都可能与15年前的自己大相径庭。在这些或至关重要，或不那么重要的变化中，他还是能感觉到有些东西是不变的；他依然是同一个人，在整个过程中，他的本质没有改变，即使他自己并不这么认为，就算他狡猾地要与当年那个偷吃果酱的5岁小孩撇清关系，也一定会有亲戚朋友来提醒他，告诉他他自己的变化有多大。
“变化”是很关键的一个词，它既承认了不可否认的改变，同时也暗示了本质的持续不变；变化的是他，一直隐藏在这种变化背后的也是他。如果没有一个恒定不变的“他”，那“变化”这个词也就毫无意义可言，也不会有什么东西发生变化，有的只是两组迥然不同、相互独立且肉眼可见的特征分别出现在两个不同的时间，既无共同联系，也无直接或间接证据能证明它们同属一个主体。这就是变化的矛盾，只有永恒的才可能产生变化；没有永恒的因素，就根本无从谈起变化的意义。
永恒不变的东西就叫本体， 比如苹果，性格，冬日光秃、春夏苍翠、秋天褐黄的树，在随时间不断变化的外表下面，其最基本的支撑就是本体。这样一来，有一点我们就绝不能疏忽。人们会很自然地认为本质是物理、物质的东西，认为与我们提到的苹果和树等能够被主体所感知的不断变化的特性相比，其更高的实质性来自其物理上的恒定。看起来，似乎苹果在物理方面的本质，确实比青色、甘甜这样的性质要真实，因为这些性质至少在某种程度上取决于感知的主体。虽然出现这样的假设很自然，或许也合情合理，但我们也不能忘记：这仅仅是一个假设。我们没有更多的理由要求本体一定是物质性的，或者非物质性的（心灵的或精神的）。在我们看似最可靠的实质与属性关系的例子中，性格这个最基本的性质也显然不是物质的。人的身体必定看起来会跟15年前不一样，甚至每个部分都会不一样；据生理学家所说，每隔7年，构成人体器官的每一个细胞都会更新一次。而要为非物质的部分辩护则更加困难，几乎一个人所有的想法、决断、期盼、欲望、恐惧，都会与15年前有所不同。然而，尽管纯粹从精神上没法找到变化的证据，我们还是可以从变化的方向上找出其不断进步、演化的痕迹，但是现在，我们的目的只是要指出本体的物质性只是一种假设，并不是要坚持本体的非物质性。此外，每个人在仔细思考之前都是坚持唯物主义的，所以，这样的提醒就显得多余了。
普通唯物主义的本体观非常简单，透过变化的属性，我们可以发现隐藏在背后的唯一不变的真正本体。抛开桌子或苹果所有由感知主体决定的属性，你就能发现其不变的本体，我们可以马上就辨认出这种最简单的形式。除去所有依赖任何形式的主客体关系的性质，即我们之前所称的第二性质，剩下的就只有第一性质了。根据这种观点，这些第一性质就应该被视为本体，也就是真正的桌子或真正的苹果。我们之前已经预先演示过了，这种简单的观点是站不住脚的，因为第一性质与第二性质一样，都依赖于我们的感知；事实上，如果没有第二性质，我们根本无法知道所谓的第一性质的存在。这就足以说明， 除去所有第二性质之后剩下的东西，根本没有资格独立被称为本体。
因此，我们必须继续完善这一观点。第一性质本身并非本体，本体是隐藏在第一性质背后的其他东西，或者说第一性质存在于本体，又或者本体包含了第一性质。但明白这一点又有什么用呢？本体还是与我们把第一性质的集合当作本体时一样，根本不取决于我们对它的感知。然而，如果真是这样，那本体到底是什么呢？
这样问题就出现了，我们必须把在某种程度上依赖于感知的那些性质称作本体吗？如果这样做的话，我们就等于抛开了本体这个词的所有意义，因为本体只能指独立于我们感知的真实事物；或者，我们应该把隐藏在所有这些性质背后最基本的、我们显然无法感知的东西称作本体吗？如果这样做的话，是不是把一个毫无根据、毫无用处的东西称为本体了呢？如果我们对它一无所知，那我们又是如何知道其存在的呢？如果我把能感知到的桌子的各个方面、各种情况下的性质完整地列出来，会不会还有其他什么东西既是桌子，又具备我所感知到的所有这些属性呢？我不知道有这样的东西，如果知道，我就会把它列入清单中。除了我直接感觉到的特点外，这个桌子可能有的其他性质或样子，都纯粹只是想象而已。如果它的本体，或者说它拥有的本质，与其属性毫无关系的话，那我就根本不可能知道它、感知它、经历它了；既然这样，那为什么还要假设其本体存在呢？
诚然，在理智上，我可能会将一些并没有亲眼所见或亲手摸到的属性和桌子联系起来，比如我说桌子是方形的，即使我并没有看到它是方形的。“方形”这一特点属于桌子本体的一部分，这个观点的前提其实还是桌子的本体独立于主体对它的感知。方形这一性质显然不是我直接经验的客体，而是我在感官知觉（几乎所有的反思都以感官知觉为基础）的基础上，通过反思赋予桌子的。这样，它对我的介入就有了双重依赖：首先依靠我的感官知觉，其次依靠我在这些感知的基础上进行反思。但这样一来，对我有着双重依赖的东西，无论从哪方面来看，都不能说是独立于我和我的感觉而存在的，而本体正是独立于主体的感知而存在的。
然而，除了本体与感知的关系这个问题之外，关于事物本身或客体，还有一个更加棘手的难题：某个事物具有某些属性，或者说某些属性属于某个事物，这句话到底意味着什么呢？离开属性，本体又是什么呢？
这个问题与我们之前谈到的第一性质与第二性质的差别时提出的问题很相似，接着我们又提出了第一性质如何能够脱离第二性质而被我们所感知的问题。比如，离开颜色，我们如何能够感知到广延？这里我们要问的则是，离开某种属性，我们还能感知到本体的存在吗？纯粹的存在真的有意义吗？我们能够离开特定的物体，而单纯地想象存在吗？
以确定的方式存在，意味着它至少要具备我们为了寻求绝对本质而剔除出去的属性中的一条。是否只有“是”某个确定的东西时，“存在”这个词才有意义呢？我们已经看到纯粹谈“经验”是不可能的：我们必须是经验特定的事物。那“存在”是否也一样？什么都不是还可以说存在吗？如果回答是否定的，那就等于赞同黑格尔的第一条悖论，
纯粹的存在就等于不存在，除此之外别无选择，因为存在要有意义，就必须是作为特定的东西，以特定的形式存在，并具有某些属性。
离开属性谈本质是无法想象的，洛克说：
“如果有人从本质的整体概念上审视自我，他会发现，除了支撑这个简单概念的那些我们通常称之为‘属性’的性质之外，我们什么都想不到。”
我们不知道属性和本体之间到底是什么关系，但离开了属性，我们更加不知道本体是什么。如果是这样的话，是否就真的像贝克莱主教所说，物质本体的概念根本就毫无作用、莫名其妙呢？说它无用，是因为如果我们对其一无所知，那去谈论它简直就是浪费时间；说它莫名其妙，则是因为我们既不知道要如何去认识它，也不知道它与所有的属性是如何联系起来的。