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戊戌政变以后，康有为、章太炎都曾数度流亡日本，一个由“勤王”沦为保皇，一个由“革政”转向革命。回顾康、章两人流亡日本期间的活动，总结他们这一阶段思想递变的迹象，无疑是很有意义的。
1898年9月，以康有为为首的资产阶级改良派的变法运动失败了，康有为由北京逃沪转港，曾电告日本驻华公使矢野文雄：“上废国危，奉密诏求救，敬请贵国若见容，望电复，并赐保护。”
10月19日，康有为在宫崎滔天的陪同下出发赴日。25日下午入神户，同行者有梁铁君、康同照、何易一、叶湖南、李唐、梁伟，连同康有为共七人
，平山周、宗方小太郎来迎。旋入东京，住牛込区市个贺加町三番地
。
康有为流亡日本时，除展开政治活动外，曾游热海，登箱根，留有诗篇多首。
1899年4月3日（二月二十三日），康有为自横滨乘和泉丸渡太平洋，赴加拿大，临行赋赠弟子：“凤靡鸾吪历几时，茫茫大地欲何之！华严国土吾能现，独睨神州有所思。”
10月，自加拿大还香港，23日，经过日本时，“始终监视”，“上陆拒绝”
，被留难。
1911年5月8日（宣统三年辛亥四月初三日），康有为自新加坡到香港。6月6日（五月初十日），赴日本，初去箱根，后居神户
。他到达神户后，先住梁启超所居双涛园。双涛园原为神户华侨麦少彭别墅，地近海滨，松影婆娑，“双涛”即指“海涛”“松涛”而言。康有为有《辛亥夏，来日本须磨，居任甫双涛园，筑小楼十弓临海，名曰天风海涛楼，室成，与任甫、觉顿乐之，兼寄若海索和》，诗云：
海外逋亡十四年，
又来须磨结三椽。
纸窗板屋生虚白，
夕霭朝晖览万千。
松罅旧亭立前后，
丘中曲径得回旋。
小楼坐大吾知足，
吞吐东溟占碧天。
梁启超也有《南海先生倦游欧美，同居须磨埔之双涛园，述旧抒怀，敬呈一百韵》
。
康有为抵神户后，当地中华商务总会于18日在中华会馆开欢迎会，参加者有六百人，其中大阪有二百余人。康有为演说之主旨为：
离国十四年，到各国访问立宪政体情况，经详细视察，清朝过去现在之国情，立宪施政之方法，与土耳其其他各国之立宪政体初期情况不同。而日本完成最为迅速。清国为列国环视，困难重重，宜以进步之日本、平治之德国为模范，扬长弃短，则别国将二十年而后成，而清朝则十年可成。惟现今清朝教育方法不完全，应国民一致努力，实为燃眉之急云。
这年10月，武昌起义，随即各省响应。康有为以为“革党必无成”，慨叹“国事亦多变，神州竟未还”，恋栈旧制，眷念清室。在双涛园写了《救亡论》《共和政体论》，提出“虚君共和”的主张，认为“立宪犹可无君主，而共和不妨有君主”
，与当时革命形势不相适应。
1912年3月，康有为自双涛园迁须磨长濑园别庄，6月，撰《中华救国论》，妄说“共和政体不能行于中国”，兴孔教会。次年归国。
章太炎也在戊戌政变后三次流亡日本。
第一次是1899年，“政变”发生，“传言将下钩党令”，章太炎“避地”台湾。1899年6月（五月）渡日本，“五月初三日（6月10日），发基隆，初七日（14日），步上神户”
，曾引起日本注视。据日方档案称：
14日，章太炎“乘横滨丸入港，本邦人馆森鸿（台湾总督官舍住）、藤重信（东京麻生区新网町二丁目五十四番地住）等共来神户海岸通三丁目广业公所（在神广东人之组织之俱乐部团体）小憩。午后1时52分列车出发，馆森鸿等途中陪同，至京都下车模样。章为浙江省人，在清国改革派中有名人物。闻与梁启超有夙好，交情颇密”
。
17日（初十日），“发大津趋名古屋”。本日，爱知县知事冲守固给外务大臣报告：“清国亡命者章炳麟于6时58分，乘汽车来谷新柳町旅舍谷屋投舍，昨晨7时54分列车赴京。”
18日，至东京“京芝区芝口三丁目旅舍纪伊辰方处投宿。翌日（19日），梁启超来访”
。21日，“至小石川区表町百九番地梁启超住地居住”
。
8月16日（七月二十一日），章太炎由横滨乘轮归国，这在日本外务省档案中也有记录，8月18日神奈川县知事浅岗德则上外务大臣报告云：
清国亡命者章炳麟于本月15日由东来此，住居留地百三十九番《清议报》馆。昨（16日）在本市住吉町六丁目海漕业华侨处小憩。同日正午12时乘轮解缆（神丸号），向上海出发。滞在中如有异状，当续报告。
8月17日，日本警视总监六浦孟武上外务大臣也有报告
。
第二次是1902年。2月8日（正月初一），章太炎在浙江“得金陵来电”，嘱“急赴沪”避祸，“于是东渡”。22日（十五日）乘轮，28日（二十一日）至横滨，暂寓《新民丛报》社
，旋住牛込区天神町六十五番中国学生寓中
，拟举行“支那亡国二百四十二年纪念会”。后迁居牛込区原町七十一番静思馆
。7月（六月），返国。次年，因“苏报案”被捕。
第三次是1906年6月29日（五月初八日），章太炎出狱，孙中山派人至沪迎章赴日。章氏抵日后，即主《民报》笔政。7月15日（五月二十四日），东京留学生开会欢迎，“是日至者二千人，时方雨，款门者众，不得遽入，咸植立雨中，无惰容”
。12月2日（十月十七日），《民报》举行一周年纪念会，发表演说，并撰祝词：“相我子孙，宣扬国光，昭彻民听，俾我四百兆昆弟，同心勠力，以底虏酋爱新觉罗氏之命。扫除腥膻，建立民国，家给人寿，四裔来享。呜呼！发扬蹈厉之音作而民兴起，我先皇亦永有攸归。”
他在《民报》发表的文章，大都针锋相对，文辞锐利，“真是所向披靡，令人神旺”。
1908年10月，日本政府下令封禁《民报》，章太炎亲至警庭，慷慨陈词。
与此同时，章太炎在日本讲学，撰写学术专著。1909年后，政治论文相对减少。直至1911年武昌起义，各省响应，11月4日，上海光复后，章太炎始回国返沪，21日（十月初一日）在《民立报》刊登《回国启事》。
康有为、章太炎在日本流亡期间，和孙中山都有关涉。
“政变”发生，康有为流亡日本。这时，资产阶级革命派孙中山、陈少白也在日本，“以彼此均属逋客，应有同病相怜之感，拟亲往慰问，借敦友谊”，曾托日人宫崎寅藏、平山周等向康有为示意。康有为表示自己奉有光绪皇帝的“密诏”，不便同革命党人往来，拒绝会晤。孙中山又通过日本人的关系，组织一次孙、陈、康、梁的会谈，商讨合作方法。康有为不到会，派梁启超为代表，没有谈出什么结果。孙中山复派陈少白往访，梁启超导陈见康，少白反复辩论至三小时，请康有为“改弦易辙，共同实行革命大业”。康答回：“今上圣明，必有复辟之一日，余受恩深重，无论如何不能忘记，惟有鞠躬尽瘁，力谋起兵勤王，脱其禁锢瀛台之厄，其他非余所知。”
拒绝合作。
据宫崎滔天回忆：
次日（十月二十六日），孙逸仙先生来访，要我介绍与康先生会晤。康托词拒绝。孙先生之所以要见康，并非在主义方针上有如何相同之处，而只是对他当前的处境深表同情，意在会面一慰他亡命异乡之意，这实在是古道热肠，一片真诚。而康先生之避而不见也自有其理由，盖从清帝看来，孙先生为大逆不道的叛徒，悬赏而欲得其首级。孙先生之视清帝，亦不啻是不共戴天之仇，伺机想一蹴而推翻他。而康有为先生虽然中道挫折，亡命异国，但依然梦想挽回大局，恢复皇上的统治，自己作一个幕后的人，以立空前的大功。因此，无论从以往的情义上，从怕受人怀疑这个利害的观点上，不愿会见孙先生是无可厚非的。
又说：
同时康先生心中尚怀有另一个梦想，可能也是他不愿接近孙先生的一个原因，那就是他的自负心。他心中暗自有所期待，以为以自己的地位一定会说服（外务）大臣同情自己，允许派兵牵制守旧派，以便挽回自己的势力的。这种自负心是由信赖心产生的，这是过于相信自己。
宫崎滔天的分析，是有相当见地的。康有为将“密诏”传布，且经改篡，表示他奉有“衣带诏”，是“奉诏”的，是能代表光绪旨意的；他在“密诏”上又加了“设法相救”“出外国求救”，为他的“勤王”复辟活动做舆论准备，表示“奉诏求救”
。因此，他拒绝了孙中山等革命派的争取，坚持保皇。
至于章太炎，他在日本也数度和孙中山相晤，并在孙中山的启发下，由“革政”转向革命。
早在1897年春，章太炎在上海担任《时务报》编辑时，“因阅西报，知伦敦使馆有逮捕孙逸仙事，因问梁启超：‘孙逸仙如何人？’梁云：‘此人蓄志倾覆满洲政府。’”章听后“心甚壮之”
。1899年6月，他由台湾“渡日本”，经过梁启超介绍，“始识孙中山于横滨旅次，相与谈论排满方略，极为相得”
。7月17日（六月初十日）《致汪康年书》中谈到初晤后的感受：“兴公（指孙中山）亦在横滨，自署中山樵，尝一见之，聆其议论，谓不瓜分不足以恢复，斯言即浴血之意，可谓卓识。惜其人闪烁不恒，非有实际，盖不能为张角、王仙芝者也。”
既誉“卓识”，又未深信，但心目中已对孙中山留下了印象。
1902年2月，章太炎第二次流亡日本。这时，革命形势逐益发展，革命、改良界限渐明，他起初看到梁启超“专以昌明文化自任，中山则急欲发难”，“中山欲以革命之名招之，必不可致”。看到“康门有徐君勉，最与中山水火。孙党有秦力山，本任公弟子，而宗旨惟在革命”，一度因其“交嫌”，欲为“调和”
。接着偕秦力山往谒孙中山，自称，“时中山之名已盛，其寓处在横滨，余辈常自东京至横滨，中山亦常由横滨至东京，互相往来，革命之机渐熟”
，“逸仙导余入中和堂，奏军乐，延义从百余人会饮，酬酢极欢，自是始定交”
。在孙中山的启发下，他们共同商讨开国的典章制度和中国的土地赋税以至建都问题，《訄书》重印本《相宅》和《定版籍》中，就记录了他俩当时的讨论情况。章太炎还在孙中山的赞助下，准备在东京举行“支那亡国二百四十二年纪念会”，反对清朝的反动统治。当在东京为日本警察阻止，改在横滨补行纪念式时，章太炎宣读纪念辞，孙中山担任主席，“倡言各敬章先生一杯，凡七十余杯殆尽”。这年章、孙“定交”，关系很大，直到十年以后，龃龉渐深，章太炎缅怀往事，不胜缱绻，“同盟之好，未之敢忘。昔在对阳（日本对阳馆），相知最夙，秦力山所以诏我者，其敢弃捐”
。
1906年章太炎第三次来到日本，是孙中山特派同盟会代表至沪迎章赴日的，东京留学生开会欢迎，章氏演说：“壬寅春天，来到日本，见着中山，那时留学诸公，在中山那边往来，可称志同道合的，不过一二个人，其余偶然来往的，总是觉得中山奇怪，要来看看古董，并没有热心救汉的心思。……不料监禁三年以后，再到此地，留学生中助我张目的人，较从前增加百倍，才晓得人心进化，是实有的。以前排满复汉的心肠，也是人人都有，不过潜在胸中，到今日才得发见。”
他在日本加入同盟会，主编同盟会机关报《民报》。12月2日，《民报》举行一周年纪念会，孙中山演说后，章太炎继之。他在《民报》上发表了不少政论，多为宣扬同盟会的革命纲领，这成为他一生中“最大最久的业绩”。
19世纪末20世纪初，风云变幻，社会动荡，戊戌变法失败，八国联军入侵，自立军起义被镇压，一些知识分子逐渐抛弃了对清政府的幻想，走上革命的道路。孙中山是当时资产阶级革命派的代表，他对流亡在日本的康有为曾经争取，对章太炎也曾交往；然而，康有为拒绝会晤，章太炎则与之“定交”，结果前者渐趋沉沦，后者投身革命。在日本流亡时期康有为和章太炎的一段经历，是他们一生政治生涯的重要转折点，而他们的“转折”，都和孙中山为代表的革命派有关联。
康有为和章太炎都是辛亥革命以后由日本回到国内的，但一个是饮恨以返，一个是载誉而归。
章太炎回国返沪，当时报纸特发《欢迎鼓吹革命之文豪》社论：
章太炎，中国近代之大文豪，而亦革命家之巨子也。正气不灭，发为国光，文字成功日，全球革命潮，呜呼盛已！一国之亡，不亡于爱国男儿，文人学士之心，以发挥大义，存系统于书简，则其国必有光复之一日。故英雄可间世而有，文豪不可间世而无，留残碑于荒野，存正朔于空山，祖国得有今日，文豪之力也。今章太炎已回国返沪矣，记者谨述数语以表欢迎之忱，惟望我同胞奉之为新中国之卢骚。
誉之为“鼓吹革命之文豪”。而康有为呢？去国时是一个进步的维新运动领袖，回国时却是一个顽固保守的人了。袁世凯邀请他去北京作为反动政权的点缀。康有为没有答应，移居上海，办《不忍》杂志，言：“睹民生之多艰，吾不能忍也；哀国土之沦丧，吾不能忍也；痛人心之堕落，吾不能忍也；嗟纪纲之亡绝，吾不能忍也；视政治之窳败，吾不能忍也；伤教化之陵夷，吾不能忍也；见法律之蹂躏，吾不能忍也；睹政党之争乱，吾不能忍也；慨国粹之丧失，吾不能忍也；惧国命之分亡，吾不能忍也。”而“莫敢忘斯世也，愿言拯之”
。究竟是什么使他这样“不能忍”呢？社会历史的向前发展，旧的东西终将覆灭。究竟又将如何“拯之”呢？“以孔子为国教，配享天坛”，图谋封建势力复辟。一个进步的人，后来落后了。
康有为和章太炎返国时的政治态度不一，毁誉不一，又和他们这几年的流亡生涯有关。
章太炎在戊戌政变后，“避祸”台湾，流亡日本。他看到甲午战后中国民族灾难的深重，对以慈禧太后为首的清政府是深深痛恨的，认为“支那宫禁之变，贤才坑屠，王化陵迟，宇内鱼烂，将使蓟丘之上，满人不亡，而夏子之胄亡矣”
。满洲贵族统治腐败衰朽，不能不“革政”。又认为政变危急之际，“犹赖有数镇稍自奋厉，是以扶危而定倾”。因此，不能削弱藩镇，而“甘心于白种之凌藉”。中国如果“无文武自将之主，而澌灭几至于尽”，所以削藩镇，是“天下之至私”，它只能“行媚白人”。同时，重藩镇和立宪政并不矛盾。“板荡之世，非得藩镇以尊攘，则宪政不立”，并举日本为例，“若皇德贞观，廓夷旧章，示民版法，陶冶天下，归之一宪，藩镇将奔走趋令，为日本之萨、长藩始于建功，而终于纳土，何患自擅”
。此后，进而指出“瓜分而授之外人，孰与瓜分而授之方镇”
。那时，他还是向往“明治维新”式的“革政”。只是到义和团运动以后，才“鉴言之莠”，进行“匡谬”
。
章太炎提出“分镇”，而“借权”的还是汉族地方督抚，又以曾国藩“俯首下心，以事辫发之孱胡”为“失机”，满、汉之间，还有界限。这样，在此后全国革命形势迅速高涨的情况下，促使他和“尊清者”划清界限，走上革命道路。
1902年章太炎第二次流亡日本时，和孙中山“定交”，渐由“革政”转入革命。并举行“支那亡国二百四十二年纪念会”，表示坚决反对清政府的反动统治，“民今方殆，寐而占梦……觉悟思之，毁我室者，宁待欧美”。“哀我汉民，宜台宜隶。鞭棰之不免，而欲参与政权；小丑之不制，而期扞御皙族，不其忸乎？”不推翻清政府，是不能挽救民族危亡的。次年，他被逮入狱。不久，孙中山发表《敬告同乡书》，号召划清革命与保皇的界限，说：“革命者，志在扑满而兴汉；保皇者，志在扶满而臣清。事理相反，背道而驰”
。1905年，中国同盟会成立。等到章太炎出狱赴日，革命已为时代主流，章太炎也跟随时代步伐，“入同盟会，编辑《民报》”。由上可知，他第一次赴日，还主张“革政”；第二次赴日，转入革命；第三次赴日，参加革命组织，主编革命派的机关报了。
康有为也是处在这个时代，但他第一次流亡日本时，一方面刊发光绪皇帝的“密诏”，散布“奉诏求救”文，一方面展开了求救活动。他曾请犬养毅予以“支柱”
，还上书近卫笃麿，说明“受衣带之诏，万里来航，泣血求救”
。结果，日本政府在清政府的交涉下，不让康有为居住日本。1899年4月3日，康有为终于自横滨渡太平洋赴加拿大，于7月20日，筹创保皇会，在会例中指出，“专以救皇上，以变法救中国救黄种为主”，即以“忠君爱国为宗旨”。应该说，当一些人对光绪还存幻想的情况下，揭露清廷积弱，控诉慈禧“训政”，拥护改革变法的皇帝，反对顽固守旧的慈禧，还曾起过影响。
没有多久，国内发生了义和团运动，恰恰慈禧、荣禄利用过义和团，八国联军又乘机武装干涉，保皇会认为这是反击后党，“决救皇上”的大好时机，酝酿“讨贼勤王”。结果，实际活动的唐才常在汉口事泄失败，演成自立军悲剧。此后，康有为和他所领导的保皇会，斗争锋芒渐由针对慈禧为首的清政府顽固派转向资产阶级革命派，由保光绪皇帝转为保清朝封建政府。等到康有为第三次流亡日本时，清政府正组织皇族内阁，以庆亲王奕劻为总理大臣。康有为对奕劻并不信任，一些保皇会成员在海外制造舆论，散布揭帖，警告奕劻：“若不即开国会，则为举国公敌，为卖国大贼。”
1911年10月，武昌起义，康有为听到消息，“忧心如焚”，仍持“革命必无成”之说，他和梁启超都想“用北军倒政府，立开国会，挟以抚革党”，还想“乘此以建奇功”
。自我陶醉地说：“人知革之无成，士大夫皆思吾党而归心。”“他日国会开时，吾党终为一大政党，革党亦自知无人才，不能为治也”
。
然而，辛亥革命，推翻了清朝政府，保皇会已无皇可保了，但康有为仍不甘心，草写《摄政王逊位为总统说》，又提出“虚君共和”的口号，企图挂一个“共和”的假招牌，仍旧恢复清朝的统治。说什么“共和政体不能行于中国”，“立宪国之立君主，实为奇妙之暗共和国”，而“满族亦祖黄帝”，还需由清朝复辟。保皇会已逆潮流而动，流亡在日本的康有为这时也已沉沦了。
照此说来，康有为和章太炎都是戊戌政变后流亡日本的。通过“政变”血的教训，章太炎对当权的清政府逐渐抛除幻想；康有为则“忠君保皇”，凝滞不前。但历史是前进的，时代是发展的，章太炎在三次流亡中，由“革政”走向革命，跟上了形势；康有为在1911年再度流亡日本时，则已暌离了时代。终于，一个在中国革命史上留下业绩，一个却由“先进的中国人”日趋倒退。这当然和他们的社会地位、个人经历有关，但也不能说不和他们接受的传统思想无关。例如：章太炎从小孕育民族主义思想，后来又汲取顾炎武“复兴”的古文经学中的民族主义内容；康有为则推演今文经学“递嬗渐进”的说解，反对根本地变革。由于这个问题牵涉较广，也不在本文讨论范围之内，也就不再赘述了。