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发病率增加的原因，就像孤独症的起因一样，仍然是个谜。很多研究支持遗传因素（比如，同卵双胞胎比异卵双胞胎更容易出现同一种障碍）。传统上认为是遗传（或更广泛的说法——生理）因素造成了孤独症及孤独症谱系障碍的一系列症状。此外，免疫、代谢和环境因素也被认为发挥了作用。不过可以肯定的是，这个障碍绝对不只是单一因素造成的。因此我们认为探讨孤独症成因的最理想构架，应该是“累积风险，多重路径”的模式，即承认多重因素相互作用而形成这个障碍。例如，遗传或产前因素可能导致儿童在面临诸如躯体性应激、传染性疾病以及暴露在有毒物质中等挑战时力不从心。这个关于孤独症成因的新思考方式既承认遗传因素的影响，又认识到障碍的形成是分阶段、逐步的过程，障碍有不同的表现形式和不同的严重程度。