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我们很容易设想或推论，由于一些不可改变的脑部差异，孤独症儿童有长期的、固定的障碍。然而这种推论往往没有充足的数据加以证明。最难回答的问题之一是：儿童表现出来的某种行为、情绪或脑功能异常，到底是一个主要问题还是一个“下游效应（downstream effect）”？例如，根据最近一个有关脑显像的发现，孤独症人士缺乏联结脑部不同部位的能力。我们先前也提到过这样一个看法，认为孤独症谱系障碍人士的主要问题是在将情绪与动作及之后出现的符号进行连接时存在生理障碍。我们的研究发现，情绪联结着不同形态的心理功能；如果这些连接不能在早期阶段顺利形成，那么可能出现许多“下游效应”的结果，包括无法赋予行动或语言适当的目标及意义，或不能在中枢神经系统的不同部位之间建立符合年龄的路径（请参照附录B）。
到目前为止，对在婴儿期及儿童早期阶段就表现出孤独症症状的研究很有限，因此也很难获知某些早期问题的后来结果会如何，以及基本的障碍或困难到底是什么。另外，大部分研究主要是在比较孤独症儿童与普通儿童之间的不同，或孤独症儿童与有认知或语言障碍儿童之间的差异，却几乎没有研究比较孤独症谱系障碍儿童，与其他具有孤独症谱系障碍常出现的动作及感觉信息加工问题、但又不是孤独症谱系障碍的儿童（指的就是可以与人有很多互动、有创造力、善于表达、能够抽象思考却有许多动作及感觉问题的儿童）之间的差异。
最好能在一种动态的构架中讨论孤独症谱系障碍，把一段时间内影响儿童发展的所有因素都考虑进来。我们提倡不要将孤独症谱系障碍（包括阿斯伯格综合征）视为一种固定不变的障碍，而应该视之为一种动态的过程，某些生理或神经缺陷会影响到儿童的发展。儿童神经受损的严重程度决定其取得进步的可能范围；专业人员不应将它认定是一种固定不变的障碍，而应该帮助每名儿童达到他们情绪和智力发展所能够达到的最佳状态。