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人类用想象力臆造出各种罪恶，这种追求的极致产生了对人类自己的伤害，活人献祭和火烧女巫只是其中的两个例子。另一个例子可能出现在为追求幻觉而杀人的精神病患者身上，比如杀人魔王查尔斯·曼森，为了加速世界末日的到来而计划发动种族战争；刺杀里根总统的约翰·辛克利行刺的目的是为了让演员朱迪·福斯特对他留下深刻印象。但是，最大的危害还是来自贬低血肉生命的宗教信仰，比如认为现世的苦难将在来世得到补偿，或者驾驶飞机撞击摩天大楼的人，将在天堂享有72个处女。我们在第1章中看到，基督教信仰认为，一个人只有接受基督是救世主，才能脱离地狱的无尽煎熬，这成了一种道义责任。它迫使人们接受这一信念，并让可能对此产生怀疑的人保持沉默。
无凭无据的信仰所带来的最大危险是，这些信仰要靠暴力手段来维护。确立信仰本身反映出人们自己的能力，它给予的赞赏具有权威性，还可以让统治者的地位具有合法性。为此，人们对自己的信仰越来越执着。挑战一个人的信仰，就是挑战他的尊严、立场和权力。当这些信仰的依据仅仅是信念而没有其他支持的时候，不断被人挑战，成了信仰根深蒂固的弱点。相信石头向下坠落而不是飞上天，没有人会对此感到难以接受，因为所有清醒的人都能看见这个事实。但是要说婴儿生来带有原罪，或者上帝是三位一体，或者阿里是排在穆罕默德之后第二位最有神性的人，就不是所有人都愿意接受了。每当人们以信仰为中心组织自己的生活时，他们会发现其他人没有这些信仰也活得挺好——或者更糟糕的是，这些人还对他们的信仰提出了确凿的反证，他们反而成为众人眼中的傻瓜。信徒无法通过说服怀疑派来维护自己基于信心的信仰，只有采取激愤的手段对付他们。信仰是信徒生活的全部意义之所在，侮辱这一信仰的人，必彻底消灭之。
中世纪和近代基督教世界对异教徒和无信仰者的迫害极其残忍，杀戮的人数之众，超出人们的想象。相比之下，那些认为20世纪是暴力巅峰的传统观念，实在是大错特错。没有人知道到底有多少人死于这些神圣屠杀，我们只能从考古学家的估计中看到大概。比如，政治学家鲁道夫·J.鲁梅尔在《政府造成的死亡》（
Death by Government
）和《政府屠杀的统计》（
Statistics of Democide
）中，历史学家马修·怀特在《恐怖事件大全》（
The Great Big Book of Horrible Things
）和网站“大规模争执造成的死亡”中，分别给出了他们的估算。
他们力图推算出战争大屠杀的死亡人数，包括没有常规统计资料的事件。他们梳理能够找到的资料，使用合理性检验手段评估数据的可信程度以及允许的误差，通常他们取可靠数据的最高值和最低值之间的几何平均数，即中间值。我在本书中出示的是鲁梅尔对该时期的估算，他的数字一般低于怀特的估算。
1095—1208年，十字军发动了一场战争，从土耳其穆斯林手中夺回耶路撒冷，战士由此可赎罪并赢得通往天堂的门票。他们先是在出征途中在犹太人社区大肆屠杀，在围困和攻陷尼西亚、安提阿、耶路撒冷和君士坦丁堡之后，他们杀光了那里的穆斯林和犹太人。据鲁梅尔估计，在屠杀中丧命的人数是100万。当时世界上大约有4亿人口，是20世纪中叶的1/6。按照这个比率，十字军屠杀造成的死亡人数相当于今天的约600万人，相当于纳粹杀害犹太人的数量。
13世纪，法国南部的清洁派开始接受阿尔比教派的异端说教。根据这一教义，他们有两个神，一个是善神，一个是恶神。怒不可遏的教皇联合法国国王，向这一地区派出大军，屠杀了约20万清洁派信徒。从1210年占领布拉姆城（Bram）后的所作所为，人们可以看见教皇讨伐异端的手法。占领军割取100名俘虏的鼻子、上唇，剜出所有人的眼睛，只留下一个人的一只眼睛，让他引领这些俘虏走到另一个城市卡巴莱，恐吓卡巴莱的市民投降
。从此，人们再也见不到清洁派教徒了，阿尔比十字军彻底铲除了他们。历史学家将这一事件定义为灭绝性屠杀的典型。
阿尔比异端镇压过去不久，宗教裁判所又登上历史舞台，开始清除欧洲的其他异端。从15世纪末到18世纪初，西班牙的宗教裁判以皈依的犹太人和穆斯林为目标，指责他们恢复旧习。16世纪托莱多的一份手稿描述了宗教裁判所审讯一名妇女的情景。这名妇女被指控在星期六穿着干净的内衣，这说明她是一个秘密的犹太教徒。她受到绞床和水刑的折磨（我就不向各位叙述细节了——这个肯定比水刑更糟糕）。每次酷刑后停止几天，让她恢复体力，然后再次开始施刑。而她一直在努力揣摩到底应该忏悔些什么。
梵蒂冈教廷今天宣称宗教裁判所只杀害了几千人，但它忽略了一个事实，即绝大部分受害者是送交世俗的行政当局处决和监禁的，那些监禁通常只是被拖长的死刑而已。此外，还有新大陆宗教裁判所分部的受害者。据鲁梅尔估计，仅西班牙宗教裁判就杀害了35万人。
宗教改革运动之后，天主教教会不得不面对北欧众多信众成为新教徒的问题，这些信徒通常是非自愿地追随本地的公爵或国王改宗新教的。
而新教徒必须处理分裂教派。这些分裂教派既不是基督教的任何流派，也不是犹太人。有人可能认为，新教因为自己是天主教教义的异端，受到严酷的迫害，所以会对迫害异端持怀疑的态度，但是，事实不是这样。马丁·路德创作了6.5万字的专著《论犹太人和他们的谎言》（
On
the Jews and Their Lies
）。在基督徒如何对待这个“被排斥和被诅咒的民族”的问题上，他提出了下列忠告：
第一……烧毁他们的教堂或学校和……将那些不能被烧掉的物件用土埋葬或掩盖起来，不让任何人再看见一块他们的砖石……第二，我建议，他们的房子也应该被夷平和毁掉……第三，我建议，他们所有的祈祷书和犹太教法典，里面充满了关于偶像崇拜、谎言、诅咒和亵渎的教唆，一律没收……第四，我建议，从今往后禁止他们的拉比传教，违者处死……第五，我建议，不得向犹太人发放通行证……第六，我建议不许他们发放高利贷，没收他们所有的现金和金银财宝，妥善保管……第七，我建议在每一个犹太年轻人手里放上一把连枷、一把斧头、镰刀、铁锹、纺纱轮，或者一只纺锤，让他们汗流满面地挣饭吃，就像亚当的孩子所受的处罚一样（《创世记》第3章第19节）。因为他们让我们这些受诅咒的外邦人流汗吃苦，辛勤劳作，而他们在家中游手好闲，大吃大喝，养尊处优。这还不算，还要夸夸其谈地亵渎神明，因为我们劳作，就说他们的神在基督徒的神之上，这是不合适的。让我们接受其他民族都有的常识……将这些犹太人永远地驱逐出这个国家。
至少，他要他们中的大部分人活着受罪。基督教的再洗礼派（今天阿米什教派和门诺教派的先驱）连这样的慈悲都得不到。他们相信，人不应该在出生时受洗，而是应该自己坚信信念后再决定洗礼，所以路德宣布他们应被处死。新教的另一位主要奠基人约翰·加尔文对亵渎神圣和异端持类似的观点：
有些人说，这些罪只是一些言论，不应是被判处如此重刑的理由。但是我们给狗戴上口套，难道我们应该任人信口开河，想说什么就说什么吗？……上帝说得很清楚，假先知应该毫不留情地被石头砸死。当上帝的荣耀受到威胁，我们只能将所有自然的情感踩在脚下。父亲不能原谅儿子，丈夫也不能原谅妻子，即使是性命相交的朋友也不能原谅。
加尔文将自己的观点付诸实践，他下令将作家迈克尔·塞尔维特（他对三位一体提出了质疑）处以火刑，而这只是他下令处死的人之一。
亨利八世是第三个反叛天主教的主力。在他统治期间，每年平均有3.25个异教徒被烧死。
一边是十字军和宗教裁判所，另一边是要杀死拉比、再洗礼派教徒和神体一位派，所以，1520—1648年，欧洲宗教战争是混乱、残忍和漫长的。这些混战肯定不仅是为了宗教，也是为了疆土和王朝的权力，但宗教之争让人们的情绪白热化了。根据军事史学家昆西·赖特的分类，宗教战争包括：法国胡格诺战争（1562—1594）；荷兰独立战争，也称“八十年战争”（1568—1648）；“三十年战争”（1618—1648）；“英国内战”（1642—1648）；伊丽莎白一世对爱尔兰、苏格兰和西班牙的历次战争（1586—1603）；“神圣同盟战争”（1508—1516）；查理五世对墨西哥、秘鲁、法国和奥斯曼的历次战争（1521—1552）。
这些战争伤亡率极为惨重。在“三十年战争”中，士兵把今天的德国大部分地区夷为平地，使其人口减少了约1/3。鲁梅尔估计死亡总人数是575万，按照当时的世界人口数量，这个死亡率是欧洲第一次世界大战死亡率的两倍，与第二次世界大战的死亡率相当。
历史学家西蒙·沙玛（Simon Schama）估计，英国内战中有近50万人丧生。按比例计算，这个损失比第一次世界大战的损失还要大。
直到17世纪下半叶，欧洲人才终于开始厌倦杀戮，不再因为别人的信仰错误而大开杀戒了。1648年的《威斯特伐利亚和约》标志着“三十年战争”的结束，确立了各王公决定本国宗教信仰（新教或者天主教）的原则，让少数派也能在和平中生活。（教皇英诺森十世对和平很不适应，他“永久地”宣布和平条约“废止、无效、失效、不公、被诅咒、堕落、愚蠢、毫无意义和影响”。）
西班牙和葡萄牙的宗教裁判所在17世纪失去势头，在18世纪进一步减弱，最终分别在1834年和1821年彻底关门。
英国在1688年光荣革命之后就不再有宗教杀戮。虽然直到现在，基督教的各个宗派之间还是时有冲突（比如北爱尔兰的新教和天主教，巴尔干国家的天主教和东正教），但今天的矛盾更多是种族性和政治性的，而不是宗教性的。从18世纪90年代开始，犹太人在西方获得了法律上的平等，首先是在美国、法国和荷兰，接着是在19世纪扩展至欧洲的大部分国家。
到底是什么原因使欧洲人终于决定，即使让他们的异见同胞冒着永堕炼狱的风险，并且以身试法诱惑他人一同沉沦，也没有什么了不起的？也许，“宗教战争”实在让他们精疲力竭了。但是为什么要花30年才能让他们精疲力竭，而不是10年或20年？有人觉得，人们从那时开始给予生命更高的价值。这种新开发的鉴赏力，一部分源于情感的变化，即开始习惯认同他人的痛苦和快乐；另一部分源于认知和道德的变化，即从珍视灵魂变为珍视生命。灵魂神圣的教义听起来令人振奋，但事实上极其邪恶。它将现世的生命贬低为一个转瞬即逝的过渡状态，仅仅是生命存在的一个微不足道的小片段。死亡好比青春期和中年危机，无非是生命的一个必经阶段。
欧洲怀疑论和理性主义日渐兴起，推动了以生命而不再是灵魂，作为道德和价值轴心的转换。没有人能够否认生命和死亡之间的差别以及苦难的存在，但是对不灭的灵魂离开躯体之后的事情，却是需要灌输来培养的信念。17世纪被称为“理性时代”，因为学者开始坚持认为信仰应该接受经验和逻辑的证明。这一立场打破了有关灵魂和救赎的教条，也打破了当权者的暴力政策，即用暴力（比如“犹大的摇篮”）胁迫人们相信无法相信的事情。
伊拉斯谟和其他持怀疑态度的哲学家认为，人类的知识天生是脆弱的。如果我们的眼睛可以被视觉假象欺骗，比如船桨在水面上仿佛是折断的，圆桶从远处看是正方形，我们为什么应该相信我们对一个更加虚无缥缈的对象的信仰？
1553年，加尔文将迈克尔·塞尔维特处以火刑，激起了对宗教迫害这一观念的大讨论。
法国学者塞巴斯蒂安·卡斯泰利奥（Sebastian Castellio）领导了对加尔文的批判，他提请人们注意，尽管人们有着互不相容的信仰，但都坚信自己才握有真理，这实在很荒谬。他还指出，按照这些信念行事具有令人恐怖的道德后果。
加尔文说自己肯定是正确的，而（其他教派）说他们也肯定是正确的；加尔文说他们是错的，并且希望审判他们，而他们也是这样说加尔文的。谁应该来主持审判？谁让加尔文来充当所有教派的仲裁者，可以一人独揽生杀大权？他说他有“上帝之道”，但其他人也说他们有“上帝之道”。如果说事实是清楚的，那么对谁是清楚的？对加尔文吗？那他又为什么写了那么多书来证明真理？……鉴于这种不确定性，我们必须将异端简单地定义为那些我们不同意其观点的人。如果继而就是要杀死异端，而每个人都认为他人是异端，逻辑的结果就是一场灭绝性的战争。加尔文只好入侵法国和其他国家，荡平城镇，不分男女，不分老幼，不分人畜，杀光所有的生灵。
17世纪的很多学者参与了这场争论，包括巴鲁克·斯宾诺莎、约翰·弥尔顿（他写道，“让真理和谎言掐架……真理是强大的”）、艾萨克·牛顿和约翰·洛克。现代科学的出现证明，人们深信不疑的信仰可能是彻头彻尾的谎言，世界的运作遵循自然法则，而不是神的奇思妙想。天主教会用酷刑威胁伽利略，并对他施以终身软禁，就因为他相信一个自然界的事实，而他后来被证明是正确的。教会的做法对自己非常不利。人们越来越多地用怀疑论的思维，加上幽默和常识，来挑战迷信。在《亨利四世》第一幕中，格伦道尔吹牛说：“我可以召唤地下的幽魂。”豪斯伯回答说：“啊，这我也会，什么人都会；可是您召唤它们的时候，它们果然会应召而来吗？”弗朗西斯·培根以提出信仰必须以观察为基础的原则而著称。他写道，一个男子被带到教堂看画，画上是一群向神明发愿祷告而逃过沉船灾难的水手。这个男子被问道：“这难道不是证明了神明的力量？”他回答说：“是。不过，那些发愿之后被淹死的人呢？他们被画在哪里？”