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新世纪新阶段，以胡锦涛同志为总书记的党中央“抓住重要战略机遇期，在全面建设小康社会进程中推进实践创新、理论创新、制度创新，强调坚持以人为本、全面协调可持续发展，提出构建社会主义和谐社会、加快生态文明建设，形成中国特色社会主义事业总体布局”
。在这一阶段，我们党对生态文明建设的认识和实践发生了质的变化，上升到一个全新的高度，中国特色社会主义生态文明建设得到重大发展和丰富。
2003年10月，党的十六届三中全会召开，明确提出了科学发展观，深刻阐述了其内涵：坚持以人为本，树立全面、协调、可持续的发展观，促进经济社会和人的全面发展，坚持统筹城乡发展、统筹区域发展、统筹经济社会发展、统筹人与自然和谐发展、统筹国内发展和对外开放的要求。科学发展观，是立足社会主义初级阶段基本国情，总结中国发展实践，借鉴国外发展经验，适应新的发展要求提出来的。它是以胡锦涛同志为总书记的党中央在新世纪提出的、我国经济社会发展的新的战略指导思想，是我们党对社会主义现代化建设规律认识的进一步深化，是对中国特色社会主义理论的进一步丰富和发展。
2004年3月，在中央人口资源环境工作座谈会上，胡锦涛同志对科学发展观的深刻内涵和基本要求做了全面阐述，强调以人为本，全面、协调、可持续是科学发展观的主要内涵，指出：“坚持以人为本，就是要以实现人的全面发展为目标，从人民群众的根本利益出发谋发展、促发展，不断满足人民群众日益增长的物质文化需要，切实保障人民群众的经济、政治和文化权益，让发展的成果惠及全体人民。全面发展，就是要以经济建设为中心，全面推进经济、政治、文化建设，实现经济发展和社会全面进步。协调发展，就是要统筹城乡发展、统筹区域发展、统筹经济社会发展、统筹人与自然和谐发展、统筹国内发展和对外开放，推进生产力和生产关系、经济基础和上层建筑相协调，推进经济、政治、文化建设的各个环节、各个方面相协调。可持续发展，就是要促进人与自然的和谐，实现经济发展和人口、资源、环境相协调，坚持走生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路，保证一代接一代地永续发展。”
2005年10月，党的十六届五中全会通过《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》，其中第二部分就是“全面贯彻落实科学发展观”，提出要坚持以科学发展观统领经济社会发展全局。
2007年10月，党的十七大报告对科学发展观的科学内涵、历史地位、指导意义等方面做了进一步集中阐释，提出“科学发展观，是对党的三代中央领导集体关于发展的重要思想的继承和发展，是马克思主义关于发展的世界观和方法论的集中体现，是同马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和‘三个代表’重要思想既一脉相承又与时俱进的科学理论，是我国经济社会发展的重要指导方针，是发展中国特色社会主义必须坚持和贯彻的重大战略思想”，并把科学发展观作为中国特色社会主义理论体系的重要组成部分写入党章。
随着全面建设小康社会进程的加快发展，我国成为世界上能源消耗和污染排放的大国。以胡锦涛同志为总书记的党中央深刻认识到切实抓好节约资源、保护环境、改善生态的各项工作对于实现全面协调可持续发展的极端重要性，及时提出了建设资源节约型、环境友好型社会的思想。2005年3月，胡锦涛在中央人口资源环境工作座谈会上提出建设资源节约型、环境友好型社会的战略目标。7月，国务院颁布了《关于加快发展循环经济的若干意见》。10月，在十六届五中全会通过的“十一五”规划建议中，将建设资源节约型、环境友好型社会确定为国民经济和社会发展中长期规划的一项战略任务。2006年2月，中共中央政治局召开会议强调要加大产业结构调整、资源保护和环境保护力度，大力发展循环经济，加快建设环境友好型社会。当月，中共中央政治局进行第二十九次集体学习，胡锦涛在主持学习时指出，要坚持节约资源和保护环境的基本国策，大力发展循环经济，加强资源综合利用，全面推进清洁生产，加大环境保护和生态建设的力度，促进建设资源节约型、环境友好型社会。2006年3月，在全国人大十届四次会议通过的“十一五”规划纲要中进一步强调了这一战略任务。2006年10月，十六届六中全会再次强调：“以解决危害群众健康和影响可持续发展的环境问题为重点，加快建设资源节约型、环境友好型社会。”
2007年10月，党的十七大把建设资源节约型、环境友好型社会写入党章，强调必须把建设资源节约型、环境友好型社会放在工业化、现代化发展战略的突出位置，坚持生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路，建设资源节约型、环境友好型社会，实现速度和结构质量效益相统一、经济发展与人口资源环境相协调，使人民在良好生态环境中生产生活，实现经济社会永续发展。建设资源节约型、环境友好型社会，是我国经济社会协调发展的战略需要，也是我国环境保护和可持续发展实践经验的理论升华，为推动国民经济又好又快发展提供了有力的政治保障。
随着生态环境问题日益成为人类社会普遍关注的重大时代课题，我们党学习借鉴国外生态学研究的有益成果，积极回应人民群众的强烈关切，提出了生态文明这一重大理论范畴。2007年，党的十七大报告首次明确提出，2020年实现全面建成小康社会的奋斗目标之一就是：“建设生态文明，基本形成节约能源资源和保护生态环境的产业结构、增长方式、消费模式。循环经济形成较大规模，可再生能源比重显著上升。主要污染物排放得到有效控制，生态环境质量明显改善。生态文明观念在全社会牢固树立。”
生态文明建设首次写入党代会报告，成为党的行动纲领，成为社会主义现代化建设的战略指导思想，标志着我国正式开始生态文明建设征程。
2007年12月，胡锦涛在新进中央委员会的委员、候补委员学习贯彻党的十七大精神研讨班开班时讲话指出：“党的十七大强调要建设生态文明，这是我们党第一次把它作为一项战略任务明确提出来。建设生态文明，实质上就是要建设以资源环境承载力为基础、以自然规律为准则、以可持续发展为目标的资源节约型、环境友好型社会。从当前和今后我国的发展趋势看，加强能源资源节约和生态环境保护，是我国建设生态文明必须着力抓好的战略任务。我们一定要把建设资源节约型、环境友好型社会放在工业化、现代化发展战略的突出位置，落实到每个单位、每个家庭，下最大决心、用最大气力把这项战略任务切实抓好、抓出成效来。要加快形成可持续发展体制机制，在全社会牢固树立生态文明观念，大力发展循环经济，大力加强节能降耗和污染减排工作，经过一段时间的努力，基本形成节约能源资源和保护生态环境的产业结构、增长方式、消费模式。”
这是对生态文明科学内涵的深刻阐释。
2008年9月19日，胡锦涛在全党深入学习实践科学发展观活动动员大会暨省部级主要领导干部专题研讨班上的讲话中强调：“我们必须走生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路，全面推进社会主义经济建设、政治建设、文化建设、社会建设以及生态文明建设，努力加快实现以人为本、全面协调可持续的科学发展。”
2008年12月，环保部出台《关于推进生态文明建设的指导意见》，强调生态文明建设是落实科学发展观的重要内容，是实施可持续发展的战略保障，是全面建设小康社会的内在需要，是构建社会主义和谐社会的重要条件。意见明确了推进生态文明建设的指导思想、基本原则和基本要求，提出要积极组织开展生态文明建设试点、示范活动。2010年10月，中共十七届五中全会通过的《关于制定国民经济和社会发展第十二个五年规划的建议》明确提出，树立绿色、低碳发展理念，以节能减排为重点，健全激励和约束机制，加快建设资源节约型、环境友好型社会，提高生态文明水平。这是生态理念的具体内容。2012年7月23日，胡锦涛在省部级主要领导干部专题研讨班开班式上指出，要把生态文明建设摆在中国特色社会主义事业总体布局的高度，强调推进生态文明建设是涉及生产方式和生活方式根本性变革的战略任务，必须把生态文明建设的理念、原则、目标等深刻融入和全面贯穿到我国经济、政治、文化、社会建设的各方面和全过程。
2006年4月，以全面落实科学发展观、加快建设环境友好型社会为主题的第六次全国环境保护大会召开，温家宝在讲话中强调，做好新形势下的环保工作，关键是要加快实现三个转变：一是从重经济增长轻环境保护转变为保护环境与经济增长并重，把加强环境保护作为调整经济结构、转变经济增长方式的重要手段，在保护环境中求发展；二是从环境保护滞后于经济发展转变为环境保护和经济发展同步，做到不欠新账，多还旧账，改变先污染后治理、边治理边破坏的状况；三是从主要用行政办法保护环境转变为综合运用法律、经济、技术和必要的行政办法解决环境问题，自觉遵循经济规律和自然规律，提高环境保护工作水平。
这三个转变是对我国经济与环境关系的根本性调整，是环境保护道路的重大创新，是优化资源配置的重大改革。它的核心是要坚决摒弃以牺牲环境换取经济增长的做法，坚持以保护环境优化经济增长，促进环境与经济相互促进、相互协调、内在统一。无论是从经济与环境的关系来看，还是从人与自然的关系来看，无论是从环境保护的发展模式来看，还是从环境保护的资源配置来看，这三个转变都是全局性、整体性、战略性、方向性、根本性的，是历史性的转变
。三个转变承上启下，标志着我国生态环境保护工作进入了以保护环境优化经济增长的新阶段。
总的来说，这一时期我们党提出树立科学发展观、构建社会主义和谐社会的重要思想，提出建设资源节约型、环境友好型社会的奋斗目标，提出建设生态文明的战略任务，大大提升了人们对资源环境保护和可持续发展的理解，为解决中国的资源环境问题指明了一条文明发展道路。这一系列战略思想、方针和任务，成为解决生态环境问题的全新指导思想，是党对社会主义现代化建设规律认识的新飞跃，也是加强环境保护工作的根本指导方针。然而，生态环境保护遇到的新问题和新挑战又向时代提出了新的课题，探寻新的对策是形势使然。