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新组建的中国远征军班底为：司令长官卫立煌，副司令长官黄琪翔，参谋长萧毅肃；辖第11集团军和第20集团军及直属部队共16个师。
所辖作战部队及指挥系统如下：
表2 滇西反攻作战中国远征军指挥系统
（1944年5月至1944年11月）
续表
1.第20集团军第54军原有第14师（长龙天武）第50师（师长潘裕昆），于4月下旬被转调中国驻印军支援密支那作战
；
2.滇西反攻作战初期远征军共12个师，后来作为总预备队的第8军及第200师投入战场，参战兵力达到16个师。据美国出版战史《中国一印度一缅甸》记述，当时远征军各部队编制定员均严重不足，开始反攻时实际总兵力只有7.2万人左右（仅为定员的60%）。
在军令部下达的作战指导方案中，确定作战方针“以策应驻印军攻击密支那、打通中印公路为目的”。经多方调查研究，卫立煌拟定了反攻作战部署：
以右翼第20集团军为攻击集团，自双虹桥以北各渡口渡过怒江，攻击高黎贡一线敌军，以收复腾冲为目标（因腾冲到密支那有捷径可达，攻取腾冲后可在最短时间内与驻印军会师）；
以左翼的第11集团军为防守集团，除以新编28师掩护自双虹桥渡江的第20集团军部队外，以第2军第76师、新编第33师，第6军新编第39师，第71军第88师各编组一个加强团，从打黑渡和七道河渡口渡江
，作为助攻，以牵制芒市、龙陵方面的敌军，不让其向腾冲方向增援。
此外，作战计划还对分别担任攻击军和防守军的两个集团军的各军、师乃至团、营在攻击准备和攻击实施阶段的任务进行了具体部署。
卫立煌于4月中旬给各部队下达了上述命令，要求于4月底以前完成攻击准备。
此后，卫立煌在保山与在重庆的蒋介石接通电话。卫立煌的长子卫道然在其所著《卫立煌将军》一书中，记其通话内容大致如下：
卫： 请委员长批准我们的作战方案。到目前为止，没有出现新情况。
蒋： 你有把握吗？我最不放心的是，缅甸日军会在我们攻击时，来增援滇西日军。你有把握对付这样的情况吗？
卫： 我有把握。
蒋： 若是渡不过去，日军可能随我军反渡过来，那结果可就严重了。这个你考虑过没有？
卫： 渡江前一小时，若是发现日军有准备，我就立刻停止。渡江后，日军如有什么行动，我的方案中已有对付办法，并且，我留有第11集团军，以备万一。
蒋： 这个责任很大，盟军态度明确吗？
卫： 明确。
蒋： 还有一点，日军的增援部队也可能从密支那开来。
卫： 我们按计划行动起来，他们根本来不了。渡江成功，我有把握，请委员长批准。
蒋： 你再考虑一下，我明天中午给你打电话。这是要极其慎重的。
第二天中午12时，卫正要去吃饭，电话铃响了。
蒋： 俊如吗？你考虑得如何了？
卫： 报告委员长，未出现新情况，不用考虑了，我有把握，会成功的。
蒋：
我把这件重大的事交给你了，责任都在你一人身上。你的要求我批准了。