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方剂的组成在遵循君、臣、佐使的原则下，还要结合患者的实际情况，比如：患者的性别、年龄、体质、病情、气候等，所以组方在遵循固有原则的前提下还要有极大的灵活性。在组方时，根据病人的实际情况，做到“师其法而不泥其方”，必须十分重视剂型增减变化、药量增减变化和药味增减变化，只有这样才能让方剂的功用发挥到最佳的效果。
剂型增减变化是指根据病情的轻重缓急，在药味和药量不变的前提下，通过更换剂型来使药性得到进一步发挥的一种变化形式。原方的功效、主治不会发生很大的改变。例如：人参汤与理中丸，两方组成、用量完全相同，前者煎制为汤剂，主治胸痹，心胸痞闷，气从胁下上逆抢心，虚寒较重，病情急，汤剂可以把药效发挥得更快；后者用蜜调制成如鸡子大小的药丸，主治虚寒，脘腹疼痛，病后喜唾，病势较缓，服用药丸后，病患完全可以慢慢治愈。
药量增减变化是指药味不变，由于药量变化，其药力有大小之分，配伍关系有君臣佐使之变，功用、主治各有所异。它的表现形式有两种：一种是指药量的增减变化没有改变原方的配伍关系，其功用、主治与原方保持不变；另一种是指药量的增减变化改变原方的配伍关系，其功用、主治与原方发生变化。例如：厚朴三物汤和小承气汤，二者都是由厚朴、大黄、枳实三味药组成的，但厚朴三物汤则以厚朴八两为君，枳实五枚为臣，大黄四两为佐使，其功用为行气消满，主治气滞腹满，大便不通；而小承气汤以大黄四两为君，枳实三枚为臣，厚朴二两为佐使，其功用则为攻下热结，主治阳明里热结实证的潮热，大便秘结，胸腹痞满，舌苔老黄。
方剂是由药物组成的，药物是决定方剂功用的主要因素。故方剂中药味的增减，必然使方剂的功效发生变化。药味增减变化可分为两种形式：佐使药的加减，功效基本不变，主治与原方基本相同；臣药的加减，会使方剂功效、主治发生根本变化。这方面的例子有很多，就不在此一一举例。
