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康有为撰写《我史》时，心情十分激动，今人读之可以体会到其胸中的气势，但其对事件的记录却经常不按照时间的顺序，多有跳跃，或将同一事件放在多处记录。康也是一气写来，分卷乃是后来的事，也未有今日读者所习惯的标点、段落或标题。以上的情况，尤以光绪二十四年所记特别突出。
直抒胸臆，稍有杂乱，当然不算是什么缺点，但给我的工作带来了一些麻烦：一、由于多处谈一事情，谈一人物，甲处若已注，乙处本可不注，但读者在阅读中会有不便。二、由于各种事情有着相互的联系，经常需要加以说明，而多次重复会使读者生厌，我也决不可以自行将康的相关文字相连。三、一次注释的文字太多，也影响读者阅读与思维。于是，我将《我史》按原顺序分成段落，一段一段地加以注释，并在各段落上加上了标记，如光绪二十四年第五段，便自作主张地出现了（24·5）的标记。这样做的最大好处，就是相互参见方便，可明确写明某事参见24·5，自可不再重复；但这么做的坏处是割裂，将原本一气贯连的文章，割成一段一段，且容易使读者误以为《我史》本有段落。
由此，我要特别向读者讲明：康有为原文并不分段，我将之分成如此的小段，只是为了我的工作需要和让读者使用方便。若要真正理解康有为，看清楚他的真性情，读者须跳出这些由我所分的段落，一气贯连地读下去；但是，若要查明《我史》所述事件的背景及相关环节，若要辨识康言之中的真伪，读者似又可以一段一段地细读。
康有为的《我史》，自当以其手稿本的最后改定为准。然在手稿本中康亲笔修改之处，很可能对读者有着异常重要的意义。由于手稿本在近期内尚无可能按我所愿全部彩色影印出版，我只能将康亲笔修改的内容与方式，附注在原文之下。没有直观的表示，仅用文字表示修改，总会有不那么清晰达意之处，也只能请读者谅解。又由于《戊戌变法》本刊行了五十多年，又是各刊本的母本，有着很大的影响力，该刊本之误漏，我也附注于原文之下。
历来的注本，大体分两类，一种是略注，一种是详注。我为《我史》作“鉴注”，既然言“鉴”，只能用详注的方法。然即使作为详注，相关的史料是否需要大段的引用？若是新史料，当然可以全引，但若是以往已发表或被引用过的史料呢？我反复考虑很长时间的结果是，绝大多数的读者并非是此一研究领域的专家，若史料仅注明出处，他们又需花工夫查明，若稍引数言，也会使他们感到不解。为了他们的方便，我便稍多稍全地引用一些史料。我所熟悉的那几位研究先进，一不小心碰到了此书，也必然会有史料“面熟”的感受。
书由此而变得很厚，于是产生了一个新的问题，读者若查找相关的内容，无法检索，使用起来会很不方便。我便试着为我所分的段落拟一小标题，以能在目录中直接展示。然而，这毕竟是康有为的著作，分段已是擅行，自拟标题更属添足。由此我仅将这些小标题在目录中列出，而在正文中不再出现。康有为《我史》中涉及人、事甚多，仅是拟小标题也不能完全反映全面。为了方便读者查考与寻找，我又编了人名索引和折片索引，放在书后，于是书又变得更加厚了。