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房德邻在其大作的“内容提要”中，集中地批评了我在史学方法论上的错误：
茅先生的立论多以周边史料为支撑，仅为推测；对于一些史料发生误读，所得结论难以成立；某些分析违背逻辑一致性原则，其结论有预设之嫌疑；在论证《康南海自编年谱》“说谎话”时，未对反证材料一一辨析，其结论有片面性。
对于房先生的这一指责，我是不认可的，也不认为是最佳的学术讨论之用语。对此，也允许我有欠恭敬地回复：子非鱼。
我是为《我史》作注而注意到公车上书的记录，最初也认为康有为所述特具形象性而颇以为是。当我进入实际的史料工作时，发现其中有误，然后再读黄彰健、孔祥吉、汤志钧、姜鸣、汪叔子、欧阳跃峰诸先进的著述，觉得问题很大，于是下定决心花了很长时间来重读全部相关的档案，以能得出自己的看法来。这一过程似不能被称为“预设结论”。
考据与实证不完全相同，在没有直接史料的情况下，考据学讲究的是曲径通幽，即以间接材料以解间接问题，弯曲以达核心。乾嘉之力作，亦由此途者。这里面为史家所重者，对其直接证明的问题，用的是“周边史料”还是核心材料。我是从政治高层运作的角度，来重新观察“公车上书”的过程。对于我所论证的问题上，我以为，所引用的史料似非为“周边史料”。
我用了名单比较的方法来考察康有为领导的“联省公车上书”与单省公车上书之间的关系，其中我对两者关系不显者，认为是康有为、梁启超鼓动的可能性不大；对于两者重复较多的省份，即广西、贵州、陕西三省，我却写了这样的话：“若从这种紧密关系推导出广西、贵州、陕西举人上书是康、梁‘鼓动’、‘分托’所致，我一时还找不到更多的证据以能进行连接。”对此，房先生写下了极富个人情感的话：
看到这段话，我不禁要说：“海建呀，你不公平呀！当重复签名者少时，你立刻就断言与康梁无关，并不需要旁证。而当重复签名者多时，已高达74.78％、84.55％、64.20％，按照你的假设前提应该足以证明是受了康、梁影响了，你却不承认了，非要旁证不可。这是搞双重标准呀！”
我是房先生的同事，当我看到他的这段话时，能够感受到他作此语时的音容，就像在身边一样。但是，我还想说明，当两者签名重复数量相当大时，是否可证明广西、贵州、陕西三省的公车上书由康、梁的“鼓动”、“分托”而起，中间仍有着相当大的空间，数字似还不能完全说明事件的全过程。三省公车是否也有旁人的鼓动与分托，是否也有观念同一而共同行事，或许还需要一一细论，我手中一时没有可以证明的史料，于是写了这一段话。对此，我以为，似不能用“违背逻辑一致性”而言之。
我和房先生之间的差别，主要是在史料的解读上，房先生是相信康有为说法的，但我却表示了怀疑。对此，房先生说：
文（廷式）的自我吹嘘是一眼就可以看出来的，而孔（祥吉）、茅（海建）两位以考证见长的学者却竟然相信，这是因为两位有偏见，他们就是不相信康有为所说，而一见到不利于康有为的材料就相信，用以证明康有为作伪。
又说：
这段分析表明茅先生对康有为的误解实在太深了。说康因为处于人生低谷，所以写《我史》时就“随意牵连”，这两者之间真有因果关系吗？
又说：
我说茅先生对康有为的误解太深，是因为他说康有为“无端生事”、“随意牵连”。
这些言语都多富个人情感，指责我的主观意志。我不止一次地写道：“历史作为已经发生的事实，是相当客观的，但历史研究却是主观的行动。任何一部历史著作，都是对史料的主观解读。”历史学家主观的价值观念，自然会影响到其对史料的研读，这是历史学生来具有的先天性缺陷。问题在于历史学家是在这一活动中表现出来的不自觉，还是故意为之。
我这几年的工作，主要是在为康有为《我史》作注，这是一件吃力不讨好的事。我之所以如此，正是因为这一部重要著作现因真伪难分，影响其使用。康有为是作过伪的人，先是有版本多变从未示人的“衣带诏”，后又有《戊戌奏稿》之再造，他的许多宣传性的言论似只能当作政治技巧。即使这一部《我史》，被黄彰健、汤志钧、朱维铮、马忠文等先生指出多处有伪，对其小心谨慎也是不得已之事。这是历史学家应取的态度。然而，“疑康”并不等于“非康”，说明康的作伪并不意味着否定康的历史地位。两者是有区别的。对此，我还在《从甲午到戊戌：康有为〈我史〉鉴注》一书的自序和绪论中特别说明了我于此的学术态度。
历史学本来就是存疑责难的工作，也强调理解之同情，此中的区别仅在于寻觅真相还是故意攻击逝人。然这又是一种主观的态度。