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脾与胃为表里，同居脘腹中焦，共主消化吸收，关系至为密切。其主要的生理关系有三个方面，即通过脾胃的纳运、升降、燥湿相反相成的作用来完成化生水谷精微，充养全身的功用。
脾胃的纳运关系甚为密切，胃之受纳腐熟水谷，为脾之运化水谷精微奠定基础；脾之运化输布，是适应胃之继续纳食的需要。两者密切配合，共同完成对饮食水谷的消化吸收，化生气血，濡养四肢百骸。所以《诸病源候论》说：“胃为腑，主盛水谷；脾为脏，主消水谷。若脾胃温和，则能消化。”《景岳全书》云：“胃司受纳，脾司运化，一纳一运，生化精气。”
脾气主升，胃气主降，是脾胃纳运功能的活动形式，对机体气机升降有重要影响，为气机上下升降之枢纽。《临证指南医案》云：“纳食主胃，运化主脾，脾宜升则健，胃宜降则和。”饮食物入于胃，经其腐熟作用后，下行至小肠，经小肠泌别清浊。清者经脾气升发，输布于心肺布散全身，浊者下注于大肠或膀胱而排出体外。脾气上升而胃气下降，两者相反相成，密切相关，互为因果。共同完成了对饮食的消化、吸收、输布、排泄的过程。
脾为太阴湿土之脏，以阳气用事，脾阳健则能运化，故性喜温燥而恶阴湿。胃为阳明燥土之腑，赖阴液滋润，胃阴足则能受纳腐熟，故性喜柔润而恶燥。两者的特性相互为用，相互协调。太阴脾脏之湿，可济阳明胃腑燥土之阳，阳明胃腑之阳，能济太阴脾土之湿，从而完成饮食物的传化过程。脾胃燥湿相济，阴阳相合，故《医学读书记》曰：“土具冲和之德而为生物之本。冲和者，不燥不湿，不冷不热，乃能生化万物，是以湿土宜燥，燥土宜润，使归于平也。”
按五行划分，脾胃属土，肝胆属木。肝的疏泄功能和脾的运化功能之间相互影响。因为脾的运化，有赖于肝的疏泄，而肝的疏泄功能正常发挥，则依赖脾的运化功能的健旺，所以《素问·宝命全形论》说：“土得木而达。”而《素问·经脉别论》说：“食气入胃，散精于肝，淫气于筋。”如果肝失疏泄，必然影响脾的运化功能，导致精神抑郁，胸胁胀满，腹胀腹痛，泄泻便溏等“肝脾不和”证。反之，如脾的功能失常，气机滞塞，可致肝气郁结，导致“土壅木郁”证。肝藏血，脾生血和统血，在血的生成、贮藏及运行方面肝脾有密切的关系。脾气健旺，生血有源，且统血使血不溢出脉外，则肝有所藏。如果脾虚气血生化无源，或脾不统血，失血过多，可导致肝血不足的病证。
此外，脾与胃，肝与胆相表里，临床上肝脾，胆胃的疾病可以相互传变。在脏腑病机相关中，如肝气郁结，横逆乘胃，或肝火犯胃，可引起胃痛、胁痛、嗳气、呕吐酸苦等症；脾气亏虚，可致肝气乘脾，引起腹痛、泄泻；胃阴不足，可致肝气乘胃，引起脘胁胀痛、嗳气等。
肾居下焦，为水火之宅。肾水也就是肾阴，肾火为肾阳，又称命门之火。按五行划分，脾胃属土，而火能生土，所以肾阳能温煦脾胃之土。脾胃为后天之本，肾为先天之本，两者在生理上关系主要表现在后天与先天相互资生，相互促进的关系。因为脾之健运，化生精微，须借助于肾阳的温煦，故有“脾阳根于肾阳”之说，亦有“命火生脾土”的论述。而肾中精气亦有赖于水谷精微的培育和充养，才能不断充盈和成熟。故曰：“脾胃之能生化者，实由肾中元阳之鼓舞，而元阳以固密为贵，其所以能固密者，又赖脾胃生化阴精以涵育耳。”脾气健旺，水谷精微充足，不断滋养于肾，促进人体的生长、发育、健康和长寿。同时，肾主水液，必须赖以脾土之制方不致泛滥，即所谓“土能制水”。
因此，脾胃与肾的生理关系甚为密切，诚如李中梓在《医宗必读·虚劳》中所说：“肾安则脾愈安，脾安则肾愈安。”如果肾阳不足，不能温煦脾阳，则纳运失常，出现饮食减少、腹中冷痛、下利清谷、或五更泄泻、水肿等病症。若脾阳久虚，损及肾阳，亦可出现脾肾阳虚的病证。故古人有“补脾不如补肾”和“补肾不若补脾”之说。
脾胃属土，心属火，两者为火土相生之脏。脾统血，又为气血生化之源，心主血，故心与脾的关系至为密切。脾的运化功能正常，化生血液的功能旺盛，血液充盈，则心有所主。脾气健旺，脾的统血功能正常，则血行脉中，而不溢出脉外。因而，脾与心的关系在生理上主要表现在血液的生成和运行方面，故唐容川说：“食气入胃，脾经化汁，上奉心火，心火得之，变化而赤，是谓之血。”《济阴纲目》引汪琪语：“脾气人心而变为血，心之所主亦借脾气化生。”同时脾气健旺，化源充足，上养于心，使血充而神明，如果因思虑过度，不仅暗耗心血，而且影响脾的运化功能；若脾气虚弱，运化失职，则气血生化无源，亦可导致血虚心无所主；若脾不统血而致血液妄行，也会造成心血不足，从而形成眩晕、心悸、失眠、多梦、腹胀、食少、体倦等“心脾两虚”证。若脾失健运，痰饮内停，上凌心阳，可导致心悸、胸闷、水肿诸症。可见在病理上脾与心是相互影响而发病的。
心属火，对脾胃阳虚者应用补火生土之法，虽常采用温补肾阳法，但也有人认为心火能生脾胃之土。脾胃化生水谷精微而生气血，血本属阴，血以养心，心主神志，所以脾胃运化功能正常，不仅关乎饮食物的消化，而且影响到心神的安定，这也是古人常说“胃不和则卧不安”的道理。
脾胃属土，肺属金。在生理功能方面，脾主运化，为气血生化之源；肺司呼吸，主一身之气。脾主运化，为胃行其津液；肺主行水，通调水道。故肺与脾胃的关系，主要表现于气的生成和津液的输布代谢两个方面。
气的生成，主要依赖于肺的呼吸功能和脾的运化功能。肺吸入的清气和脾胃运化的水谷精气，是组成气的主要物质基础。因而，肺的呼吸功能和脾的运化功能与气的盛衰密切相关，即古人所说的“脾为生气之源”“肺为主气之枢”之意。
在津液的输布代谢方面，主要是由肺的宣发肃降，通调水道和脾的运化水液，输布津液所构成。肺的宣发肃降和通调水道，有助于脾的运化水液功能，从而防止内湿的产生；而脾的转输津液，散精于肺，不仅为肺通调水道的前提，而且也为肺的生理功能提供了营养基础，故有“肺为水之上源”之说。
由于脾肺在生理上关系密切，所以，在病理上也相互影响。如脾气虚损时，可导致肺气不足，出现短气、肢倦等气虚证；若脾失健运，津液代谢障碍，水湿内停，聚而生痰成饮，影响肺的宣发肃降，出现喘咳痰多等症，故有“脾为生痰之源，肺为贮痰之器”的说法。亦因肺病日久，影响脾的运化而致脾肺气虚，出现纳食不化，腹胀便溏，甚则水肿肢倦，气短懒言等病症。因此，肺病久治不愈，多求之于脾，即陈士铎在《石室秘录·正医法》中所说：“治肺之法，正治甚难，当转以治脾，脾气有养，则土自生金。”