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超声内镜（EUS）是将内镜和超声相结合的消化道检查技术，将微型高频超声探头安置在内镜顶端，当内镜插入体腔后，在内镜直接观察消化道黏膜病变的同时，可利用内镜下的超声行实时扫描，可以获得胃肠道的层次结构的组织学特征及周围邻近脏器的超声图像，从而进一步提高了内镜和超声的诊断水平。
1980年，美国首次报道应用超声与普通内镜相结合的检查方法在动物实验中取得成功，开创了超声内镜技术在临床的应用，此后超声内镜器械不断发展和完善。经过20多年的临床实践，超声内镜的技术越来越成熟，其应用范围也不断扩大。超声内镜的出现使内镜技术实现了飞跃性的发展。超声内镜可对消化道管壁黏膜下生长的病变性质进行鉴别诊断，并可对消化道肿瘤进行术前分期，判断其侵袭深度和范围，鉴别溃疡的良恶性，并可诊断胰胆系统肿瘤，特别是对于较小肿瘤精确度高，对慢性胰腺炎等诊断亦优于其他影像学检查。另外，在超声内镜介导下，应用细针穿刺抽吸活检术也明显提高了病变的确诊率。目前，超声内镜下的介入性诊断和治疗是已经国内外内镜技术的热点之一。
1.确定消化道黏膜下肿瘤的起源与性质：超声内镜可将消化道壁分成五层（与其解剖结构相对应），可轻易分辨出壁内肿瘤的生长层次，五层结构中任一层次的中断及异常变化可判断肿瘤浸润的深度。对于食管、胃、十二指肠及结直肠生长的黏膜下肿瘤，超声内镜是诊断消化道黏膜下肿瘤的金标准，可以通过肿瘤起源层次、大小、回声特点等初步判定肿瘤性质，可以鉴别消化道的隆起是否黏膜下肿瘤或壁外病变压迫所致。
2.判断消化系肿瘤的侵犯深度及外科手术切除的可能性：超声内镜可应用于食管癌、胃癌、结直肠癌的术前分期，并可较准确的诊断消化道早癌，为早癌的内镜下切除提供保障。对于进展期的消化道癌可进行较准确的术前TNM分期，以便于制定手术方案或进行术前新辅助放化疗。超声内镜对于肿瘤浸润深度的判断及壁外淋巴结的肿大诊断较准确，优于腹部CT等影像学检查。
3.胰胆系统肿瘤：超声内镜可紧贴胃壁或十二指肠壁进行扫描，与胰腺、胆道仅一壁之隔，可清晰的显示全部胰腺组织、胆管全长及胆囊。对于发现胰腺小的肿瘤、胆管末端肿瘤或十二指肠乳头部肿瘤有不可替代的作用。对于超声内镜诊断胰腺、胆道肿瘤浸润大血管或周围重要脏器的可靠性较高，可避免不必要的开腹手术探查。
4.慢性胰腺炎：目前所有的诊断慢性胰腺炎的实验室检查或影像学检查都难以判断早期胰腺炎，尚无诊断慢性胰腺炎的金标准。超声内镜可清晰的显示胰腺的实质结构和胰管的细小改变，如胰腺实质内高回声、腺体呈小叶样结构、囊性变、钙化，胰管扩张、胰管结石等征象。超声内镜是诊断慢性胰腺炎的敏感工具。
5.十二指肠壶腹部肿瘤的鉴别诊断。
6.纵隔病变。
7.判断食管静脉曲张程度与栓塞治疗的效果。
消化道超声内镜检查的禁忌证基本上与一般内镜检查相同。
（1）严重心肺疾患，无法耐受内镜检查。
（2）上消化道大出血处于休克等危重状态者。
（3）怀疑消化道穿孔患者。
（4）精神病患者或严重智力障碍而不能配合内镜检查者。
（5）腐蚀性食管炎、胃炎的急性期患者。
（6）明显的胸腹主动脉瘤患者。
（7）脑卒中急性期患者。
（1）心肺功能不全。
（2）高血压患者，血压未得到控制。
（3）凝血机制障碍及出血倾向患者。
（4）高度脊柱畸形。
（5）巨大食管憩室、重度食管静脉曲张者。