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墨子的世系可以追溯到契。
契是商族的祖先，商汤为契的第十三世孙。商族由一个古老的游牧部落发展而来。传说契的母亲因吞食了燕子的卵怀孕生契，商族因此以鸟为图腾。墨翟的“翟”即雉，是一种形状像鸡、长尾、羽毛华美的鸟，古人常把它视为凤凰。所以，墨子的出生地又叫“落凤山”。
到契时，商族由游牧而定居。契把都城建在蕃（今山东省滕州市境内）。后来，契协助大禹治水有功，有力地推动了商族的发展。契的孙子相土曾在泰山脚下建东都。商汤即位后，商族和山东西部的莘氏通婚，并与担任夏朝东正官的薛族结为同盟。商汤积极发展商族势力，先是形成与夏朝对峙的局面，后来灭掉夏朝，建立商朝。
商纣为王时，沉湎酒色，宠幸妲己，不理朝政，听信佞臣谗言，其叔比干因苦谏被挖掉心肝而死。纣王的庶兄微子启屡谏未果，和太师、少师离开国都。后来，商朝为周所灭，微子降周。
周武王即位后，封纣王之子武庚于商旧都殷，派三弟管叔、五弟蔡叔辅佐武庚。武王死后，成王继位，因其年幼，周公摄政。管、蔡不满，策动武庚发动叛乱。周公奉命出师征伐，平定了这场史称“武庚之乱”的叛乱，杀掉武庚、管叔，流放了蔡叔。为了安抚商朝的遗民，周王把商旧都周围的地区分封给微子，取名宋，建都商丘（今河南商丘南），领有今河南东部和山东、江苏、安徽三省毗邻的大片土地。微子及其后代在宋国居住。到春秋时，传至第十七代。第十七代孙宋国公子目夷，为宋桓公之子、“春秋五霸”之一的宋襄公兹父的庶兄。
《左传》僖公八年载，宋桓公生病，宋太子兹父与其庶兄公子目夷互相以仁义让国，兹父请求说，“目夷长且仁，君其立之”，目夷则说兹父“能以国让，仁孰大焉？”后来，兹父继承王位，任命目夷为左师，目夷辅佐宋襄公治理国政。春秋霸主齐桓公死后，宋襄公便有图谋称霸之心。
周襄王十四年（公元前638年），宋襄公伐郑，与前来救郑的楚军战于泓水（今河南省柘城县北），目夷为随军主将。宋军先在泓水北岸布好阵势，处于有利态势。楚兵渡水之际，目夷建议宋襄公乘机出击，宋襄公不同意，说君子不能乘人之危去攻打人家。等楚兵渡过河以后，目夷又建议应乘其立足未稳赶快出击，宋襄公又未同意，说君子不打不成阵式的队伍。等楚军排好阵后，宋襄公才下令出击，结果宋军大败。宋襄公身负重伤，第二年死去。这就是历史上有名的“宋襄公之仁”典故的出处。
宋襄公死后，宋成公继位，宋国国力日见衰微。以后，目夷的事迹便没有记载了，他可能死了，也可能离开了宋国。但其子公孙友仍在宋国，并于鲁文公七年（公元前620年）宋成公死后出任左师。到鲁成公十五年（公元前576年），宋司马荡泽发动叛乱，为华元所杀。左师鱼石等宋桓公的后代逃到楚国。公元前573年，楚王又让鱼石等移居彭城。第二年，宋军围攻彭城，彭城投降，鱼石等桓公后裔逃到了离彭城不远的小邾国，并在陶山漷水一带定居下来，沦为平民。后来，墨子就出生在这里，其祖当为宋公子目夷。
小邾国原为邾娄国的一部分，是东夷族后裔。邾国先人曾以雄蜘蛛作为图腾，建国后以“蛛”为国名，“邾”由“蛛”演化而来。邾国人的祖先为陆终氏，与周人没有血缘关系，被称为夷。周灭商后，对邾娄国采取了分而治之的办法，把面积仅次于鲁的邾娄国分为三个小国，即邾国、小邾国和滥国。小邾国都城在今滕州市城东五十里处的木石镇一带。小邾国地理位置优越，水陆交通便利，经济发达。
《左传》襄公四年载：“冬十月，邾人、莒人伐鄫。臧纥救鄫，侵邾，败于狐骀。”狐骀为今山东省滕州市东南二十里处的狐骀山。《滕县志》记载：“城东南十五里曰‘狐骀山’，……山南头名‘木石’者，疑亦‘目夷’之讹也。”《续滕县志》记载，宋熙宁五年（1072年），徐州知州傅尧俞在滕县立“宋贤目夷群墓”石碑。目夷死后可能葬在滕县（今山东滕州）。周显王四十四年（公元前325年），鲁国灭掉了小邾国。
孔子也是微子的后裔，微子传至孔子的六世祖孔父嘉时，其后代以孔为氏。根据孔氏的来历，可以推断墨氏的起源。古字“墨”与狐、目、化、货等字同音。史学家王献唐认为，“滕东有木台，亦即墨胎”
。史学家杨向奎则说：“‘目夷’也作‘墨夷’，而‘翟’与‘夷’古音可以通假，因之，我颇疑‘墨翟’即‘目夷’的别写。”
墨学专家张知寒也认为，“公子目夷实为第一代目夷子，而墨子可能就是出生于小邾国的末代目夷子”。“在古代，‘目夷’与‘墨翟’为同音词，并可互为通假。”
宋襄公于公元前650年至前637年为宋国国君，在位14年。他生于公元前680年至前670年之间。目夷稍长于宋襄公，泓水之战时为主将，大约生于公元前680年前后。商朝历时629年，共传17世30王，平均37年传一代，这是商族血统的大致传代年限，按一般30年传一代记，可推知墨子可能是目夷的第七世孙。目夷为微子的第十七世孙，微子又为商汤的第十七世孙，商汤为契的第十三世孙。由此可知，墨子为契的后裔，其血缘线索为：契—汤—微子—目夷—墨子。