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流传至今的《墨子》，是墨家的论文集，现存53篇，包含了墨家的全部思想。
墨家的思想主要记录在《墨子》书中。秦以后，墨子及其弟子的言论散见于各种典籍之中，如《新序》《尸子》《晏子春秋》《韩非子》《吕氏春秋》《淮南子》《列子》《战国策》等。《汉书·艺文志》称《墨子》有71篇。今存53篇，共亡佚18篇。其中，除《节用》下，《节葬》上、中，《明鬼》上、中，《非乐》中、下，《非儒》上等8篇外，另外10篇连篇目都失传了。
《墨子》分为两部分：一部分记录墨子的言行，主要反映墨子和前期墨家的思想、活动。《修身》《亲士》《所染》《法仪》《七患》《辞过》《三辩》等7篇据考为后人伪作，与墨家思想不合，有的混入了儒家思想。《尚贤》《尚同》《兼爱》《非攻》《节用》《节葬》《天志》《明鬼》《非乐》《非命》分为上、中、下3篇。按照《韩非子·显学》的说法，墨子死后，墨家分化为相里氏之墨、相夫氏之墨、邓陵氏之墨三派，因三派的记录不同，后人在编辑《墨子》书时，便把他们所传文本分为上、中、下3篇并列，文字、内容大同小异。现存《尚贤》3篇、《尚同》3篇、《兼爱》3篇、《非攻》3篇、《节用》3篇、《节葬》1篇、《天志》3篇、《明鬼》1篇、《非乐》1篇、《非命》3篇，共24篇，为墨家弟子对墨子言行的记录，后人也加入了一些材料。《耕柱》《贵义》《公孟》《鲁问》《公输》等5篇为墨家后学所辑录，是研究墨子活动的直接材料。《备城门》《备高临》《备梯》《备水》《备突》《备穴》《备蛾傅》《迎敌祠》《旗帜》《号令》《杂守》11篇，主要讲机械制造和战争防御，与墨家的思想关系不大。
另一部分包括《经》上、下，《经说》上、下，《大取》和《小取》等6篇，一般称为《墨经》或《墨辩》（其中，《经》采用战国末期流行的“经”的文体写作），着重阐述墨家的认识论和逻辑学思想，也包含许多科学技术内容。
墨学中绝，所传之书本已稀少，加上以古文（先秦古籀文）写成，晦涩难懂，传承困难。西晋鲁胜作《墨辩注》，因战乱失传。到唐代，乐台作《墨子注》，亦不传。明清之际，傅山为《大取》作注，开清代注《墨子》先河。清中叶，汪中为明代陆隐刻本《墨子》53篇作校注，并编辑《墨子表微》，均遗失，传下来的仅有《墨子序》。乾嘉时期，考据学兴起，墨学再度引起重视。整理、校注《墨子》的学者主要有卢文弨、毕沅、孙星衍、张惠言、王念孙和王引之父子、俞樾、孙诒让等。他们用考据、训诂方法对《墨子》进行了整理注释。其中，以毕沅、孙诒让的成就最大。毕沅是第一个为《墨子》全书作注的学者，他以《道藏》所收《墨子》为底本，参考前人研究成果，编成《墨子注》。孙诒让为清末古文经学家，他依据《道藏》本《墨子》、毕沅校本、明代吴宽写本、顾千里校本、日本刻本等，参考毕沅、苏时学、王念孙和王引之父子、洪颐煊、俞樾、戴望等人的注释，著成《墨子闲诂》。《墨子闲诂》集诸家注本之大成，为《墨子》书的通行本。
《墨子》书传至今天，多多少少要归功于东晋道士葛洪(284—364年），葛洪在《抱朴子》《神仙卷》中把墨子附会成神仙。于是，后世把《墨子》收入《道藏》保存。
先秦人著作多刻在竹简或写在绢帛上。《墨子》书经过了汉人的编辑整理。刘向整理校勘先秦古籍时，整理了《墨子》。汉哀帝时，刘向之子刘歆再次整理《墨子》。经刘向、刘歆父子整理的《墨子》统一用绢帛书写。《汉书·艺文志》所说的“《墨子》七十一篇”指的就是经刘氏父子编辑整理的帛书《墨子》。后来，几经战乱，至明代刊行的正统《道藏》收藏的《墨子》仅剩下53篇了。清代学者校注《墨子》，都以明代刊行的《道藏》本为底本。