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随着墨子学生的增多以及在社会上影响的扩大，逐渐形成了一个以墨子为领袖的有着严密的组织、执行一定任务的团体。
墨家成员称为“墨者”，必须服从领导，听从指挥，要做到“赴火蹈刃，死不还踵”（《淮南子·泰族训》）。意思是，不避艰险，至死也不旋转脚跟后退。正如汉代陆贾所说：“墨子之门多勇士”(《新语·思务》）。墨家弟子“其生也勤，其死也薄”，“以裘褐为衣，以屐蹻为服，日夜不休，以自苦为极”，“不能如此，非禹之道也，不足谓墨”（《庄子·天下》）。这是说，墨家成员活着的时候十分勤劳，死后草草安葬了事。他们多用羊皮粗布做衣裳，脚穿木屐草鞋，日夜劳作，以自苦为原则；否则，就不是践行大禹的主张，就不足以称为墨者。墨家弟子不仅要学习一般的知识和专业技能，还要接受军事训练，随时准备打仗，为实践墨家的主张而献身。实际上，墨家既是一个学术团体，也是一个政治团体。
墨家弟子学成后，派往各国做官的记载如“游耕柱子于楚”“游高石子于卫”（《墨子·耕柱》），“游公尚过于越”“出曹公子而于宋”（《墨子·鲁问》）等，即举荐公尚过到越国、曹公子到宋国做官等。出仕的弟子要交回一部分薪俸，用于墨家组织的运转。《墨子·耕柱》载：墨子推荐耕柱子到楚国做官。几个弟子去探访耕柱子，耕柱子请他们吃饭，每餐仅供食三升。他们回来说：“耕柱子在楚国没有什么收益，每餐只供给我们三升米，招待不厚。”墨子说：“这不一定。”不久，耕柱子送给墨子十镒黄金，说：“弟子不敢贪图财利违章犯法以送死。这十镒黄金，请老师使用。”
墨家弟子如果背离了墨家主张，则要被召回。《墨子·鲁问》载，墨子推荐胜绰去齐国大将项子牛那里做官。项子牛三次入侵鲁国，胜绰每次都跟从。墨子听说后，就派高孙子请项子牛辞退胜绰。
墨家的领袖称为“巨子”。关于巨子制度确立的时间，颇有一些争议。
冯友兰认为，“墨者之第一任‘巨子’当为墨子”
。方授楚认为，墨子是墨家第一任巨子，禽滑釐、孟胜为第二、三任巨子。
通观《墨子》全书，对墨子的称呼只有墨子、子墨子，而没有“巨子”。墨家这样一个组织严密的团体，不可能一日无领袖。由此看来，墨子是墨家的第一任领袖，而不是第一位巨子，有巨子之实而无巨子之名。第一位巨子应是墨子临终时指定的。以后，巨子制度便固定下来。墨子的大弟子禽滑釐为首任巨子，其后继者有孟胜、田襄子、腹䵍。
巨子是终身职务，前任必须在死前选定继任者，并将职位传授给他。这类似佛教徒的衣钵相传，正如梁启超所说，“其制度与基督教之罗马法王极相类”“又颇似禅宗之传衣钵也”
。
据《吕氏春秋·离俗览·上德》记载，孟胜临危前把巨子职位传授给田襄子，仅派其弟子徐弱二人“属巨子于宋之田襄子”即可。这是“非常时期”，不得不如此传授。那么，平常时期，巨子的传授情况如何呢？
《庄子·天下》认为，墨家“以巨子为圣人，皆愿为之尸，冀得为其后世，至今不绝”。“尸”指祭祀时代表死者受祭的人。前任巨子死，墨者“皆愿为之尸”。谁当上巨子的“尸”，谁就有极大可能接任巨子之职。这种状况到庄子时仍无多大变化，所以《庄子·天下》有“以巨子为圣人”“至今不绝”等语。
孟胜临死前，因知“田襄子贤者也”，表示“我将属巨子于宋之田襄子”，便义无反顾地自杀身亡。但在平常时期，前任巨子选拔“接班人”，必须反复考验，以防新任者不能继承墨家的事业、行墨者之义，甚至造成“墨者之绝于世”的严重后果。
《墨子·备梯》载：“禽滑釐子事子墨子之年，手足胼胝，面目黧黑，役身给使，不敢问欲。”这表明墨子对禽滑釐一直考验未断。禽滑釐曾师从孔子弟子子夏，年龄不会比墨子小太多，但他对墨子仍事之若父，可见墨家选任巨子的继承人的条件相当苛刻。但禽滑釐还是经受住了长期考验，最终成为墨子的接班人。
巨子制实行之初，对于增强墨家的凝聚力、向心力发挥了巨大的作用。后来，由于手续烦琐、考验严酷，加上墨家笃信鬼神，迷信气氛弥漫，这种制度越来越神秘。加之巨子权力极大，对这个职位心存觊觎者大有人在，墨家内部充满了争权夺利的斗争。后来，随着墨家组织的分化，巨子对墨者的控制力减弱，巨子制也逐渐式微。