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在刘慈欣的科幻小说《三体》中，有这样一个情节。
因为地球文明的位置被暴露，遵循“他人即是威胁”的黑暗森林法则行事的三体文明，向地球派出一个被称为“水滴”的宇宙探测器，并且不到一小时就摧毁了地球联合舰队。“自然选择”号执行舰长章北海成功逃离地球，另外四艘战舰前往追捕，结果这五艘战舰成为一批幸存者。
在逃脱过程中，他们的战舰离最近的目标星系NH558J2还有十几光年距离，离最终的可生存星球还有六万光年距离，而燃料和食物却无法支持这样的长途旅行。章北海要生存，只有消灭四艘追逐战舰并夺取其燃料和食物。
然而，就在章北海准备实施时，另一艘战舰“终极规律”号抢先向其他四艘战舰开了火。不过，其中的“蓝色空间”号抢先一步做好了防御，因此不仅躲过了攻击，而且反过来将另外四艘战舰消灭，成为这场残酷游戏的胜出者。其他四艘战舰上的能源和关键配件被取走，连船员的尸体都被转化成了食物！
人类在茫茫太空中对同胞发起攻击，并非是偏好使然，而是他们要服从一种被选择的纳什均衡。在章北海们的预期中，往往先假定别人绝对会发起攻击，因而为了自己的利益最大化，便选择率先攻击。
在面临有威胁的对手时，面临的选择有以下几个：
选择A——不攻击，灭亡；
选择B——攻击失败，灭亡；
选择C——攻击，生存。
在这些选择里面，如果选择攻击，会有生存的机会，而其他人也同样有这样几个选择。假定五艘战舰竞争一个生存的机会，对于其中一艘来说，只要它选择了攻击，而另外四艘选择不攻击，机会自然属于它；如果其他四艘也选择攻击，就需要一个附加的条件——它攻击得更早，防御得更好，这样才能得到仅有的生存机会。
所以，在这一博弈过程中，无论其他战舰做什么选择，“终极规律”号只有自己毫不犹豫地攻击，才会有机会生存，这是遵循我们上面所说的原则的。黑暗森林法则就是这样形成的。
在这个过程中，利害计算对每一个参与者都是不可缺少的。我们仅就五艘战舰的关系来看，可以看出上面情节中包含的囚徒困境基本精神——背叛。无论对方做出什么样的策略选择，背叛对方，都能够让自己获得收益，那么必然要选择背叛这一道路。
这个故事中，章北海们的思维方式，实际上揭示了一个形成囚徒困境的机制——担心自己成为傻瓜。而了解这种机制，恰恰可以提供减少自己在囚徒困境中的损失的策略。
它告诉我们，处于囚徒困境的时候，没有什么十全十美的好办法能让自己从困境中逃脱。不能获得利益，只能尽量做到自己不受侵害，正所谓“两害相权取其轻”。
这样的困境同样出现在现代政治中，不过形式有所不同。
“股神”沃伦·巴菲特曾经提出一个竞选筹资改革法案。他假定有一个狡猾的亿万富翁，愿意掏出十亿美元作为捐助来推动法案的通过。民主党和共和党都可以选择支持或不支持法案。如果双方都支持法案，该法案获得通过，两党都没有得到任何东西。如果一党支持而另一党不支持法案，该法案无法通过，则支持的一方获得十亿美元。如果双方都不支持法案，该法案搁浅，双方也都没有得到任何东西。
显然，两党在此时会陷入困境。如果有一党不支持法案，另一党将白拿十亿美元，正好用作竞选经费来战胜对手。当然，任何一党都不希望看到这种情况发生，因此都会选择支持法案。
这一游戏的结果当然是法案通过，哪怕两党从内心并不支持法案。同时，两党也都没有获得任何优势，那位狡猾的亿万富翁也一文不花。与古代政客竞相奔走于权门相比，美国现代政治不过是换了一种背叛的方式。
实际上，《三体》小说中的黑暗森林法则在生活中是无处不在的，只不过形式和程度不同而已。