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用来织造南京云锦的原材料是很有特色的，除了与一般锦缎织造一样，要对所用的丝线进行染色之外，还大量使用金银箔线和孔雀羽毛制成的线做原料。对线料的这种颇具特色的使用普遍见于云锦的三大品类之中，即库缎、库锦、妆花。
库缎即花缎，是一种本色的提花缎，在缎地上起本色或其他颜色的花纹，花纹有亮花与暗花两种。库缎中一种所谓“妆金库缎”，其部分花纹是以金线织出的，又有一种用金银两种线织花，称“二色金库缎”，又有一种以很小的金银花做点缀的，称“金银点库缎”，或称“挖金花库缎”。
库锦包括“织金库锦”和“织彩库锦”。织金库锦的花纹全部用金线织成，或将满地金花大花纹的地部，织成细密的连续纹加以衬托；也有的用银线，但习惯上都统称为“织金”或“库金”。织彩库锦又分“彩花库锦”、“抹梭金宝地”、“芙蓉妆库锦”等。
彩花库锦属于小花纹单位的彩库锦，除用金银线外，还用少量的彩线；抹梭金宝地是用圆金线(捻金)织满地，花纹轮廓用片金绞边(称“金包边”)，显得金碧辉煌。
妆花是工艺最为复杂，也最具有特色的云锦品种，它的特点是用色多，色彩变化丰富，需要专门染出各种不同的深浅色彩的丝线来。在织造上则像缂丝一样“通经断纬”，（即经丝贯通织品，但不同色彩的纬丝根据画面分段织出，在背面减少了多余的浮丝，更为平整），用绕有各种不同颜色的彩绒纬管，对织料上的花纹作局部的盘织妆彩，配色没有任何限制，非常自由。花纹常分出色彩层次，可多达十几色乃至几十色。由于妆花的配色复杂、用料严格、织造特别，譬如通经断纬和大量使用黄金白银以及孔雀羽毛等，其工艺尚无法用现代化的机器取代。
将固体的金银织到锦缎等人工织物里去，体现了我国人民对物性的了解和驾驭能力。从四川成都金沙遗址出土的“四鸟绕日金箔刻花”、“蛙形金箔刻花”推知，早在3000多年前的商代晚期，我国先民已经懂得打制金箔将其卷曲用于装饰了。到了北宋末年，据当时文献所记用于服饰的金工艺有18种之多，含：销金、贴金、缕金、间金、戗金、圈金、解金、剔金、捻金、陷金、明金、泥金、榜金、背金、影金、阑金、盘金、织金金线等。从字面看，这18种与金有关的工艺，有的明显是用于丝织的。云锦所用的金线有两种：一种是“圆金”，另一种是“扁金”。圆金是将金箔的长条螺旋式绕在丝线上，因为过去用手捻，所以也叫“捻金线”。扁金也称“片金”或“缕金”，是将金箔裱在绵纸上，切成细丝。圆金质地牢，扁金光泽亮。
孔雀属于雉科鸟类，我国产的为绿孔雀，雄鸟体大，包括尾羽有两米多长。毛羽色彩绚烂，以翠绿、亮绿、青蓝、紫褐等色为主，多带有金属光泽。尾上覆羽延长成尾屏，上有五色金翠线纹，开屏时尤为艳丽。古人多将它与凤凰相比，视孔雀开屏为吉祥。人们把孔雀的尾羽覆在车顶上，显示华贵，叫做“孔盖”；以孔雀和翠鸟连称，用“孔翠”比喻最美的事物；认为孔雀和大雁行有仪、飞有次，是知礼，故以“孔雁”为威仪。
定陵出土的明朝万历皇帝的“织金孔雀羽妆花纱龙袍”，就是用孔雀羽毛捻成线织成的龙袍，这也是南京云锦艺术的杰作。