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前文提到，南京丝织业的前源头可追溯到417年。从其历史进程来看，它真正获得大发展是在元明清三代。
蒙古人统一中国后，汉族以农耕为基础的文化受到很大的破坏。但由于蒙古人很喜欢“金银线的织品”，也就是豪华富丽的织金锦，而南京的丝织正是以织金著名，因此南京的织锦业反而是在元朝立国之初就得到了保存和发展。
元代政权建立不久，即南宋灭亡的第二年(至元十七年，1280年)，便在南京设立了两座“织染局”—东织染局和西织染局，直接为皇家织造锦缎。据《至正金陵新志》记载：“东织染局，至元十七年于城东南隅宋贡院立局，有印。设局使二员，局副一员，管人匠三千六户，机一百五十四张，额造缎匹四千五百二十七段，荒丝一万一千二斤八两，隶资政院管领。西织染局，至元十七年于旧侍卫马军司立局，设官与东织染局同。”两座织染局的设置既然相同，其生产的规模也应相当。合计应有工匠六千多户，每年织造缎匹上万段。值得注意的是，这里的“工匠”不是指人口，而是以户计算。因为元代实行的是“匠户制”，即全家老幼都要参加生产，而且世代相继。所以，六千多户的工匠就要几倍的人口了。
意大利威尼斯人马可·波罗于1275年来中国，受到元世祖忽必烈的信任，待遇优厚，在政府机关担任官员长达17年之久。他几乎游历了整个中国，回国后把他的所见所闻整理成书，名为《马可·波罗游记》。书中“盛道东方之富庶，文物之昌明”。他曾到过南京及其周边的若干城市，当时称灭亡的南宋为“蛮子国”。有趣的是，他对不少城市大多提到丝织，谈到南京时说：“南京是蛮子的一个著名大省的名称。……当地出产生丝，并织成金银线的织品，数量很大，花色繁多。”
所谓“金银线的织品”，也就是织以金箔或银箔制品的织金锦。这种织锦豪华富丽，技术性最高，说的应该就是南京云锦。
明、清两代，以南京为中心的江南地区，在经济和文化上得到全面发展，也是南京的织金锦得到大发展的时期。这里的丝织业于明代进入盛期，并于清前期达到鼎盛。
明代我国丝织技艺已进入盛期，而南京则可说是处在制高点上，专门为皇室织造各类服饰和彩锦。朱元璋早在明代建立的前一年(1367)就在南京设立了“尚染局”(内织造局)；洪武年间，又先后设立了“神帛堂”和“供应机房”，分别织造皇帝的龙衣、祭服和宫中所用的各种彩锦。另外还有一家“南京工部织染所”，不知与“后湖织造局”是否一家机构。
明初洪武年间，礼部纂修《洪武京城图志》，其中“街市桥梁图”中有“织锦”三坊，陈寅恪对此曾做过考释，指出其各自的具体位置：织锦一坊在聚宝门内，旧桐树湾街；织锦二坊在镇淮桥北，旧国子监街；织锦三坊在织锦二坊北，旧关王庙巷。这一带大概都是手艺人的聚集地。三条街上所住的织锦机户，有可能是官署的，也有可能是民间的。
1644年明朝在中国历史上谢幕了，但南京和南京云锦的脚步并没有停止。明朝覆亡的第二年，清兵南下，福王朱由崧及大学士马士英等遁走，明朝官员开城出降，因而南京城没有遭受大的破坏。社会秩序也比较平稳，丝织业又恢复起来了。清朝建都北京，改南京为江宁。清王朝在开国之初，皇室朝廷所需的各式锦缎供服饰、陈设、赏赐等数量极大，江宁织造局也很快奉命开工。苏州、杭州两个织造局恢复较晚，因为早在明天启七年(1627)就奉旨停织了。
虽然清政府设在北方，但在经济和许多物资的供应上仍靠江南。丝织方面，除江宁之外，在苏州、杭州也都设有宫廷的织造局，并有所分工。
据《清会典》记载：“织造在京有内织染局，在外江宁、苏州、杭州有织造局，岁织内用缎匹，并制帛诰敕等件，各有定式。凡上用缎匹，内织染局及江宁局织造；赏赐缎匹，苏杭织造。”又据光绪《大清会典事例》卷一一九○“内务府库藏”记载：“顺治初年定：御用礼服，及四时衣服，各宫及皇子公主朝服衣服，均依礼部定式，移交江宁、苏州、杭州三处织造恭进。”
清代的“江宁织造”，通常分为两个部分：一是“织造衙署”，督理织造官吏驻扎及管理织造行政事务，带有官署性质；二是“织局”，系织造生产的官局作场。
江宁织造局作为宫廷的直辖机构，其隶属关系和官员人选经常变动。从顺治二年(1645)开织，到光绪三十年(1904)裁撤，中间还夹着一个太平天国，间断了若干年。前后200年，主管织造的官员先后达数十人，惟独曹家祖孙三代四人—曹玺、曹寅、曹颙、曹頫，连任达60多年之久，影响很大。
1853年，太平天国定都南京，改名为“天京”。朝内宫中设有“织锦匠”，主织“缂丝”和“妆缎”(妆花缎)；城内设有“织营”，有织匠3000多人。太平天国失败后，清王朝于同治四年(1865)重建江宁织造局。
在官府丝织业之外，南京的民间丝织业也普遍存在。在明代已出现了独立经营的机户。至清代乾(隆)嘉(庆)年间，南京民间丝织机台(包括缎、锦、绸、纱、绒等织机在内)已发展至3万多台。至道光年间，包括城乡内外，各类机台的总数已达5万多台。这是南京历史上丝织的鼎盛时期。
但是在清朝初年，对民间丝织业的发展限制很严。曾有机房开机不得超过百张的规定。如若超过，每张须交税五十金，还要向织造衙门申请文凭(执照)，经批准注册后才能开织。据说这条规定最初是从供求关系方面考虑的，因为丝织品是一种贵重商品，供求关系不能失衡，否则会造成市场紊乱，产品质量下降。这是一项很严肃的思考，其中大有学问。当然，规定太严会束缚手脚，不利于发展，但取消限制也会造成失控。当时的江宁织造官员是曹寅。机户要求他向朝廷奏免额税，取消开机不得超过百张的限制。经奏请，还是“得旨永免”了。
清代南京籍的学者甘熙写了一部《白下琐言》，记述南京各方面的趣闻逸事。在卷八中谈到南京的丝织和棉织，大约是清代中后期的情况。他说：
蚕桑盛于苏浙，金陵间亦习之。然丝质粗肥，远逊湖宁，惟织工，推吾乡为最。入贡之品出自汉府，民间所产均在聚宝门内东西偏，业此者不下千数百家，故江绸贡缎之名甲天下。翦绒则在孝陵卫，其盛与绸缎埒。交易之所在府署之西，地名绒庄。日中为市，负担而来者，踵相接也。自屡经荒歉，贸易日就消减，以今较昔，不过什之二三，观此而民生之凋敝可知矣。道光庚子，静斋叔父在常州奔牛镇及浙江石门斜桥等处，雇觅职工来省，捐赀备办棉纱，于孝陵卫一带设机织布，令绒机失业。男、妇习之，价廉工省，日用必需，此业一开，补救不小，洵百世之美利也。惟织布所用棉纱，必得崇明、通州所产者，绪理紧密，绵绵不断。若孝陵卫及乌江之花，只可作衣棉，不堪织布。所望有力者，赴崇明、通州等处广为才买，轻其值以鬻之，则习之愈多，流通以广，安见民气不可日振耶？直隶无木棉。乾隆间，方恪敏公为总督，教民种之，有《种棉图》石刻传世。
文中所说的《种棉图》，即方观承编的《棉花图》，亦称《授衣广训》，有石刻版与木刻本，构图基本一致，明显受前代《耕织图》的影响。图共16幅，分别为布种、灌溉、耘畦、摘尖、采棉、拣晒、收贩、轧核与弹花、拘节、纺线、挽经、布浆、上机、织布、练染等，表现了从棉花种植到棉布织染的全过程。木刻本分上下两卷，由方观承写说明，乾隆皇帝弘历、嘉庆皇帝颙琰和方观承三人题诗，由内廷于嘉庆十三年(1808)刻印出版，它对于推广植棉和棉织，在全国产生了很大影响。棉织的普及，对于中国人的生活，在物质功能上，与丝织起了互补的作用。
清朝末年，江宁织造局于光绪三十年(1904)奉命裁撤。以后数年宫廷所需丝织品都是向民间机户采购。当时机户的字号已经很多，如清末民初的正源兴、涂东元玉记、源丰、方永泰等。另外，还有在锦角上织出“机匠吴膑”、“机匠夏德”、“机匠王援”等的。这种在丝织品上织出负责人、机户字号和机匠名称的做法，在今天的人们看来颇有广告意味，实则不然，它是从秦汉以来所实行的“物勒工名”制度。在古代，既非广告宣传，也不是对劳动者的尊重，而是为了便于监督检查，追究责任。
