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新中国初期的云锦业，能够维持生产，但产量不大，多为小业户，他们组织起“联购联销”的机构，恢复生产的云锦织机有140多台。至1951年，南京市共建立手工业生产合作社27个。1954年8月，南京市手工业管理局对云锦业作了一次全面调查，全业共有生产机台228台，从业人员908人。
1953年12月，国家文化部在北京举办了一个“中国民间美术工艺展览会”，规模很大。在展览会上，南京云锦的亮相，大幅的五彩龙凤和大朵的织金牡丹花等，辉煌灿烂，气派非凡，使观众为之震惊。这次展览影响深远。同年，华东文化部发出了“积极开展对民间工艺美术遗产进行挖掘、整理、研究工作”的指示。
1954年7月，南京市人民政府文化处为了贯彻上级的指示，组建了“云锦研究组”，由陈之佛任名誉组长，何燕明任组长。成员有朱枫、徐仲杰、汪印然、朱冬生等，他们都是原文化处的美术干部；两个老艺人张福永和吉干臣，他们是硕果仅存的优秀挑花、设计艺人；还有陈之佛先生的两位图案研修生张道一和李有光，也参加了研究组的工作。他们深入作场，与挑花艺人、丝织艺人交谈，收集和复原云锦图案，记录云锦设计和配色的口诀，做出了很大的成绩，为今后的研究和发展奠定了基础。
云锦研究组的工作，主要有两方面：一是记录、整理了云锦艺人的图案设计口诀和配色口诀，其中体现着一些创作的规律和民族传统艺术特点，讲述口诀的主要是两位老艺人张福永和吉干臣。二是发掘、收集、整理了数以千计的云锦图案资料，有的对一些原稿作了设色摹绘，有的根据实物残片进行了复原。研究组曾从云锦的彩色图中精选了40幅，分妆花、库锦、库缎三大类。由陈之佛先生题名《云锦图案》，何燕明主编，并写了《云锦的艺术成就》作为前言，交人民美术出版社出版；不久赶上了“反右”运动，搁置了好几年，于1959年3月以“中国古典艺术出版社”的名义出版，为散页套装，署名也取消了，只用了“南京云锦研究所编绘，陈之佛校订”。现在看来，这是一本严谨的选集，记录了南京云锦以往的艺术成就。还有一本黑白的《南京云锦》，大多是当年的摹绘稿，于1958年由上海人民美术出版社出版。
1956年初，华东文化部和华东美协在上海举办“花布、丝绸、织锦座谈会”，并进行了作品观摩。1956年，对手工艺来说，包括云锦在内，是很重要的一年。在这一年里，全国进行了“手工业的社会主义改造”，先后成立了各级的手工业管理局。1956年3月5日，毛泽东作了《加快手工业的社会主义改造》的指示。指示中说：“提醒你们，手工业中许多好东西，不要搞掉了。王麻子、张小泉的刀剪一万年也不要搞掉。我们民族好的东西，搞掉了的，一定都要来一个恢复，而且要搞得更好一些。”
筹备了两年多的“中央工艺美术学院”也是在这一年建立的，并由文化部改为中央手工业管理局领导。云锦研究组提出了筹建“南京云锦研究所”的规划。南京云锦研究所的筹建得到了中央手工业管理局的重视和支持。1957年3月，江苏省人民政府批准建所，于同年12月正式运作。南京云锦研究所是新中国建立后由国家批准的第一个工艺美术专业研究机构。研究所建立后，面临两项重要工作，一是结合现实生活需要积极进行织造创新设计；二是为1959年的建国十周年庆祝大典服务。当时，全国都在为国庆大典而忙碌。研究所也接到两项任务：一项是为庆祝建国十周年而出的《中国》摄影画册织造封面面料；另一项是为首都人民大会堂江苏厅设计沙发面料和其他装饰织料。这两项任务所需要的云锦，要求在继承传统的基础上织造出带有发展创新成分的新云锦。
“文革”中，云锦作为封建主义的遗产受到严重打击；云锦研究所工作停顿，艺人被“下放”到南京艺新丝织厂。至1973年，根据国务院批转的《关于发展工艺美术生产问题的报告》和《加强少数民族特需用品生产和供应的报告》两个文件的指示精神，重建南京市工艺美术工业公司，云锦研究所也恢复了工作。
1984年，南京云锦研究所成立三十周年时（从云锦研究组成立算起），张道一先生写了一篇《三十而立》的回顾文章，将南京云锦研究所走过的30年历程概括为三个阶段，形成了研究工作的“三部曲”：
第一个阶段是在最初的几年，以收集整理资料为主，搜集云锦实物，摹绘和复原云锦图案；整理老艺人的图案手稿，记录他们的设计经验与创作、配色的口诀。并在此基础上出版了两本介绍云锦的图册，初步编写了云锦的发展史料。在这一阶段，首先摸清了云锦的历史沿革和艺术特点。
第二阶段是“文革”之前和之后，从纯实验性的织造进入实际生产。当时由于的种种原因，研究人员直接从事生产劳动，熟悉了工艺。研究所经济困难，需要找出路，通过市场调查，开发新品种，改进工艺的同时，使某些产品逐渐适应生活需要，不仅取得了一定的经济效益，并且给云锦注入了新的活力。
第三阶段是近几年，从单一地区的织锦研究到纵横发展。纵的方面，突破了云锦研究局限于清代中晚期的僵局，开始探讨我国丝织两千多年来的发展脉络和艺术成就；横的方面，通过中国织锦研究中心的成立，着手研究各地的织锦，特别是少数民族的织锦工艺。这样纵横延伸的研究方法，促进了云锦本身研究的深化。
从那时到现在又是将近30年，南京云锦研究所在政府的扶持下，在有效保护和有序传承云锦传统织造技艺上起到了积极的作用，比较突出地体现在收集整理珍贵资料、资助传承人授徒传艺、深化恢复传统技艺的科学研究和推广宣传等方面。
2006年，南京云锦木机妆花手工织造技艺经国务院批准被列入第一批国家级非物质文化遗产名录。2009年，南京云锦织造技艺成功入选联合国教科文组织《人类非物质文化遗产代表作名录》。同一年，南京云锦研究所为庆祝建国60周年，织了一幅《万寿中华》图。幅面较大，超过了一般木机的尺寸。他们从改装木机起，有两位织手和两位拽花工共四人配合操作，用了近半年的时间完成。龙船乘风破浪，群鹤漫天飞舞，象征我们的祖国一往直前，与日高升。
