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众所周知，遗传与过敏性鼻炎-哮喘综合征的发生有着密切关系，是过敏性鼻炎-哮喘综合征发生的重要易感因素。据上海华山医院在1964年的调查证实，50.9%的哮喘病患者有家族过敏疾病史，37.5%的患者有家族哮喘史；国外的调查表明62.6%的哮喘儿童有家族过敏疾病史，31.4%的患儿有家族哮喘史，提示哮喘病有着明显的遗传倾向。
呼吸道过敏性疾病是一种多基因的常染色体显性遗传性疾病，其发病的基础是特应性素质，而特应性素质的遗传又受到多种因素的影响。研究发现胎儿期间对变应原的反应主要为Th2反应，这对避免母婴间免疫排斥有重要作用。婴儿出生后对变应原的免疫反应种类决定是否出现过敏性疾病，健康儿童对变应原的反应表现为耐受从而避免Th2反应，而过敏性鼻炎-哮喘综合征患儿则可对变应原致敏并诱导机体呈Th2反应。特应性素质具有在接触变应原后产生高水平IgE的倾向，这是过敏性鼻炎-哮喘综合征的最重要易感因素。通常这种特应性素质需要一段时间的致敏期后才能表现出来，因此过敏性鼻炎-哮喘综合征的发生大多数在出生1年后才逐渐显现出来，有些甚至成年后才发病。目前正常儿童对变应原的耐受途径及过敏性鼻炎-哮喘综合征儿童的耐受缺陷的具体机制尚不清楚，近年研究表明儿童对变应原的免疫耐受是由分泌IL-10和转化生长因子-β（TGF-β）的调节性T细胞所介导。
除高龄发病的少数过敏性鼻炎-哮喘综合征患者外，绝大多数过敏性鼻炎-哮喘综合征患者（特别是儿童）均具有典型的特应性素质，这种特应性素质导致的血清总IgE水平增高和气道高反应性均与遗传因素有关。近年研究证实在一些哮喘病患儿其患有哮喘病的父母也有气道高反应性和高IgE水平的存在，这是一个非常重要的发现，提示哮喘病可以通过气道高反应性和高IgE水平的遗传而发病，同时也证实了气道高反应性和高IgE水平的密切关系。最近发表于《自然》杂志上的一项研究报道了对高加索地区至少有两个兄弟姐妹被诊断患有哮喘的460个家庭进行的基因组调查结果，发现这些家庭患者体内的20号染色体短臂有一个区段与哮喘有着很强的相关性，并锁定为 ADAM33 基因。
虽然遗传因素使人类易罹患过敏性鼻炎-哮喘综合征，但是过敏性鼻炎-哮喘综合征的发生还与环境因素有重要关系，这表现人类特应性素质的发生率是非常高的，占正常人群的30%~50%，而过敏性鼻炎-哮喘综合征的发病率则远远低于该水平，提示特应性素质的患者是否能发展成为过敏性鼻炎-哮喘综合征与后天的环境因素有着密切的关系。最近的一项随机调查证实在婴幼儿期（主要在1岁以内），通过降低环境中的变应原浓度可以大大降低特应症和呼吸道症状的发生率，也提示过敏性鼻炎-哮喘综合征与环境因素有着密切关系。