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治中恶卒死，客忤癫痫，下血崩中，安胎漏，散痈肿。捣汁服，解巴豆、大戟毒。（《本草纲目·卷19·菖蒲·主治》）
菖蒲气温味辛，乃手少阴、足厥阴之药。心气不足者用之，虚则补其母也。肝苦急以辛补之，是矣。《道藏经》有《菖蒲传》一卷，其语粗陋。今略节其要云：菖蒲者， 水草之精英，神仙之灵药 也。（《本草纲目·卷19·菖蒲·发明》）
辛，温。
用于中风痰迷心窍，神志昏乱，舌强不语，常与半夏、天南星同用，如涤痰汤。若治痰热蒙蔽，高热神昏者，常与郁金、竹沥等配伍，如菖蒲郁金汤。
用于湿浊中阻之脘闷腹胀、痞塞疼痛，常与砂仁、苍术等同用。
用于健忘，失眠，耳鸣，耳聋。若健忘证，常与人参、茯苓等配伍。治劳心过度、心神失养之失眠，心悸怔忡，常与人参、龙眼肉等同用。
此外，还可用于声音嘶哑、痈疽疮疡、风湿痹痛、跌打损伤等证。
菖蒲先百草于寒冬刚尽时觉醒，李时珍引用《吕氏春秋》云“菖者百草之先生者”，因而得名。菖蒲全株芳香，可作香料或驱蚊虫；茎、叶可入药。通常作药用的是石菖蒲。
石菖蒲具有芳香之性，有“菖蒲者，水草之精英，神仙之灵药”之谓，可以治疗湿浊为患的病证，在古代楚国于端午节有将石菖蒲与艾叶悬挂门前的习俗，就取辟秽作用，此习俗一直沿袭至今。其配伍佩兰芳香化浊作用更好，以祛避邪疫，夏、秋之夜，燃菖蒲、艾叶，驱蚊灭虫的习俗保持至今。
菖蒲具有吸附空气中微尘的功能，古时因照明用油灯，而油灯有烟，古人夜读，常在油灯下放置一盆菖蒲，原因就是可免灯烟熏眼之苦，同时用石菖蒲叶尖露水洗眼睛也提高视力。据《千金方·卷14》记载：“七月七日取菖蒲，酒服三方寸匕，饮酒不醉。”李时珍进一步解释：“七月七日，取菖蒲为末，酒服方寸匕，饮酒不醉。好事者服而验之，久服聪明。”这是讲菖蒲具有解酒的作用。若因饮酒过度导致酒醉就可以选用菖蒲。菖蒲虽然可以解酒，但也有用菖蒲泡酒饮用者，李时珍说“菖蒲酒治三十六风，一十二痹，通血脉，治骨痿，久服耳目聪明。”至于所说“三十六风”，只是一个虚数，意即治疗多种风证痹痛。
石菖蒲的开窍作用不强，但此药有一特点，就是善治九窍的病证，如心窍闭塞的神昏、癫痫，肾窍闭塞的耳鸣耳聋，肺窍闭塞的鼻塞不通、咽喉不利、声音嘶哑，大肠不利的痢疾等。临床上尤以治疗声音嘶哑作用好。传统认为菖蒲以九节者为佳，故有九节菖蒲之谓，现在临床是将石菖蒲、九节菖蒲分别应用的。
菖蒲有益智的作用，可以增强记忆力，老年人可以每天用3g泡水饮服。根据《本草纲目》记载：“以糯米粥和匀，更入熟蜜搜和，丸如梧子大，稀葛袋盛，置当风处令干。每旦酒、饮任下三十丸，临卧更服三十丸。服至一月，消食；二月，痰除；服至五年，骨髓充，颜色泽，白发黑，落齿更生。”
石菖蒲、白矾等分，为末，新汲水下。
生菖蒲汁滴之。
石菖蒲、蛇床子等分，为末。日搽二三次。